同一天，午夜1時半，一批軍警憲特衝進了上海法學院。這時，學生們正在新聞學會的辦公室裏寫標語，畫漫畫，刻蠟紙……軍警一闖進來，就揪住女學生屈元的頭發，邊打邊罵，還把她拖到校門外淞滬鐵路的路軌上，用皮靴、槍托猛踢、狠打，打得她口吐鮮血，昏了過去。另一女學生蘇淑媛衝出門去，也被打倒在地。軍警特務一麵用槍口對準學生，不準她們動彈，一麵把室內的宣傳品和印刷工具撕毀、砸爛，並到宿舍搜捕。這一夜，屈元、蘇淑媛等11個學生被捕。
24日，各校抗議南京慘案的怒潮雖還在高漲，但也存在一股潛流：相當一部分中間學生流露出厭倦情緒，對“六二”行動有些恐懼；不少教授對無限期罷課的口號也不十分讚成。這種跡象，在交大更為明顯，因為，從護校鬥爭以來，交大已經罷課好幾個星期了。
對此，上海局已有所察覺，並作了指示：趁我聲勢還浩大，上層分子已有配合，群眾情緒還高漲，國民黨內部對學潮政策有分歧，還未統一的時候，主動決定暫時停止罷課，一麵上課，一麵鬥爭，上罷帶彈性的鬥爭策略。錢瑛還分析了當時上海學運的情況，認為國民黨當局很可能利用當前部分中間群眾的疲遝情緒，孤立進步力量，從而進行血腥鎮壓。為了鞏固前一階段運動成果，保存進步力量，避免硬碰，應該領導群眾變換鬥爭方式，繞過暗礁，粉碎國民黨陰謀，並為下一步鬥爭打下基礎。她指示上海學運暫時適可而止，具體策略口號是“休止罷課，繼續鬥爭”。
同一天晚上，國民黨上海市黨部召齊了緊急會議，決定把交大、複旦、同濟、暨大等主要學校學生中的國民黨員、三青團員、青年軍、中統分子、軍統分子組合起來，建立“正義大同盟”，從學校內部瓦解學生運動。他們還陰謀在校內製造“互毆”流血事件，以便大批武裝軍警藉口維持治安開進學校，以一網打盡學運的骨幹力量。
25日上午，交大“正義大同盟”的學生在校內貼出不少標語，諸如“學校是讀書的地方，我們要讀書！”“反對罷課！”等等。顯然，他們開始發動攻勢了。
與此同時，交大地下黨組織傳達了上級關於變換鬥爭方式和“休止罷課，繼續鬥爭”的精神，並決定當晚召開係科代表大會貫徹上述精神，作出相應的決議。
晚8時，係科代表大會在上院114教室剛開始，一場預謀的暴行發生了。當一個學生點燃炮竹，響起“劈――啪”聲後，在上院附近閑蕩著的20多個別有用心的學生忽然互相揮拳對打，嘴裏還亂叫亂喊。放炮竹的學生隨即在互毆人群裏假意勸阻。但當幾個糾察學生上前製止時，互毆雙方立即對準糾察學生拳打腳踢。這時，早已聚集在校門外的大批武裝軍警衝進學校，把上院緊緊地包圍了起來。
係科代表發覺這情況時，已來不及衝出教室。大會主席和幾個糾察學生立即把教室門關上頂住。一個沒來得及進入門內的糾察學生被暴徒打得血流滿麵，倒在地上。暴徒旋即吆喝著撞門，並從窗口扔進石頭、磚塊、帶釘的木棍，打傷了幾個代表。門撞不開，暴徒就以利斧劈門，厚厚的門板被劈開，斧尖劃破一個學生的前額，鮮血直流。但教室門口已被層層疊疊的課桌椅塞滿，暴徒進不來。他們更加惱羞成怒，用利斧亂砍課桌椅。
“當！當！當……”外麵突然響起了洪亮的緊急鍾聲，全校學生被喚起，就很快衝出宿舍，趕到上院，看到軍警包圍了自己的代表、立即手挽手，高唱《團結就是力量》，並在軍警外層形成學生的包圍圈。歌聲一遍、二遍、三遍……重複著，在這血肉搏鬥的黑暗裏，還有什麼比這更有力量？軍警被迫撤走，暴徒手中的凶器也偷偷地丟下了。同學們首先搶救被打倒在血泊中的糾察學生，他的慘狀大大激怒了交大學生。這次恐怖事件中，學生2人受重傷，40人受輕傷，14人被捕。
“‘五二’慘案後援會”主席團召開了緊急會議，決定發動全市50多所大、中學校學生於26日向市府請願，要求無條件釋放5月23日以來被捕的學生。請願隊伍分兩路集中，南區在交大，北區在暨大。定上午十時出發，到市政府會合。
26日上午，軍警包圍封鎖了交大、同濟、暨南、複旦等主要大學，不準學生外出。交大提議推派代表會同人權保障會，先與市府當局談判，候有分曉再決定大隊是否前往請願。中午，吳國楨來到交大，與“後援會”代表舉行談判。由學生代表陪同，吳國楨到上院看了學生被打現場和特務行凶的釘棒、鐵尺等凶器，以及被打學生留下的血跡。在這些鐵的事實麵前，吳國楨不得不表示“遺憾”。談判開始後，在學生代表的要求下，吳國楨命令撤退包圍學校的軍警。經過學生代表機智靈活的鬥爭，吳國楨接受了學生的下列要求，釋放被捕同學；受傷同學免費診治；嚴懲凶手；校方、政府保證學生以後的安全；以後軍警進校，應先通知學校當局；學生在學校開會，得校方同意者，軍警不得幹涉。