段祺瑞見國會被解散了，黎元洪倒台了，借刀殺人的目的達到了，便開始他的第二步計劃――坐收漁人之利。他馬上搖身一變，抓起反複辟的旗幟，四出活動。為了使京津駐軍充當其反複辟的工具，他用大量的金錢收買了駐天津馬廠的第八師師長李長泰；駐廊坊的第十六混成旅旅長馮玉祥雖然是反對張勳複辟的，他也許給了師長的地位；對駐保定的曹錕則花了更高的“價錢”，從而，組成了“討逆軍”。曾煽動張勳複辟的日本又轉過來大幫他反複辟的忙，派了軍事顧問，墊付了100萬元的軍費。7月3日；他自任“討逆軍”總司令，在馬廠舉行誓師。4日，他以總司令的名義發出討伐張勳電和討逆檄文。他在接受黎元洪的命令時，並未立即受命，而是經過幾天的審時度勢、權衡利弊之後，於5日通告就職。次日，他把指揮部自馬廠移至天津市的河北省公署，設立了國務院臨時辦事處。
“討逆軍”分兵兩路，沿京津、京漢鐵路向北京進逼。雙方接火，張勳的辮子軍一觸即潰，丟盔棄甲地逃入了北京城。經過如此輕而易舉的“第一次討逆戰爭”之後，張勳見勢不妙，央求駐京公使團出麵“調停”。段祺瑞提出解除辮子軍武裝，保證張勳生命財產安全等四項條件。可是，張勳堅持帶兵回徐州，想一走了之，從而使談判破裂。8日，段祺瑞發布命令，褫奪了張勳的本職、軍職和勳位，並傳知各軍嚴拿務獲，盡法懲治。12日，“討逆軍”發動總攻，北京城內的辮子軍一敗塗地，張勳逃入了荷蘭使館。14日，段祺瑞回到了北京，重新掌握了北京政府的大權。至此，他的陰謀計劃全部實現了，還額外撈了一個“再造共和之偉人”的美名、從此，他又以“再造共和之偉人”自居，更加倒行逆施，把反動的封建軍閥專製統治推向了頂峰。
“我們不能再讓一步”
段祺瑞回到北京後，加緊推行武力統一政策，實行軍事專製。為此，他飲鴆止渴，指使曹汝霖、章宗祥、陸宗輿等親日派官僚出賣中國主權，以各種名目和方式向日本借款，總數高達3.8億日元，其中西原龜三經辦的八筆借款就有1.45億日元。日本的目的，正如西原龜三所說，是為了組織中日兩國經濟圈，在戰後的經濟競爭中排擠英美勢力。正因為日本有如此意圖，所以人們把“西原借款”稱為“西原賄賂”。段祺瑞接受“賄賂”後，表麵上是用作“經濟開發”或“參加歐戰”，實際上幾乎全部用於編練和裝備參戰軍、擴充皖係實力、組織“安福俱樂部”等皖係事業上了。
段祺瑞在對外賣國的同時，對內實行獨裁和專製。為此，他需要一個得心應手的政治工具――國會。當時，作為一個“民國”，也不能沒有國會。可是，原有的國會是他假張勳之手迫使黎元洪解散的，毫無疑問，他是絕對不允許恢複這個國會的。那麼，就改組國會吧，又苦於無法律依據，無法進行，正當他無計可施之時，舊進步黨首領梁啟超積極追隨段祺瑞，以研究憲法相標榜，組織了一個“憲法研究會”，也稱之為“研究係”。它應運而生之後，馬上急段祺瑞之所急，編造了一個所謂“法統中斷”的謬論，設計了一所謂“恢複法統”的辦法。這就是沿用民初的先例，召集臨時參議院作為過渡性的立法機關。由這個立法機關修改國會組織法和參、眾兩院議員選舉法，根據這些新法再召集新國會。研究係替段祺瑞出這個主意，也有自己的打算。它想利用與段祺瑞合作的有利時機和地位，占據議會中的多數席位，左右政局，操縱內閣。這乃是重溫議會政治的舊夢。段祺瑞對這個辦法是如獲至寶。但他與梁啟超是同床異夢。他所感興趣的是參議員由各地方當局指派，可以借此機會排除異己，驅逐國民黨人，製造一個完全由自己控製的立法機關。因此，7月20日，國務院遷回北京舉行的第一次國務會議就采納了梁啟超的“高見”，並飭令各省派代表，組織臨時參議院。
段祺瑞的如意算盤一開始就遭到了孫中山的堅決反對。孫中山在廣州號召擁護《臨時約法》，矛頭直指段祺瑞及其北洋軍閥，並一針見血地指出：“段祺瑞用段芝貴、倪嗣衝這些複辟派做討逆軍統帥，以逆討逆，忠奸不分。今天的中國，不是複辟與共和之爭，而是真共與假共之爭。今天真複辟者少，假共和者多。”為此，孫中山在廣州組織了“非常國會”，成立了護法軍政府，並當選為大元帥，宣布段祺瑞為民國叛逆。
這時，段祺瑞正擺著不可一世的架式，除了他的日本主子之外，誰都不放在眼裏，氣焰十分囂張。孫中山摸了這個“北洋之虎”的屁股，使其十分震怒。他氣衝衝地逼迫馮國璋下令通緝孫中山等人。
早在1917年8月初，段祺瑞為了實現其武力統一的計劃，就作了奪取湘、川的部署，派他的得力幹將傅良佐為湖南督軍，代替了與護法軍政府有關係的湖南督軍譚延？；任命吳光新為四川查辦使。同時，他還命王汝賢率第八師、範國璋率第二十師入湘，任湘南正、副司令，準備南下作戰。北洋軍源源不斷地開進湖南，引起了湖南各界的不滿。在譚延？的指使下，零陵鎮守使劉建藩於9月18日宣布護法獨立；周偉、宋鶴庚也占據寶慶響應，以示反抗。於是，段祺瑞便訴諸武力，挑起內戰，開始了他的第一次南伐。10月6日，北洋軍與護法軍在湘潭西倪鋪接仗，“護法戰爭”正式開始了。
在北洋軍相繼攻占衡山、寶慶之後，段祺瑞夢想著由此進軍兩廣，占據四川和雲貴，三五個月平定西南。就在此時，戰局突變，中國的中南、西南地區，英美帝國主義一直視為它們的勢力範圍，以日本為靠山的段祺瑞向這裏擴張，它們是不會允許的，更不會無動於衷。以馮國璋為頭子的直係軍閥一方麵看著英美帝國主義的眼色行事，一麵也感到皖係勢力的擴張是對自己的威脅，也表示不滿，並設法拆台。在前線作戰的王汝賢和範國璋本是接近直係的人物，他們在幕後力量的推動下，以士兵厭戰和傅良佐支援不利為由於11月14日發出了主張停戰撤兵的電文，並率先退兵長沙，使段祺瑞吃了一悶棍。段祺瑞派到湖南的督軍傅良佐也是個草包，見勢不妙，當晚就趁著朦朦的夜色，攜印登艦逃之夭夭了。段祺瑞一怒之下，免職查辦傅良佐，令王汝賢以總司令代行湖南督軍，妄圖挽回敗局。可是，王汝賢也步傅良佐的後塵，由長沙退往嶽州，湖南為湘粵桂聯軍占領。四川的戰局也急轉直下，他派到四川的吳光新率領的北洋軍，在重慶被川軍第五師師長熊克武包圍繳械，吳光新也落荒而逃了。