有其師必有其徒。段祺瑞乘袁世凱之危，用當年袁世凱對付革命黨人和清廷的“兩麵威嚇”的招法。來逼迫袁世凱交權於他，也就是外抗護國運動，內奪袁氏大權。當時，陸軍部檔案中有一份毛筆書寫的材料，上麵記載說，段祺瑞救袁世凱是立足於“保全總統尊位，而將實權劃出”。“劃出總統實權之法，第一當恢複（民國）元年約法，確定大總統、副總統、內閣舊製，組織確實責任內閣，使現大總統之實權消納於閣中。”段祺瑞此時此刻提出恢複民元約法，組織責任內閣，表麵上看似乎是同革命黨人的主張相一致。但實際上大相徑庭。他是借革命黨人曾主張過的責任內閣，達到其既蒙蔽革命黨人，又抵製護國運動；既保全袁世凱的總統名義，又實現向袁世凱奪取最高統治權的目的。
3月28日，他跟隨黎元洪、徐世昌一起發出通電，要求各省“共圖善後”，即恢複帝製以前各省狀態。因段祺瑞與護國軍及獨立各省有關袁世凱退位的密電往來，也互有默契，所以，通電發出後，獨立各省又進一步提出了袁世凱退位的問題。這就使以解決時局為己任的老官僚徐世昌也束手無策，內內外外都弄不出一個結果來，加之，段祺瑞“氣焰逼人”，迫使其走投無路，非退位不可。這樣，徐世昌隻幹了一個月的國務卿，就不得不拱手交給了段祺瑞。段祺瑞踢開了徐世昌這塊絆腳石後，於4月21日任國務卿。可是，袁世凱死抱大權不放，下令說：“國務卿受大總統委托總理國務。”段祺瑞得到的是一張空頭支票，沒有滿足他的欲望，他就消極怠工――不上任。袁世凱被迫於5月4日將政事堂改為國務院，改任他為國務總理。道路鋪平之後，下一步就是把“總統之實權消納於閣中”了。然而，事情並非那麼簡單，因為袁世凱比起當年的清廷來狡猾得多，他對段祺瑞始終是保持著高度戒備，巧妙對付，隻許段祺瑞幫他解圍，而不準段祺瑞篡他的權，尤其是軍權。段祺瑞也懂得，沒有軍權的政權是一個空招牌。為此，他呈請袁世凱裁撤陸海軍統率辦事處，其事務及“模範團”、拱衛軍統統交舊陸軍部。袁世凱從段祺瑞的呈文中看到了自己當年的影子，不禁毛骨悚然。於是，他采取了“久拖不決”的對策，使段祺瑞無可奈何。
段祺瑞沒有把軍權奪到手，又不甘心掛著空招牌，就調過頭來搶人權。他就任國務總理，首先就安排他的心腹徐樹錚當秘書長。可是，袁世凱不得意這位“小諸葛”，便說：“段總理是軍人，徐某亦是軍人，以軍人總理而用軍人秘書長，大不相宜。”段祺瑞聽到這話，覺得袁世凱不識時務，便大發雷霆，把口裏銜著的煙嘴摔到桌子上，厲聲厲色地說：“時至今日還是如此，一點都不肯放手！”氣得鼻子馬上向左邊歪斜過去了。這就是這位“北洋之虎”發怒時的麵部形象。因此，人們背後稱他為“段歪鼻子”。這時，段祺瑞的處境就像梁啟超給他的信中說的那樣：“今日之有公，猶辛亥之有項城。清室不讓，雖項城不能解辛亥之危；項城不退，雖公不能挽今日之局。”這樣，他隻能效法當年袁世凱不直接從清廷的“孤兒寡母”手中奪權之法，也不直接從這位“衣食父母”手中奪權，而借用護國軍的力量來達到奪權的目的。可是，不久，袁世凱突然死去，使形勢大變，他也就沒費多大的氣力繼承了袁世凱的衣缽，掌握了北洋政府的統治權。
段祺瑞任國務總理後，以為自己是袁世凱的繼承人，北洋派的正統首領，一切可以獨斷專行了。然而，事與願違，國內的政治形勢發生了新變化。在袁世凱臨死之前，北洋軍閥集團內部已是矛盾重重了，但由於有袁世凱維係著，它在表麵上還是一個統一的團體；而在袁世凱死後，它就越來越明顯地分為直、皖兩大派係了。段祺瑞在這個集團中，沒有袁世凱那樣的“威望”，隻能是充當皖係的頭子，因此，他也就很難駕馭整個北洋軍閥集團了，更何況在北洋之外，還有南方軍閥、奉係軍閥等大大小小的山頭呢。這種格局必然造成政潮起起伏伏，政爭連續不斷的局麵。
袁世凱死後，總統的寶座虛位以待。段祺瑞手下的嘍口羅們無不勸他登上這個寶座，他自己又何嚐不想一步登天呢。可是，在新的政治形勢之下，他思前想後，左顧右盼，覺得如果自己當上總統，必然會引起北洋軍閥集團更大的分裂，也必然遭致西南護國軍的激烈反對。於是，他就把一個手無寸鐵、沒有實力的黎元洪抬出來當上了大總統，充當其政治工具――傀儡、擺設和擋箭牌。正因為如此，他也就沒把黎元洪放在眼裏，對其擺出一副冷酷可怕的麵孔和頤指氣使的派頭。然而，黎元洪也不像在袁世凱手裏當政治工具時那麼順從了，竟然真的拉出總統的架式，也是他所不能容忍的。他當著手下人的麵，指名道姓地罵道：“我是叫他來簽字蓋印的，不是叫他壓在我頭上的！”因此，他同黎元洪的“合作”，一開始就變成了一場激烈的衝突――“府（總統府）院（國務院）之爭”。
“府院之爭”首開於黎、段對國務院人事安排，後經徐世昌出麵調停，暫趨緩和。
不久，新的爭鬥又開始了。府院之間新的爭鬥不僅內容與以前不同了，而且還有了明顯的國際背景，即帝國主義在幕後的直接操縱，所以，新的爭鬥往往顯得格外複雜和更加激烈。
1917年1月，德國潛水艇在海上實行封鎖政策後，總統府和國務院均同意與美國采取一致行動，對德由抗議到絕交乃至宣戰，步步升級，實際上就是參戰。然而，在這個問題上，府院又各揣心腹事。段祺瑞主張參戰，則另有背景和目的。據馮國璋派到日本去搜集情報的蔣士立在密報中說：“近悉吾國參戰原動，多出東鄰。”東鄰日本，繼大隈內閣之後上台的寺內內閣，為進一步趁歐戰之機擴大它在遠東的勢力，獨占中國，決定扶植段祺瑞為新的傀儡。為此，寺內派他的心腹西原龜三到北京，商討所謂“中日親善”問題。段祺瑞為了換取日本對他的更大的支持，於1916年12月24日親自出馬與西原密談。日本帝國主義根據自己的需要，對他先進行了一番對外必先安內的說教，然後，就大加誘惑：向他提供借款，幫助他編練參戰軍，進而武力統一全國，這同段祺瑞的心願一拍即合，所以雙方很快達成了協議。
日本獨占中國的計劃同英、美帝國主義的在華利益有著極大的矛盾，因此，它們對西原與段祺瑞的秘密協議是持反對態度的，在它們的策劃下，黎元洪及反段勢力更加千方百計地阻撓段祺瑞在這方麵取得成功。而段祺瑞則和他的心腹，幕僚們日夜麇集在府學胡同的宅中開會（所謂的“府學會議”），研究對策，認為這次處理對德外交問題的形勢對他們有利，也是他們手中的有力武器，要想方設法利用這個問題來推倒黎元洪。在向德國提出抗議之後，對德絕交問題便提到了議事日程。為此，段祺瑞向國會議員們作了報告，議員們沒有提出異議。接著，國務院辦理由大總統提交國會的對德絕交谘文。3月4日，段祺瑞帶領內閣成員到總統府請黎元洪蓋印，黎元洪說：“此案當再考慮。”這句話立即引起了雙方的一陣爭吵，段祺瑞非常不高興憤憤出府，當天辭職，去了天津。他用甩手不幹的辦法，果然將了黎元洪一軍。黎元洪無可奈何，連忙派總統府的秘書長張國淦去天津勸段祺瑞回京，並表示谘文可以蓋印照發。同時，還請馮國璋去天津疏解。6日，段祺瑞才回到了北京。8日，黎元洪在谘文上蓋印，提交國會後被通過。