可以說，李登輝在接見宗教團體時說的話更加直接地暴露了其台獨麵目。因為，他承認一個中國，但他所承認的一個中國並不包括台灣。
據行政院高層人士表示，“德國之聲”是由新聞局邀請到訪，李登輝在接受訪問前，新聞局和陸委會都提供了新聞稿給李，原來的稿中隻點到台北與北京的重新定位。李登輝對所提供的稿子內容不滿意，親自將稿子刪改，並加入“特殊的國與國的關係”字句，而李的說法著實令幕僚為之錯愕！
據“陸委會”高層人士指出，“國安會副秘書長”林碧%（）、“國安會谘詢委員”張榮豐和蘇起、殷宗文等李登輝重要的大陸政策智慧群，近兩年來已經長期就“兩國論”開會研討，有關國際法方麵的問題，則邀請政治大學國貿係教授蔡英文、“國統會”委員丘宏達等學者參與討論，而幕僚小組原本的設計是隻由國民大會代表在這次的修憲中，以臨時提案的方式，提出修改憲法中有關中華民國的主權部分，然後，再在10月份亞太經合會議部長級會議中提出“兩國論”，這時，李登輝才出麵呼應，一方麵是回應美方希望台灣與大陸談判中程協議的提議，另一方麵也將辜汪會談推到政治對話的層次。不過，這套設計卻因李登輝臨時修改使得整個策略顛倒了，麵對的阻力也加劇，而13日由林碧%（）召集海基會和幕僚小組所召開的“策略小組”會議，一方麵對海協會會長汪道涵訪台時可能麵對的相關議題展開研擬，另一方麵卻也判斷汪訪台的可能性降至極低，北京將取消10月的辜汪會。
據“國安會”的高層人士強調，李登輝在談“兩國論”時，適逢蘇起訪美，蘇起與美方官員有深刻的晤談，與美方交換了有關中程協議及10月辜汪會談的看法，惟獨沒有與美方就“兩國論”交換意見，並說明台方對兩岸新定位的立場。由於蘇起赴美前，並未被告知要就此議題與美方溝通，事後，台北對美方的反應極為擔心，惟恐美方會認為台灣派出主管大陸政策的決策官員赴美簡報，卻沒有針對如此敏感的議題預先告知美方，即由李登輝作出重大宣示，似有故意隱瞞美方之意。為了消除美國的疑慮，14日下午，“國安會秘書長”殷宗文隨即召開會議，請胡誌強、蘇起、林碧%（）、辜振甫、許惠！等人與會，原本有意由林碧%（）或蘇起於17日赴美說明，再於8月初派員赴日本說明，但蘇起與林碧%（）17日無法成行，遂改由與美國關係良好的“陸委會副主委”林中斌赴美，而此行將由“陸委會”及“外交部”係統為主，“外交部”也將由次長級人士赴美，說明台方立場，可見台灣對赴美解釋此事的重視程度。
據“大陸政策決策人士”透露，1991年台灣宣布國家統一綱領時，台灣接受“國統會”委員丘宏達和現任台北市長馬英九及“國統會研究委員會”所建議的“以色列模式”，將兩岸關係以對待“政治實體”界定，當時主要是將主權爭議予以擱置，台灣方麵表達了善意。由於以色列在建國之前，聯合國曾以“政治實體”視之，因此，國統綱領提出後，台灣也全力推動“重返聯合國”，希望能由兩岸對等政治實體的界定，走出新的國際空間，政治實體的定位則僅限於兩岸關係的定位，在國際上，“中華民國”仍是主權獨立的國家。與此同時，李登輝的重要大陸政策幕僚，即開始著手研擬新的兩岸定位，“經建會主委”江丙坤1993年在亞太經合會議部長級會議所提的“一個中國為指向的階段性兩個中國政策”，即算是“兩國論”的雛形。去年辜汪會晤，辜振甫提出“根據波茨坦宣言，台灣是由日本交還中華民國”，也已預定成“兩國論”的理論架構。
台灣當局相關決策高層透露，“特殊兩國論”的研究報告是在6月完成。至於選在7月9日宣布，除了正好是李登輝接受“德國之聲”專訪外，主要還考慮到海協會會長汪道涵來訪和總統大選兩個時間點。