段祺瑞說馮國璋有“錢癖”，並非無端攻訐之詞，實有其事。馮國璋不僅是個大軍閥，而且還是個田連阡陌的大地主兼大官僚資本家。他在詩經村一帶有土地千餘畝；在蘇北，與張謇合辦鹽墾公司，占地70萬畝；在北京、天津和南京等地設有數處錢莊，較為著名的有華建銀行和華充銀號。此外，他在開灤煤礦，啟新洋灰公司、中華彙業銀行等處還有大量的投資。他如此巨富，仍不能滿足其貪欲。中南海裏養了不少曆代珍貴的魚，包括袁世凱執政時期河南進貢的黃河大鯉魚，據說還有一條三尺長的紅魚和一條42斤重的鯽魚，這條鯽魚係著兩道金圈，掛著兩塊金牌，相傳它已有六七百年了。他當上代理大總統後，下令把這些魚一網打盡，高價賣出，錢都裝進了自己的腰包。一時間，北京的飯館子裏高聲叫賣“總統魚”，與“東坡肉”相競爭。於是，在馮國璋活的時候，有人寫了這樣一副對聯：“宰相東陵伐木，元首南海賣魚。”在他死了的時候，有人又寫了一條挽聯：“南海魚何在？北洋狗已無！”從而，無情地嘲諷和揭露了他及其同類們的醜惡的靈魂和嘴臉。
1917年8月1日，馮國璋抵京就職。到京後，他幹了四件事，一是拜訪黎元洪，二是派內務總長湯化龍為大總統代表入清宮答謝，三是為夫人周砥治喪，這三件事勿庸細說，單說這第四件事，叫“三傑相會”。他把段祺瑞、王士珍一齊請到了總統府，緊緊地握著這一“龍”一“虎”的手，極為親切地說：“咱們老兄弟三個連枝一體，不分總統、總理、總長，隻求合力辦事，從今而後再也不會有府院之爭了。”他對別人也說：“從此府院一體，內外一心了。”當時，人們普遍認為，馮國璋、段祺瑞二人本是同學，又是一個娘胎裏出來的，府院之爭不會重演了。於是乎，出現了“三位一體”之說。其實，大謬不然。就在這些論調高唱的同時，馮國璋和段祺瑞之間的矛盾已發展到了相當尖銳的地步了。
當時，段祺瑞拒絕恢複民初約法，孫中山聯合西南軍閥在廣州組成護法軍政府，反對北洋軍閥，形成了南北對峙的局勢。段祺瑞在日本帝國主義的大力支持下，決心推行武力統一政策，派兵入川、湘，借南伐之機擴大自己的勢力；而馮國璋則以英、美帝國主義為後援，與西南軍閥有著長期密切的關係，更不願意為人做嫁衣，使皖係勢力得到擴張，所以極力倡導“和平”，美其名曰：“和平統一”政策。馮國璋主張“和平統一”的直接目的是以維持西南軍閥地位和地盤，來換取他們對北洋政府的承認，對自己的推重，為將來當上正式大總統創造條件。因此，表麵上看起來，一個堅持用兵，一個主張言和，相互是對立的，其實，本質上是一樣的，都是維持北洋軍閥集團的利益，為自己擴大勢力撈取資本。正因為這樣，“武力統一”的軍事行動伊始，馮國璋就采取“拖”的辦法，遲遲不下“討伐令”，段祺瑞天天催促，他的回答是：“且慢一步吧，看看形勢再說吧。”與此同時，他秘密派人南下，口傳他的錦囊妙計，指示參戰的直係軍隊消極怠戰。於是，10月，在湘作戰的第八師師長王汝賢、二十師師長範國璋通電主和，並自動撤兵，從而打了段祺瑞一悶棍。這時，段祺瑞突然想起來有人告訴過他一句話：“對黎易而對馮難”，悔之晚矣！入湘的傅良佐棄長沙倉皇出逃，成了“短命督軍”，入川的吳光新也損兵折將，敗退下來。接著，直隸督軍曹錕、江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠、湖北督軍王占元也相繼發表主和的通電。北洋軍閥集團就公開“分家”了，一派為皖係，一派為直係。
由於馮國璋的掣肘，段祺瑞的武力統一政策受到嚴重挫折而不得不暫告一段落。段祺瑞在盛怒之下，於11月16日向馮國璋提出辭職。馮國璋自以為得計。可是，當他剛為自己占了上風而興致勃勃的時候，就立即嚐出了段祺瑞送給他的是一個酸果；幾年來，他一直向往著新華宮，甚至做夢都在當這裏的主人。可是，當他真正走進新華宮的時候，才發現這裏並不是人間的仙境，而是一座華麗的人間地獄。其實，他所感受到的痛苦，黎元洪都早已經受過了。過去，黎元洪天天想罷免段祺瑞，就是找不到一個敢當國務總理的人來。現在，他也是這樣。最後終於找到一個人，這就是病態懨懨的汪大燮。而汪大燮還提出了“隻做一天的總理，隻簽署兩個文件”的滑稽條件。就是這樣，他也隻好苦笑著答應了。11月23日，他下令免去段祺瑞的國務總理職務。由汪大燮代理國務總理的命令。這是汪大燮簽署的第一個文件。接著，汪大燮又在一個空白命令上簽了名，也就是汪大燮要簽署的第二個文件。此後，這位汪代總理天天找馮國璋，逼著他在空白命令上填寫繼任總理的名字。他被逼得無路可走，隻好天天去向王士珍作揖打躬，帶著哭腔說：“你不能望著我活受罪呀！”王士珍確實很幫他的忙，到處找人當國務總理。可是找到的人都望而生畏，馮實在沒辦法了，也不管王士珍願意不願意，硬是在那張空白命令上寫上了王士珍的名字，並親自到王士珍家中，哀求說：“請你看老朋友的老臉，莫再棄我如遺。”就這樣，這位信奉黃老之道好言和平的“北洋之龍”，出山繼任國務總理了。
段在台下興風作浪，馮大總統作繭自縛
段祺瑞下台不久，又任“參戰督辦”，當上了太上皇。這位國務總理在台上時，治國無方，看不出有多大的本事；下台後，禍國殃民、爭權奪勢、興風作浪的本領卻大得很，使馮國璋在總統的寶座上時時刻刻都不得安寧。在段祺瑞的唆使下，督軍團在天津、徐州開會，要挾馮國璋繼續對南方用兵，他們揚言：如果不采納，將以對付黎元洪前總統的手段對付今大總統。段祺瑞又以“未來副總統”為誘餌，把曹錕拉到主戰派方麵，還派陰謀家徐樹錚遊說張作霖，搶劫了軍火，派兵入關支持皖係。最後一招使馮國璋想起當年辮子軍趕走了黎元洪，覺得今天胡子兵進關是趕自己來了，他越想越怕，不寒而栗，於是，態度漸漸軟下來了。有一次他和王士珍談話，王士珍歎著氣說：“這年頭，不獨對南難疏通，對北也難疏通，我實在幹不了啦。”他也長籲短歎道：“我也幹不了啦，要走我們一起走。”