但是，學生們並沒有遵令複課。5月28日，即3日限滿之日，學生們在高師召集臨時代表會，一致決議：凡罷課各校同學，自29日起，均將行李書籍等物收束齊整，專俟政府下解散令，即行全體出校，另謀救國。
由於反動軍警的武裝鎮壓，學生們的講演活動不能進行了。於是，他們將自己的活動主要放在販賣國貨上。《每周評論》報道這種情況說：“自《五七》日報封禁之後，公園市場裏邊，就沒有賣東西的學生。過了兩天，又有許多學生，手拿布袋，有的寫‘國貨’兩個字，有的寫‘提倡國貨’四個字。每到茶桌前麵，先向遊人鞠躬，發一種極和藹的話，勸人買貨。所賣的貨物，不外牙粉、肥皂、手巾、香水、紙煙類，也有賣《國民》雜誌和《國體與青年》的。遊客之中，十個人總有八個人買的，照他們說，賣出去的錢專做學校聯合會費用。”
反動派對學生除了武力鎮壓外，還使用了分化手段：
第一，提前放假。5月底，教育部召集各校校長會議，宣布各校自即日起停課，停課以後，即放暑假；應舉行卒業各班，照常舉行考試。“凡願考者，如期與考，其餘各班，一律提前放假。”反動派企圖以此達到“考者考，回者回”的願望，使運動自然瓦解。
第二，舉辦文官高等考試及外交司法官考試。北京政府屬下某大員在給其大總統的密電中說：“惟厲行考試，則學生有途自效，必能狂熱潛消。”於是，北京政府“立下明令，令本年實行各種考試，並令銓敘局即日籌備，定9月實行。”
北京政府的分化手段，在一部分知識分子中起了作用。當時報載：“各校暗潮又起，數日以來，爭持頗烈。北京農業、法政等校，本年暑假皆有一二班卒業，卒業人數約占各校三分之一，此中分子以切身利害關係，益以父兄師友之相詔，皆極端希望如期卒業，現在罷課風潮穩定，遂向各校長積極慫恿舉行考試，於是遂與多數主張罷課者漸漸分攜。”
在反動派的鎮壓和分化下，北京的學生運動一度轉入低潮，一部分學生退出了運動。但是，運動並沒有也不可能消失，廣大的學生仍在堅持著罷課。到6月初，由於反動派的倒行逆施，激起了學生們新的鬥爭高潮。
6月3日開始的大逮捕
6月1日，北京政府以大總統名義接連下了兩道荒謬的命令：
一道命令是為曹、章、陸等賣國賊辯護，說什麼“曹汝霖迭任外交、財政，陸宗輿、章宗祥等先後任駐日公使，各能盡維持補救之力，案牘具在，無難複按。”
另一道命令是再次要求取締愛國活動，並要求學生立即複課，說什麼“在京著責成教育部，在外著責成省長及教育廳，警飭各校職員，約束諸生。即日一律上課，毋得借端曠廢，致荒本業。其聯合會、義勇隊等項名目，尤應切實查禁。糾眾滋事，擾及公安者，仍依前令辦理。”
愛國有罪，賣國有功，兩令對照之下，使學生們氣憤莫名。特別是這時北京的警備司令段芝貴和步軍統領王懷慶，依照其大總統的命令，竟然對販售國貨的學生也開始逮捕。這更使學生們憤怒異常。學生們決定，自3日起，恢複街頭講演。
6月3日上午，北京二十餘校各派了數百學生，陸續集中在各自的預定地點，挑起講演團的大旗，展開愛國宣傳活動。這時，街頭的警察比平日增加了好幾倍，步兵、馬隊橫衝直撞，驅散聽眾，偵緝隊、保安隊則紛紛逮捕學生。《每周評論》報道這天的情形說：“民國八年六月三日，就是端午節的後一日，離學生的（五四）運動剛滿一個月，政府裏因為學生團又上街演說，下令派軍警嚴拿多人。這時候陡打大雷、刮大風，黑雲遮天，灰塵滿目，對麵不見人，是何等陰慘暗淡！”
當日晚，學生遭逮捕者已達170餘人，其中北大學生占十分之七八，也有清華學校、高等師範、彙文大學等校的。這些學生，均被監禁在北大法科的“講堂之內”，“校內的差役，一跑幹淨，自早到晚，一百多人連一口涼水也沒吃著。這天天氣陡變，夜間越加寒冷，當時就有幾個體弱的學生，忽得重病。”
但是，學生們並未被武裝鎮壓所嚇倒。6月4日，他們比前一日加倍出動街頭講演。四月上午十點鍾時候，各學生懷著藏著白旗，上寫某校某隊講演團字樣，或五六人或十幾人不等，靜悄悄的出去。走到行人多的地方，就從懷中摸出白旗子，大聲疾呼的演說。這個時候街心的警察，比平常增加好幾倍，又有穿灰衣的馬隊，背著槍，騎著馬，四處亂跑。遇到有人講演，不問他人多人少，放馬過去，左衝右突，也不知道踏傷了幾多人。把聽的人衝散之後，便讓偵緝隊保安隊把演說的學生兩人夾一人送到北河沿法科大學裏邊去監禁起來。4日這一天，北大法科校舍，已被反動軍警團團圍住，校門外邊的北河沿兩岸共搭了二十個帳棚（東邊十個，西邊十個），作為軍隊駐紮之地，東華門一帶交通完全斷絕，直到東安市場，有陸軍第九師步兵一營和第十五團一同紮住，連接北河沿一帶，直到法科門首都像前敵戰線上的防備一般。《每周評論》描述當晚的情景說：“四日晚上天氣忽然大變，大風大雷大雨，竟把一個首善的京城，鬧成了黑暗的世界。塵土大起飛沙走石之中，看見多少學生，對著路上的行人演說；電光閃閃隱隱約約之中，看見二十個帳棚，把大學法科團團圍住……”
4日這一天，反動軍警又拘禁學生700餘人。北河沿法科校舍已無法容下，以致馬神廟理科校舍也被當作臨時監獄了。
學生們在這次鬥爭中是勇敢的，連續兩日的大逮捕，並沒有挫折他們的鬥誌。5日上午，學生再次上街講演，“這天學生更加激昂，當出去的時候，各人背著行李，連牙粉牙刷麵包都帶了，預備去陪伴同學坐監。這天聚集大隊出發，分路講演，合計約有兩千多人。”同日晨，北京中等以上學校聯合會向全國各界發出《宣言》，其全文如下：
各省省議會、教育會、商會、農會、工會、各學校、各報館均鑒：學生等以內除國賊、為外爭國權之資，爰有五四運動。其後事理紛糾，三失望踵至，不得已而致於罷課。寒巧二電之宣言，言之詳矣。皓日以後，政府極端威壓，幹涉交通，摧殘輿論，學生等遂坐困於北京。然以三失望未複，絕不以時遷而氣餒。先日兩令，其一以勸學誘學生，以法紀威學生。是固因學生之所求而未得者也，勿庸深議。其一涉於外交，直不啻為國仇示私恩，為國賊作辯護。直欲以一紙空文，掩盡天下耳目。而謂外交繁重，責在當局。則直滅棄民主國之精神，直欲任少數官吏使其包辦。賣國賊曹汝霖、章宗祥、陸宗輿等之挾持於內，概可知矣。夫國賊不除，則外交之挽救無望；國權不複，則世界之永久和平難期。學生等之於國賊，人知其非有私怨。而必欲除之而後快者，非僅為國家計，亦正為正義人道計也。為國家及正義人道計者，寧肯避難。肴日（三日）以來，恢複露天講演，被捕者一百七十八人，軍警橫加虐待，肴電已陳其概。豪日（四日）被捕者七百餘人。今日明日，有加無已。是即明知其難而故蹈之也。學生等方當求學，惟知有真理耳。真理所在，死生以之。求仁得仁，又何怨乎；用布區區，伏維亮鑒。北京中等以上學校學生聯合會叩。