“清朝末葉，安徽的革命運動，發端於藏書樓演說。”
演說會舉辦一周後，安慶知府桂英親攫藏書樓宣禁，不許學生“幹預國事，蠱惑人心”。陳獨秀等則不予理睬，繼續舉行演說，聽講的以安徽大學堂學生為多，參加演講的人，均簽名於簿冊，藏書樓實則成了一個革命秘密結社的機關。布政使於蔭霖視藏書樓為眼中釘，遂開除大學堂學生柏文蔚、鄭讚丞等十餘人，封閉了藏書樓。安徽巡撫通緝陳獨秀，陳獨秀逃往上海。
這時章士釗在上海創辦《國民日報》，陳獨秀便協助章士釗辦報。陳獨秀和章士釗負責全部文字和校對，兩人常常徹夜工作到第二天淩晨才休息。他們兩人蟄居昌壽裏之偏樓，對掌辭筆，足不出戶，頭麵不洗，衣敝無以易，也不浣。
陳獨秀在1907年至1911年9月的將近5年時間內，很少參加政治活動，也沒有發表政論性的文章。他大部分時間用於研究學問，寫了許多篇古體詩，有不少詩在報刊上發表。
1911年12月，安徽臨時議會選舉孫毓筠為都督。孫抵達安慶就職，正式成立安徽軍政府，並電召陳獨秀返皖任都督府秘書長，陳獨秀返回安慶。
孫毓筠是少爺出身，任都督後，不大理政事，在都督府內問事最多的是陳獨秀，陳獨秀認為推翻清政府不過是革命的第一步――破壞，今後建設的事更重要。但他過於急躁，常為改革的事與人發生口角。每逢開會，會場上隻聽他一人發言，還總是堅持己見。他主張改善人民生活，反對任用舊官僚，要大刀闊斧地進行改革。但是，他的政治抱負沒能施展。
由於安徽形勢複雜，孫毓筠無法維持。陳獨秀於1912年6月去浦口，勸柏文蔚回安徽。柏文蔚回安徽接任安徽都督兼民政長，任命陳獨秀為都督府秘書長。他們將行政機構加以充實、整頓，盡量安插革命同誌，以保存行政之純潔性。
1913年6月，袁世凱免去柏文蔚都督職，委任孫多森接任皖督。陳獨秀堅決拒絕與孫多森共事，在孫來上任之前即請辭職，未待批準，留書徑去。書中有舊病複發，迫不及待等語。所謂“舊病複發，迫不及待”，是指封建專製勢力的複辟，不可一日與居之義。7月中旬，陳獨秀離開安慶去上海。
幾天之後，二次革命爆發，柏文蔚再任安徽都督，並宣布獨立，興兵討袁。陳獨秀也由上海返回安慶，再任都督府秘書長。
柏文蔚的部下龔振鵬駐軍蕪湖，殘殺無度，且將討袁計劃密告袁氏大將段祺瑞。陳獨秀等到蕪湖時，因當麵痛斥龔振鵬，均被龔繩綁，擬即槍決。陳獨秀臨危不懼，怡然自處，很從容地催促道：“要槍決，就快點罷。”後幸有張永正旅長以兵力相救，才免遭毒手。
10月21日，倪嗣衝發出通緝令，捉拿革命黨人，第一批名單20人，陳獨秀被列為第一名“要犯”，陳獨秀旋即逃往上海。
1914年7月，陳獨秀又東渡日本，進東京的雅典娜法語學校學習法文，同時幫助章士釗編輯《甲寅雜誌》，他窮得隻有一件汗衫，其中無數虱子在內存活。
陳獨秀學識淵博，懂日、英、法三國文字，工宋詩，寫隸書，對舊學很有根底。他才思敏捷，筆鋒犀利，長於政論文，但不善演說。他雖然多年飄泊他鄉，可鄉音未改，操濃重的安慶口音。
亡命東京的革命黨人章士釗、熊克武、李根源等人，都不願加入孫中山新創立的中華革命黨，他們另組一團體“歐事研究會”，參加該會的還有李烈鈞、胡瑛、殷汝驪、林虎、程潛、程子楷、陳炯明、李書城、沈鈞儒、張耀曾、柏文蔚等，陳獨秀也加入其中。歐事研究會沒有進行什麼活動，倒是《甲寅雜誌》產生了很大影響。
《甲寅雜誌》的主編是章士釗，發行人是王牙生，主要撰稿人除章士釗、陳獨秀外，還有在早稻田大學讀書的李大釗，以及高一涵、易白沙、張東蓀、梁漱溟、蘇曼殊等人。陳獨秀以文會友，也就在這時結識了李大釗、高一涵和易白沙，他們後來都成為新文化運動的著名人士，李大釗又成為同陳獨秀齊名的中國共產黨的創始人。
1915年6月中旬，陳獨秀從日本回到上海，和闊別一年、患肺疾咯血病的妻子高君曼團聚。
受《甲寅雜誌》的影響，陳獨秀一心創辦一本雜誌，宣傳新思想，以慰平生之誌。他通過朋友找到了當時在上海頗有名望的群益書社，得到他們的承諾，可以幫助印刷和發行，在落實了這些之後，陳獨秀開始一個人獨立籌劃整個刊物的內容、編排。這個雜誌，陳獨秀起名為《青年雜誌》。
陳獨秀經過一個夏季的辛勤耕耘，在群益書社全力支持下，秋季終於結出了豐收的碩果――1915年9月15日，16開本的《青年雜誌》第一期終於問世了。這時陳獨秀手捧散發著濃鬱油墨味的《青年雜誌》，臉上露出了豐收的喜悅。
正當《青年雜誌》順利創刊且影響越來越大之時，半路上卻殺出了個“程咬金”，發生了一件令陳獨秀頭痛的事。那時，上海青年會也辦了個名叫《上海青年雜誌》的刊物。起初，他們還覺得無所謂，但沒想到，時隔不久，《青年雜誌》的影響已淹沒了《上海青年雜誌》，使其發行量每況愈下，頓生妒嫉。於是，怒不可遏地寫信給群益書社，認為《青年雜誌》和他們的《上海青年雜誌》名字雷同，奉勸及早改名，省得犯冒名的錯誤。生性倔強、固執的陳獨秀對此執拗了好幾個月。但上海青年會的態度越來越強硬，陳獨秀才無可奈何地同意改名，又苦苦思索了多日，將《青年雜誌》從1916年9月1日出版的第二卷第一號起，正式改名為《新青年》。群益書社的陳氏兄弟及友人汪孟鄒對此改名連連讚道：
“仲甫妙筆生花，保留了‘青年’，加上一個‘新’字，新舊分明，含義深刻，獨具慧眼，必將產生更深遠的影響。”
陳獨秀聽了，興致勃勃地說：
“《新青年》要號召青年做‘新青年’；‘新青年’的標準是：生理上身體強壯；心理上‘斬盡滌絕’‘做官發財思想’，而‘內圖個性之發展、外圖貢獻於群’；以自力創造幸福，而‘不以個人幸福損害國家社會’。”
《新青年》的創刊，猶如在黑暗中閃出的一道曙光；又猶如於無聲處聽到的一聲驚雷，驚醒了沉睡著的古老強國。它一開始，就高舉科學和民主的兩麵大旗，向當時複古尊孔的反動思潮進行了勇敢的鬥爭，要用民主和科學來“救治中國政治上、道德上、學術上、思想上的一切的黑暗”，從而揭開了新文化運動的序幕。《新青年》一問世，便風行全國，所到之處莫不激起思想革命的火花。陳獨秀的名字傳遍神州處處。《新青年》適應了時代的要求，指引著這個時代前進的步伐，它培育了整整的一代青年。陳獨秀也因此而名垂青史。
毛澤東在和斯諾談話時說：
《新青年》是有名的新文化運動的雜誌，由陳獨秀主編。當我在湖南長沙師範學校做學生的時候，我就開始讀這一本雜誌。我特別愛好胡適、陳獨秀的文章。他們代替了梁啟超和康有為，一時成了我的模範。