黃興逃離南京後，革命軍群龍無首。駐守南京的革命軍第八師師長陳之驥乃馮國璋的女婿。此時，馮國璋正沿津浦鐵路南下，與沿運河南下的張勳並肩來攻南京。因而，陳之驥趁機宣布取消江蘇獨立，請老奸巨猾的兩麵派官僚――前清江蘇巡撫程德全複任江蘇都督。如果情況不發生變化的話，南京本來已成了馮國璋的囊中之物。眼看著哪怕張勳再積極，也搶不到江蘇這塊肥肉了。
然而，誰料第八師官兵中，有不少國民黨人，他們堅決反對師長陳之驥不戰而降的決定，抵製程德全複任江蘇都督，並趁陳之驥渡江北去迎接他的老丈人馮國璋之機，推舉了一位名不見經傳的衡陽人何海鳴為討袁軍總司令，再一次宣布江蘇獨立，於是，南京又變成了革命軍的堡壘。盡管主將黃興已經遠走高飛，而新任總司令何海鳴不僅是無名之輩，而且也是一介手無縛雞之力的白麵書生，然而，守城官兵明知大勢已去仍然頑強抗爭。等到張勳兵臨南京城下時，他才發現，原來那些革命軍的無名小卒，竟然比他們的總司令黃興還更難對付得多。然而，也正是多虧了這些既不肯逃跑，又不肯投降的頑強革命鬥士，使他張辮帥獲得了一個把馮國璋已經叼在口裏的肥肉反奪到自己手裏的機會。
8月中旬，張勳督率辮子軍奮力攻占了紫金山，接著，以猛烈的炮火掩護步兵於17日搶占了天堡城。這時，馮國璋和雷震春率軍相繼自北、南兩麵逼臨南京城下，與正在東麵進攻的張勳一起對南京形成了三麵包圍的態勢。現在，張勳和馮國璋兩個人都有首先攻進城去奪得江蘇都督寶座的可能性。兩個人彼此心照不宣，究竟鹿死誰手，就看誰的運氣好。
張勳曾經一度當過兩江總督，照他看，現在當他重新踏上金陵舊地的時候，袁世凱本來就應該把江蘇還給他。可是，狡猾的袁大頭卻故意弄出馮國璋來和他相爭，如果這一回不爭贏，他便將永遠失去當一名封疆大吏的機會。因而，張勳這一回決定甘冒傷耗實力之大不韙，誌在必得江蘇地盤。
按照馮、張、雷三人協商好的分工，馮國璋負責攻打北門，雷震春攻南門，張勳攻太平門。張勳紅著眼睛親臨一線督戰。他手下的部將白寶山等人甚至打著赤膊上陣，揮動指揮刀，遇見後退的兵卒就砍。從17日開始，一連攻打了近半個月，仍然毫無進展。8月29日，一個名叫王馨蘭的營長建議挖地道，用棺材盛滿炸藥通過地道送至城牆腳下，然後引爆破城。張勳即刻批準施行。9月1日地道挖成，炸藥放妥，工兵營長親自點著導火索，不久，便聽見轟隆一聲巨響，太平門城牆被炸開一個大缺口，辮子軍蜂擁而入。革命軍守城官兵一時大亂，紛紛潰散。總司令何海鳴鑽進馬草堆裏才僥幸躲過了辮子軍的搜捕，然後化裝逃跑，總算沒丟了腦袋。
辮子軍進城，先殺守軍，再殺“刁民”。最倒黴的是城裏的湖南人，尤其是西裝革履、油頭粉麵的湖南人。因為黃興是湖南人，而且守城的第八師官兵中也有過半數的湖南人，所以，張勳認為湖南人都是亂黨分子。又因為革命黨人多為留日學生，喜著西裝、抹頭油，所以張勳又認為西裝革履者最為可疑。於是，他下令封閉了湖南會館，辮子兵遇著操湖南口音的或西裝革履、油頭粉臉者，不管三七二十一就是一槍或者一刀了事。殺完“敵人”，馮國璋和雷震春的部隊也已進城。於是，三支北洋軍便一齊開始“放假”。所謂“放假”，就是解除平日的一切紀律約束，任憑官兵隨心所欲，胡作非為。北洋軍最愛好的“假日”活動，就是奸淫搶劫。平日裏有著紀律約束，他們還忍不住要偷偷地幹那麼幾下子呢，現在沒有了紀律約束，那還不幹他個天翻地覆？
於是，南京城裏所有的民房商店，上至天花板，下至陰溝，幾乎沒有一處不被他們搜查到。有的一家連著被搶多次，隻有搬不動的大件器具和房屋本身沒被搶走；有的甚至連搬不動的房屋也被一把火燒了。大街小巷裏到處是身背包袱、肩扛箱籠的北佬兵。有的兵士脫下軍衣來包裹金銀，把步槍當作扁擔挑著招搖過市；有的強迫人力車夫替他們搬運贓物；有的因爭奪贓物而開槍火並。搶劫的同時，不少“老總”還趁機到處強奸婦女，嚇得許多婦女為避免受辱而跳進秦淮河自盡。
為了讓兵士們搶個痛快，張勳直等到9月4日，弟兄們“放假”結束後，才興高采烈地打馬進城。而這時的南京城裏已是路曠人稀，一片死寂。市民們死的死，逃的逃，城市人口頓時銳減，剩下些跑不動逃不掉的，也躲在屋裏不敢輕易出門。商店無法開業，經濟運行幾乎完全停頓。然而，此時的張勳正沉浸在首克金陵的無限喜悅之中，他想得最多的是袁世凱是否能實踐他的諾言，把江蘇都督的寶座賜給他。至於老百姓的死活，那他可顧不了那麼多。因此，他進城後的第一件大事就是向袁世凱發電報，強調他的赫赫戰功。他在這篇“請獎敘作戰有功人員”的電報中得意洋洋地說：“南京易守難攻。昔者洪楊割據，困以天下之師，糜費數千萬萬猶以九年之久，始克奏捷。今勳奉令南征，每戰必勝，用兵不及半月，實非始願所期”。
袁世凱本來想把江蘇地盤給予馮國璋。照他看來，馮國璋雖然並不順心，但他畢竟曾是自己的得意門生，比起雜牌的張勳來，總要親近些。又由於馮國璋前番曾涉嫌與張勳通謀反袁，故也不能再讓馮國璋盤踞直隸對他構成直接威脅，而要把馮國璋調出北京又不傷麵子，便總得給他個體麵的安排。因而，把馮國璋支使到江蘇去當都督，便是此番袁世凱命馮南征的基本意圖。至於張勳，他不過是用江蘇地盤引誘他盡力南征，以打擊革命軍，並趁機削弱他的實力而已。因此他在安排南征路線的時候，故意讓馮國璋沿津浦鐵路走，而叫張勳沿運河走。因為鐵路運兵便利快捷，而沿運河行軍則必定困難得多。這樣，馮國璋必然先於張勳攻下南京，使得張勳得不到江蘇地盤而無話可說。但是，誰料到馮國璋卻反而落在張勳後麵。特別是更沒有想到馮國璋在南京破城後，竟主動給他發來一份電報，極口稱讚張勳此番攻關奪隘、勞苦功高，且居南京較久，與南人相得，故保舉張勳為江蘇都督。