段祺瑞“再造共和”以來，耿耿於懷的兩件大事――另立國會和選總統總算完成了。這樣，打擊了護法運動，排擠了馮國璋，還踢了研究係一腳，取得了專製統治的“合法”地位。從表麵上看，他是如願以償了，其實並不然，從此，直皖矛盾更加尖銳，研究係對他的怨恨加深了，他樹敵越來越多，使他坐到了火山上，危機四伏。對此，他似乎有那麼一種覺察，並產生了一些顧忌。他尤為擔心的是，如果讓馮國璋灰溜溜地下台，自己繼續當國務總理，馮國璋豈能善罷甘休？倘若馮國璋采取報複行動，必然引起北洋派的更大分裂，自己的日子也不會好過。於是，他在8月31日發出通電，表示自己在政府改組後引退，就是說要和馮國璋一起下台。實際上，這是他的隱身法。是為了同馮國璋鬥法而製造的一個騙局。10月10日，他下台後，仍掌管將軍府，督辦參戰事務，指揮參戰軍，操縱安福係，可以說，既擁有權力和實力，又占據呼風喚雨之地。在內閣中，他的原班人馬未動，號稱徐世昌左右手的錢能訓雖為國務總理，他僅是有其名而無其實。所以，他是身居幕後，仍左右著政局，控製著北京政府，軍國大事由他一意孤行。靳雲鵬任國務總理時，他更不放在眼裏，“招之便來，揮之便去”，視同下屬。不僅如此，就是在文件上也經常批示：“交靳核辦”，完全是太上皇的架式和口吻！他隻是對城府很深、搞政治陰謀有術的總統徐世昌還留一點麵子。由此可見，他的“下野”是為了騙人，隱身是為了同馮國璋鬥法。這樣，也確實把馮國璋鬥敗了。
1919年5月4日，在北京爆發了聲勢浩大的反帝愛國運動，這次愛國運動的鬥爭矛頭一開始就指向了段祺瑞控製下的賣國政府及其爪牙曹汝霖、章宗祥和陸宗輿，段祺瑞身居幕後，極力阻撓、破壞和鎮壓“五四”運動，他對走在運動前列的愛國學生，主張血腥的鎮壓。5月7日，全國各地強烈要求釋放被捕的愛國學生，在巨大的壓力下，當北京政府被迫釋放了愛國學生之後，他竟然指使安福係分子、大理院院長姚震提出，要查明學生運動的領導者，還要依法製裁。同時，他又授意安福係的內閣成員提出，撤換這次學生運動策源地北京大學的校長蔡元培。安福係甚至揚言，要暗殺蔡元培。尤為卑劣的是，他還借學潮來鼓動政潮，進行倒閣活動。為此，他指責錢能訓內閣對愛國學生運動鎮壓不力，表現軟弱無能，授意安福國會推翻錢能訓內閣。5月9日，錢能訓不得不親自去拜訪他，表示願意下台，請他推薦新的人選。這時，他感到自己不便於上台，就想派安福係頭子王揖唐出來組閣。
5月底，“五四”運動席卷了全國，特別是廣大工人、市民、商人以及愛國華僑的熱烈響應，使這一運動出現了新高潮。這樣，廣大人民群眾同賣國政府的矛盾更加尖銳，對段祺瑞更加口誅筆伐，切齒痛罵。段祺瑞像一個被刺痛了的野獸，狂怒不已。他向北京政府施加壓力，撤換了他認為鎮壓學生運動不力的李長泰，換上了一個有“屠夫”惡名的王懷慶為步軍統領。當全國人民把鬥爭目標集中在賣國賊問題上的時候，正是打在賣國賊身上，痛在段祺瑞的心上。因為這些賣國賊無一不是他的心腹，而他是罪魁禍首。他怕懲罰這些賣國賊後，人民群眾的鬥誌越來越高昂，窮追不舍，再把火燒到他的身上，找他算總賬。因此，他就公然與人民為敵，千方百計地阻撓北京政府對賣國賊采取懲治措施，甚至公開袒護賣國賊，說他們是“體國公忠，有裨大局”，並去慰問了這三個賣國賊！當“五四”運動的鬥爭目標發展到拒絕在“巴黎和約”上簽字的時候，他賣國至極，竟冒天下之大不韙，喪心病狂地發出通電，主張在“巴黎和約”上簽字。這一切，把這個北洋軍閥對外賣國，對內專製的反動本質暴露無遺了。
第一次世界大戰結束後，段祺瑞不顧全國人民要求國內和平的強烈呼聲，反對和破壞南北和談，他把安福係分子安插在參加和談的北方代表中，並授意他們說：“和談隻許失敗，不許成功。”他還直接對徐世昌說：過去馮國璋中過南方的緩兵之計，我們不能再上當，應當布置作戰，以免處於被動，措手不及。為此，他曾召集北洋將領舉行馬廠會議，討論繼續作戰問題，因無人響應而作罷。
然而，他仍逆潮流而動，迷信武力。他把“參戰軍”視為私有，拒絕交出。當因世界大戰已經結束，還保留參戰機構和參戰軍遭到國內外非議的時候，他變了個換湯不換藥的戲法，於1919年7月20日將“參戰督辦處”改為“邊防督辦處”，“參戰軍”改為“邊防軍”，他也由參戰督辦搖身變成了邊防督辦。蒙混過來之後，他還不滿足，厚著臉皮要求北京政府對他主持參戰的“赫赫戰功”予以獎勉。本來，參戰給中國帶來的是極大的恥辱，可是，北京政府還把他的“戰功”說得天花亂墜，並授一等勳位，參戰處其他各員也都撈到了五花八門的勳章。借此機會，徐樹錚也步步高升，接二連三地攫得了西北籌邊使、邊防軍總司令、督辦外蒙善後事宜等要職，把皖係勢力迅速擴展到西北地區和外蒙古。對此，段祺瑞洋洋得意，雙十節時，他命令邊防軍第一師師長曲同豐舉行了大規模的國慶閱兵典禮，炫耀武力。這個師的第二旅旅長程長發，在一次全旅軍官會議上直截了當地說：“仗是一定要打的！練軍隊就是為了打仗，現在就要準備好。軍隊好比狗，主人讓我們咬誰我們就咬誰！”
皖係勢力的惡性膨脹和戰爭喧囂，引起了國內外各方麵的嫉視和不滿。特別是那個野心大、陰謀多、兵力雄厚的徐樹錚一躍而為“西北王”之後，曹錕、吳佩孚覺得受到了直接的威脅；張作霖也因其與自己的“東北王”齊名天下而悶悶不樂，這樣，就形成了反皖的七省聯盟。七省聯盟首先提出了“清君側”的口號，把矛頭指向徐樹錚，但段祺瑞把徐樹錚的去留當作自己的生死榮辱，根本不聽七省聯盟的“忠告”。接著，七省聯盟就按預定計劃舉行“兵諫”，即吳佩孚率部從湖南撤防北歸，對段祺瑞進行威脅。對此，段祺瑞一麵授意北京政府對吳佩孚北歸的電請遲遲不作答複，一麵籌劃將段芝貴調任安徽督軍、吳光新調任江西省長，對直係的長江三督發動攻勢。當吳佩孚要采取自由行動時，段為了在河南阻截直係軍隊北歸，於1920年2月，策動河南的部分軍人反對河南督軍趙倜，並以此為借口而改派吳光新為河南督軍。2月26日，國務會議通過了這個任命的議案，但大總統又不同意這個變動。國務總理靳雲鵬向他報告時，他當麵罵道：“沒有用的東西，如何配作總理！”堂堂的國務總理被罵了個狗血噴頭，一氣之下，遞了辭呈。安福係乘隙發動倒閣，但直係勢力和徐世昌對其卻表示挽留。在這種壓力麵前，段祺瑞也不得不表示挽留靳雲鵬和推遲河南易督了。盡管如此，矛盾並沒有緩和，吳佩孚的軍隊北歸行動繼續進行。3月18日，段祺瑞秘密去保定，要求曹錕製止吳佩孚自動撤防，結果，白跑了一趟。3月末和4月初，張作霖在沈陽以作壽為名，曹錕在保定以追悼直軍陣亡將士名義，分別邀集一些省軍閥召開秘密會議，策劃對付皖係，從而使直皖矛盾更加惡化了。