1644年清軍入關，順治皇帝福臨成了滿清入主中原後的第一位皇帝。由攝政王多爾袞把持朝政，派定國大將軍多鐸率兵南下，清軍很快就占領了大江南北。清政府頒布了一道命令：所有漢族男子都要剃發蓄辮，否則一律處死，謂之“留頭不留發，留發不留頭”。
清軍打到江陰，明軍聞風潰逃，清軍委派一個叫方亨的人為縣令強迫人們剃發，人們稍有不從即拉出去砍頭示眾。清軍的暴行激起江陰人民的反抗，他們殺了方亨，公推該縣典史（即治獄小吏）閆應元為首領，在清軍占領區率先樹起反清大旗。
閆應元臨危受命，顯示了卓越的指揮才能。史載：閆應元“夙諳兵法，為城中士紳推舉，一意抗清”。他讓每個家庭出一名男子登城守衛，動員城中富商捐銀助餉。他還親自畫圖設計，組織城中能工巧匠製作了殺傷力很強的新式弓箭。江陰保衛戰打得非常慘烈，江陰人民在閆應元的領導下同仇敵愾，前赴後繼，堅守江陰達一個多月。夜間還經常派出突擊隊偷襲多鐸大營。史書記載，在江陰保衛戰中清軍死了三位王爺、十八個將軍、七萬五千多士兵。江陰保衛戰最後雖然失敗了，但全城軍民寧死不屈，無一人投降。城破後，閆應元“拚死血戰，身中數箭”，力竭投水自盡，又被清兵“曳出”，麵對敵酋，他“罵不絕口”，英勇就義。
閆應元作為一個小小的獄吏何足道哉，但在民族存亡的危急關頭，他的大智大勇和高風亮節使他名垂青史，為後人所景仰。