原來，馮國璋也早已看穿了袁世凱企圖叫他與張勳交惡，以便分而製之的把戲。他也知道張勳此番南下誌在必得江蘇都督寶座，為免鷸蚌相爭，他便讓著張勳三分。反正他當不上江蘇都督不要緊，再回直隸就是。
這樣一來，袁世凱便不得不改變原來的計劃，臨時決定委任張勳為江蘇都督。張勳總算沒有白費功夫。他憑著自己的能幹，硬是迫使袁世凱不得不重視他的存在。惟一的一點小小的遺憾是，經過這場戰役，部隊集合點起名來，卻發現少了一大批兵員。這一方麵是因為張勳求勝心切，仗打得猛，致使官兵傷亡慘重。另一方麵是因為不少“總爺”在搶劫中發了大財，覺得再當兵吃糧沒多大意思，故而趁著混亂開了小差，溜回老家享福去了。
不做民國人，金陵春夢滅
張勳當上了江蘇都督，按說他已經算是個正式的民國官員了。然而，他卻仍然不承認民國的存在。他說：“‘民國’二字不見史冊，我必棄之而歸清。”於是，他便拿著個江蘇都督當成兩江總督來當。一上台，他就把清朝的全套官製和官場儀規整個地恢複起來。他禁止南京市民懸掛民國五色國旗，但他又不敢明目張膽地懸掛清朝的黃龍旗，於是別出心裁地在都督府的門內掛起了一麵寫著鬥大“張”字的大紅旗。他的部下官兵一律繼續穿清朝的藍色軍製服，腳蹬黑色靴，腦後垂著長辮子；沒有辮子的人不許招收入伍。軍中傳達命令，仍用清朝的龍頭令箭。對於文職人員，他最討厭西裝革履、吹“雞窩頭”、噴香水抹頭油的假洋鬼子，他責令全體文官穿長袍馬褂，垂長辮，打轎子上衙門。過去孫中山在南京就任臨時大總統時，曾經發過剪辮令，限令不剪辮者不得享受公民權。因而，南京人早已把辮子剪光了。而現在張勳卻又叫人一律得生條辮子，那辮子一時三刻怎麼長得出來？這真是弄得南京城裏的老百姓們左右為難。因而他們便想出了兩句順口溜，說是“留著辮子怕孫文，剪了辮子怕張勳”。許多人不得不在自己剛剪光的腦袋上紮上一根假發辮，以迎合辮帥所鍾情的大清時尚。張勳還把原兩江總督衙門的吹鼓手和禮炮手都找了回來，照原總督府的舊例，每天吹打三次樂章，放三通禮炮，以顯示他的總督派頭。他按照清朝的官製重新任命了下屬官員，如厘捐總辦，督銷總辦，道台、知府、知縣等等。知縣衙門還恢複了刑名老夫子和捕快人員，縣太爺坐堂審案恢複了藤條、小鞭等刑具。大小官員進見上司要先遞手本，見了大帥要行跪拜禮，自稱“卑職”，坐凳隻能坐半邊屁股……
張勳滿以為這一回總該揚眉吐氣，好好過他幾年總督癮了。加上他的辮子軍經過休整補充，現在正是兵精糧足，士飽馬騰。過去困駐兗州時，袁世凱已奈何他不得，如今翅膀硬了，更可以天不怕、地不怕了。可是，偏偏事與願違，他那都督寶座坐了還不到半年，真正是屁股還沒有坐熱，就被袁世凱抓著機會給端走了。
原來辮子軍在南京城裏殺人放火、奸淫搶劫之事，一直被那搗蛋的輿論界揪住不放。自從辮子軍進城“放假”之日起，中外各國大小報刊電台幾乎眾口一詞，指責張勳縱兵為匪，甚至咒罵他是殺人放火的強盜頭子，氣得張勳暴跳如雷。他先是通電進行辯解，說：“諸軍巷戰，統將專事殺敵，間有一二不法軍人，趁匪軍搶劫之餘，見物輒取，固所難免。”後又察覺這麼說等於全盤承認了南京城裏的奸淫搶掠確實都係他的辮子軍所為，這就不僅不可能求得人們的諒解，反而會惹起更猛烈的攻擊。於是便又通電推卸責任說：“匪軍逃竄，乘機搶劫，土匪助虐，益肆凶殘，多有假冒官軍情事。此間各軍號令不一，勳破除情麵，派隊巡街，隨地正法者二百餘，秩序始複。此金陵各國旅居洋人所共見，今路透社電乃以藍衣兵占多為言，查勳部入城，僅占東北一隅，地處偏僻，民戶無多。其餘繁華之區，均由各軍分紮。孰搶孰否，不難按戶而稽。”
這一篇通電的特點是把奸淫搶掠的主要責任歸結到“匪軍”和“各軍”（亦即馮國璋和雷震春所部）的頭上。實事求是地說來，張勳的這番辯白也並非毫無根據。有充分的證據表明，放火焚燒南京城內下關地段的民房和商店的，就是後來裝得很文明的馮國璋的部隊，而且馮老總的部隊還曾經有過洗劫和焚毀漢口全鎮的光輝履曆，這回打進了南京城，自然很難令人相信他們竟會變得斯文起來。另外，雷震春率領的安徽兵駐紮的地段亦同樣搶劫得淒風慘雨，一塌糊塗，可見雷將軍治下諸位老總也並不怎麼高雅。再說，就連國民黨的革命軍方麵，也確實難保不出現一些趁火打劫的散兵遊勇。因而，平心而論，當時的輿論大都把洗劫南京的罪責完全歸結到張勳一個人頭上確乎有欠公允。但是，在當時，辮子軍最先入城，殺人放火肯定比別人動手要早，先頭受害的市民一聲驚呼：“快跑呀，辮子兵來啦！”大家便懵頭懵腦互相傳呼，到處亂鑽，以為城裏殺人放火、奸淫搶劫的全都是辮子兵，致使辮子兵作亂的印象深入人心，輿論界又據此寫成文字，訴諸所有的新聞媒介，那麼，張勳就是有十張巧嘴也辯白不清了。
如果光是這樣，倒也罷了。反正千百年來，輿論在強人的屠刀之下，作用曆來有限。那時的中國老百姓命賤如草芥，生來就是要遭強人折磨和踐踏的。折磨得十分難受時，通過所謂“輿論”發幾句呻吟也就過去了。可是，麻煩的是，偏偏張大帥治下又有幾名辮兄弟奉了大帥的觀點，以為大凡穿西裝抹頭油的黃臉漢子都是革命黨人，結果錯把三個日本僑民的腦袋也給當做革命黨砍掉了。而日本人的命卻不像中國人的那麼賤，消息傳到東京，日本舉國嘩然，一些軍國主義分子趁機哇哇亂叫，紛紛要求出兵中國。日本國駐華公使山座先生向袁世凱政府提出了強烈抗議，要求懲辦張勳。張勳又一次得罪了洋大爺，這問題可就非同尋常了。