雍正帝順應時代潮流，委任鄂爾泰、張廣泗、哈元生等官將，統領大軍，剿撫兼用，堅決推行改土歸流政策，裁汰了大批苗族土司、土官、土目，在苗區設立了長寨廳、歸化廳、八寨廳、丹江廳、都江廳、台拱廳、清江廳、古州等廳州縣，任命滿、漢官員轄治，管理苗、漢人民，一般將這些改土歸流的地區稱“苗疆”或“新疆”。苗疆地域廣闊，“辟地二三千裏，幾當貴州全省之半”。世宗大喜，厚賞有功人員，鄂爾泰由雲南巡撫升任雲南、貴州、廣西三省總督，拜保和殿大學士，任軍機大臣，兼兵部尚書，封一等伯；張廣由知府升按察使，再晉貴州巡撫，又擢湖廣總督；哈元生從一個小小的守備升至總兵官，任貴州提督，並因入覲至京，蒙帝特恩，授軍機大臣。
正當清廷慶賀殊勳，有功官將青雲直上興高采烈之時，忽然貴州烽煙大起，緊急警報直奏皇城。由於許多土司不願放棄祖傳特權，兼之新任官員料理不善，甚至作威作福，魚肉苗民，因此不少地區發生變亂。雍正十二年七月，苗人老包到處宣傳“苗王”出現。十三年二月，以官吏“征糧不善”，古州所屬八妹、高表等寨苗人首先起兵，台拱、清江各寨苗民“同聲響應”，攻打官兵營房，一時眾達兩萬之多，事態迅速擴大。
清廷對苗民起兵采取的措施極不得力，犯了不少嚴重錯誤。首先是起事之前地方官員麻痹大意，兵力部署欠妥。貴州省有綠營兵三萬餘名，而一些“緊要州縣”，卻隻有幾十名兵丁。像台拱廳，原係“九股生苗”地區，雍正十年剛設營駐兵，派參將一員，統兵一千駐戍，此地上下九股數百苗寨便起來反抗，圍困兵營，貴州提督哈元生領軍六路合擊，曆盡艱辛，好不容易才平定下去，斬殺和俘獲苗人數千。鄰近這樣易生事端的“九股生苗”之地的黃平州與青溪縣，卻分別隻有兵丁三四十名，不僅不能外出作戰，“即看守城池，亦甚不足”，一遇變亂，自然輕易失守。
其次，苗變之後，省府州縣文武官員庸碌無能，或如在夢鄉毫不知覺，或無力應變，剿撫不力。古州文武官員，“不能善為彈壓，一聞聚集之信，不即迅速擒拿”，以致苗民“漸至附和勾結”，聲勢日大。總兵韓勳擁兵三千，於王嶺擊敗苗民時，“不即行追捕”，“致令蔓延”。都勻府屬清平縣知縣邱仲坦，當苗民圍攻凱裏時，嚴諭民人不得逃避，自己卻見“賊勢凶橫”，退回縣城，待苗民攻下凱裏轉攻清平時，他又“不能巡查防守”，以致一些苗人“入城放火”，獄中犯人乘機全部逃走。平越縣知縣楊興道，對提督統兵征剿所需“一切軍裝糧運”，不認真備辦供應，隻是一味“飾詞推諉，阻滯不前”。平越府知府朱東啟見苗民起事，“畏懼苗疆”，借稱患病，謂求回鄉調理，以避苗亂。貴州巡撫元展成，“平時經理粗疏”，如“在睡夢之鄉”，對苗事不加注意，不“先事預防”，亦不上奏，苗變之時，“又複茫無覺察。”《清世宗實錄》卷157，頁16、19，卷159，頁5、9.這樣一群笨宦劣員怯官懦將，怎能製止成千苗寨的變亂。
再次，雍正帝用人不當，指揮欠妥，領兵人員各持己見，互相攻訐，欽差大臣“行事乖張”。苗變一起，清帝便調兵遣將征剿，授貴州提督哈元生為揚威將軍，以湖廣提督董芳為副將軍，不久又派刑部尚書張照為“撫定苗疆”欽差大臣，命副都禦史德希壽協助。雍正帝還特命果親王允禮、皇四子寶親王弘曆、皇五子和親王弘晝、大學士鄂爾泰和張廷玉、戶部尚書慶複、禮部尚書魏廷珍、刑部尚書張照和憲德、工部尚書徐本等，“俱辦理苗疆事務”。除貴州本省官兵外，又調廣東、廣西兵八千，湖南、湖北兵五千，還有四川、雲南兵，合計三萬餘名。雍正帝還命從直隸保定、熱河、浙江及湖廣西征準部回來的兵丁，抽調五千，前往接近苗疆的湖南，以備應用。大軍數萬，六省會剿，皇上親處苗事，欽差大臣坐鎮，揚威將軍率部衝殺，本來是應當很快平定毫無訓練的苗人的，但是，局勢恰恰相反，官兵遲遲不能奏效。親聆禦旨的欽差大臣張照，“舉動乖張，妄行調遣”，“辦理失宜”，偏袒副將軍董芳，“專主招撫”，對董所辦之事，“極口讚揚”，於哈元生則“痛加醜詆”。巡撫元展成誤認為“熟苗必不致反”，哈元生又因過去屢敗苗民而驕傲地認為“苗人不難撲滅”，董芳則手握重兵，困守八弓，“僅以招撫為可了事”，哈、董二人互不相讓，各自為戰。這種局麵的出現及其遲遲不能糾正，根源在於雍正帝的決策出了差錯。他任命張照為“撫定苗疆”的欽差大臣，就是一大失誤。張照並不是低能之人，而是才華出眾的大文豪，“資學明敏，書法精工，為海內所共推”。他精明能幹，久任刑部侍郎、尚書，頗有建樹，但對用兵卻並不內行。雍正帝之錯在於用非其長，不該用隻長於治學理政之人去統率全軍指揮征戰，更不該對張照這樣意氣用事、因私廢公之人委以重任。號稱洞察秋毫，連大臣在家打牌都能偵悉的雍正皇帝，竟不能了解張照之右董左哈，同意了張照的建議，將大兵一分為二，身為主帥的揚威將軍哈元生僅轄滇、黔軍，隻管施秉以上地區，而為哈之副手的董芳卻統率湖南、湖北、廣東、廣西四省之兵，征剿施秉以下地區。在張照的偏袒下，董芳、哈元生之間，文稿往來，頻繁辯論，專注於劃分雙方之間的轄地，不致力於征剿，嚴重地貽誤了軍機。《清世宗實錄》卷151，頁23；《聖武記》卷7，《雍正西南夷改流記》下；《清史稿》卷304，《張照傳》。
最後，官兵軍紀鬆弛，殺良冒功，是造成征剿不力的重要因素。清軍所至，燒殺擄掠、“概將空寨焚毀，甚至將已撫之苗出寨當夫者，輒行誅戮”。像八寨協副將馮茂，設下奸計，巧言欺騙，誘殺降苗六百餘人及頭目三十餘名。官軍的濫施殺害，激起苗民極大憤怒，幸免於死逃脫之人，“播告徒黨，詛盟益堅，多手刃妻女而後出抗官兵”，因而“蔓延不可招撫”。《清高宗實錄》卷3，頁11；《聖武記》卷7，《雍正西南夷改流記》下。
由於這些原因，從雍正十三年二月二十五日古州各苗寨起事，到八月二十三日世宗去世為止，盡管有六省三四萬官兵征剿，苗亂卻一直延續，而且苗兵還接連攻下黃平、清平、餘慶、青溪等州縣，圍困柳羅、丹江等兵營，“焚掠及鎮遠、思州”，漢民紛紛逃往湖南等鄰近省份，清軍顧此失彼，“疲於奔命”，“驛路四隔”，省城為之戒嚴，黔省大震，西南不寧。《聖武記》卷7，《雍正西南夷改流記》下。
二、庸碌欽差議停改流。
雍正十三年九月初七和初九日，剛舉行登極大典的新君弘曆，兩次降諭嚴厲斥責“撫定苗疆”欽差大臣張照，並先於八月二十八日諭令其回京，實即解除其欽差之職，不久又責其“擾亂軍務，罪過多端”，令嚴審具奏。這位自命為“以皇考之心為心”的孝子，為什麼要罷免皇父委任、信賴的大臣？為什麼要如此不留情麵地痛斥其非並要嚴懲？張照究竟有何大過？
通觀乾隆帝談論張照的十幾次上諭，發現他給張照定的罪狀主要是三條。第一條罪是張照奏請拋棄苗疆，力言“新辟苗疆，當因其悖亂而降旨棄絕”。第二罪為張照假傳聖旨，說雍正帝曾提出“棄置新疆”，並將此作為“密奉棄置之諭旨”，轉告揚威將軍哈元生。第三罪係張照到貴州以後，“挾詐懷私，擾亂軍務，罪過多端”。《清高宗實錄》卷2，頁21、27，卷9，頁9.
張照確實懷有私心，因而在處理苗變時，領導不力，安排欠妥。他本來就是一個長居京師的文官，不懂軍事，又未做過地方官員，不了解苗疆情況。他之所以主動申請前往貴州，是因為他與鄂爾泰一向不和，看到苗變之後雍正帝指責鄂爾泰“措置不當”，便想乘機抒誠打擊仇敵。《清史稿》卷304，《張照傳》。既不諳苗情，又不會兵法，還挾有私心，當然不可能肩負起“撫定苗疆”的欽差大臣重任，以致一誤再誤，數萬大軍不能奏效，就此而論，乾隆帝說張照“挾詐懷私，擾亂軍務”，是合乎實際情況的，沒有冤枉他。但是，乾隆帝給張照定上的第一、第二兩條大罪，是否確有其事，究竟有多少根據，問題就不那麼簡單了，說服力就不強了。
張照提出因苗寨變亂而拋棄苗疆，這顯然是十分錯誤的，是目光短淺庸碌之輩的謬論，應予否定和批駁。但是，張照為什麼要這樣做？真是假傳聖旨，與雍正帝無關嗎？不是，張照的拋棄苗疆之說，並不是他的創新，而是按先皇雍正帝的旨意上疏奏請的，是雍正帝首先提出要“棄置苗疆”。這個主張有其深刻的軍事、政治背景。
古州、台拱等地的苗寨起事，給予雍正帝很大刺激。盡管他親自處理苗事，特設辦理苗疆事務處，調遣六省官兵征剿，遣派欽差大臣，並多次下諭斥責有關官將貽誤軍機，嚴令臣僚克期竣事，還以貴州巡撫元展成經理不當，諭令將其革職留任，如仍失職，即行正法。但這些措施，收效甚微，“大兵雲集數月，曠久無功”，雍正帝氣憤交加，坐臥不寧。原來因辦理貴州等省改流有功而特封一等伯的大學士鄂爾泰，隻好上疏請罪，自認“布置未妥，籌慮未周”，以致台拱九股諸苗“輒行反複，擾累腹地”，懇乞罷大學士職務，削去伯爵。雍正帝諭令解其大學士職，削爵，使其專心養病。這時，一些鼠目寸光、才識低下而又自命為英才的官員，紛紛發表議論，對改土歸流大肆詆毀，“爭咎前此苗疆之不當辟，目前苗疆之不可守”。《清世宗實錄》卷158，頁15；《聖武記》卷7，《雍正西南夷改流記》下。一些官員出於派係之爭，因反對鄂爾泰而反對改流，也乘機而出，大發貶詞。