(二)免賦設屯苗區安定。
用兵苗疆的順利進展及其迅速平定，是乾隆帝即位以後的一大勝利。這位年方二十五歲剛剛主持朝政的青年君主，竟能在戰局不利的形勢下，不受一大群庸臣劣將的影響，擯棄他們妥協退讓的錯誤主張，甚至冒著被人責為違背皇父止兵棄地聖旨的危險，堅主用兵，堅持改土歸流，果斷采取得力措施，更換統帥，懲辦失職官員，全權委付張廣泗率軍征剿，終於力挽狂瀾，扭轉了戰局，大獲全勝，辦好了皇父未能辦成的“最要最重事件”。②《清高宗實錄》卷7，頁43、41.乾隆帝對此當然感到十分高興，重賞有功官兵，厚賜銀米，晉張廣泗為貴州總督兼領貴州巡撫，授三等阿達哈哈番世職，並每年賞給養廉銀一萬五千兩。但是，他並未沉醉於慶賀捷音，無所事事，而是在積極著手進行更為艱巨的工作。
征剿苗變，固非易舉，風餐露宿，崇山峻嶺，瘴霧彌漫，水土不和，瘟疫流行，軍情瞬息萬變，未必能穩操勝算。但是，以全國之力製一隅之地，遣派六省官軍對付數萬素無訓練的苗民，隻要調度有方，總是能夠辦得到的，可是要治理苗疆，使其今後不發生或少發生變亂，則顯然是更為艱難。雍正四年起，為在苗區改土歸流，用兵五六載，剛剛收兵，設州縣，委流官，建兵營，收賦稅，台拱上下九股數百苗寨即於雍正十年起事，圍攻大營，持續將近一年，才被官軍打壓下去，不久又發生了這次大的變亂。這兩次苗變表明，清廷必須采取正確措施，才能真正穩定苗疆，少起動亂。
早在戰爭還在進行的時候，乾隆帝就在探究造成此次苗變的原因，而且得出了應有的結論。他於雍正十三年十一月諭告經略張廣泗說：古州之變，是因為苗民“原屬化外不入版圖之人，一旦製之以禮法，賦之以租稅，雖雲最薄最少，以示羈縻”，亦必引起反感，以致“僨事”。②因此，他在平定苗變後，明智地、果斷地在苗疆實行了與其他地區不同的新政策。最重要的一條是免除苗賦。乾隆元年七月初九日，弘曆頒發了“永除新疆苗賦”的聖旨。他先簡要地說明了改流和用兵的原因，指出之所以要將苗疆“收入版圖”，是由於苗民“俯首傾心”，切望“輸誠歸順”，故允準督臣的請求，實行改流，使苗民能夠“沾濡德澤，共享升平之福”，並非貪圖其土地人口。當初所定糧額，“本屬至輕至微，不過略表其向化輸租之意”。不料苗變發生，危害人民，因而發軍征剿。接著詳細說明下令免除苗賦的緣故，他指出，苗民“皆吾赤子”，起事之苗，“身罹刑辟，家口分離”，甚為可憐，而現在的“就撫苗眾”，“多屬脅從附和”，還有不少從未參與變亂“始終守法之各寨”，這都必須“加意撫恤”。而苗人納糧，正額雖少，“但征之於官，收之於吏”，繁雜之費，恐“轉多於正額”，隻有“將正賦悉行豁除”，使苗民與胥吏“終歲無交涉之事”，“則彼此各安本分，雖欲生事滋擾，其釁無由”。因此令總督張廣泗出示通行曉諭，“將古州等處新設錢糧，盡行豁免，永不征收”。這樣，苗民“既無官府需索之擾，又無輸糧納稅之煩”，各自耕田鑿井，“俯仰優遊”，“永為天朝良順之民，以樂其妻孥，長其子孫”，他們便不會舍棄安居樂業而生變亂。②《清高宗實錄》卷22，頁20、21，22.
另一重要政策是尊重苗民風俗。他在上述永除苗賦的諭中同時又講道，苗民風俗，與內地百姓大不相同，因此規定，今後生苗中“一切自相爭訟之事，俱照苗例完結，不必繩以官法”。至於生苗與漢族兵民及熟苗爭執的案件，則屬於文官應辦者，歸文臣辦理，應隸武將者，由武官辦理，有關官員必須“秉公酌理，毋得生事擾累”。②。
乾隆帝實行的第三項重要政策屯田，則不如免賦那樣一諭定局，而是經過好些反複。乾隆元年十一月二十二日，他在審閱總督張廣陳奏的苗疆善後事宜時，諭告總理事務王大臣，指出張奏請將“逆苗絕戶田產”分給漢民領種的辦法大為不妥，因為“苗性反複靡常”，現雖懾服，今後難保永安，若將“所有逆產招集漢民耕種”，萬一苗變再起，漢民將受其害。因此，“逆苗因罪入官之地”，可設屯軍，令兵丁耕種，這樣，無事可盡力務農，萬一有警，“就近即可抵禦”，所收糧穀，“又可少佐兵食”，以省內地的轉運，且使苗疆駐兵有所增多而又能節省添兵的費用。讓王大臣告訴張廣泗。《清高宗實錄》卷31，頁4、5.
這個辦法遭到一些大臣的反對。協辦吏部尚書事務顧琮奏稱，於深山邃穀招募屯田，是“盡奪生苗衣食之地”，甚為不妥。可是，總督張廣堅決執行皇上諭旨，積極籌辦屯田事項。乾隆二年八月二十九日，張廣泗上奏：遵旨籌劃苗疆，已將“叛苗絕戶田產，安設屯軍”，原來計算絕戶田地，約可安屯軍五六千戶，現據各州縣報告，清江縣可安屯軍二千六百餘戶，八寨可安八百餘戶，丹江九百餘戶，古州、台拱、凱裏、黃平、施秉、勝秉，清平等地可安六七千戶，共計能設屯軍一萬餘戶，應設屯堡一百餘處，皆分布於形勢險要之處，對保證苗疆“經久之計”，“已屬萬全”。乾隆帝對此加以讚許，並經總理事務王大臣核議奏準，令張廣泗照此方案辦理。《清高宗實錄》卷49，頁19.不料，雲南總督尹繼善來京覲見時，高宗向彼詢及苗疆事務，尹繼善詳細論述安設屯軍的不妥。這可使皇上困惑了。這個尹繼善，並非等閑之輩。其父尹泰，原係一小小佐領，因受世宗胤賞識，晉至大學士兼兵部尚書。尹繼善亦被世宗寵信，曆任署廣東布政使、江蘇巡撫、署河道總督、署兩江總督、協辦江寧將軍、雲貴廣西總督，乾隆元年因貴州別設總督始專任雲南總督。尹繼善於雍正十一年指揮官兵平定了台拱苗變，十二年奏定新辟苗疆諸事，十三年又發雲南兵並征調湖廣、廣西兵策應，配合張廣泗平定了古州苗變。這樣一位久任封疆大員、直接處理過苗變的雲南總督，建言屯田之不可設，其說服力是很強的。因此，乾隆帝於二年閏九月十二日下諭，停止貴州古州苗田屯軍。他諭告總理事務王大臣：尹繼善奏稱“分布屯軍之舉，尚未妥協”。看來，苗民不願開設屯田，若將“逆苗”之田“收之於官”，則將招苗人反感，“輕重失宜”，與經理苗疆之意不合。令即將此旨馳告張廣泗，命其立即停辦屯田。他又專降一旨諭古州等處苗民說：督臣奏請將“逆苗絕戶叛產”分給屯軍，考慮到此等“絕田”“未必盡係無主之產”，“不忍以爾等自有之業，強令歸官”，因此特頒諭旨，令經理大臣“停止屯軍之事”。爾等受此厚恩，當“安分守法，永為天朝良民”。《清高宗實錄》卷52，頁14―18.
貴州總督張廣泗接旨後，仍堅持要設立屯軍，專上奏疏力爭，並稱“願以身家相保”。乾隆帝閱過奏折仔細考慮後，同意張的建議，降旨批示說：“卿既熟悉苗情，又屢經籌度，且以身家相保，朕自然聽卿料理”。《清高宗實錄》卷55，頁16.設屯之事得以繼續進行。
但是，爭論並未結束，乾隆三年四月二十九日，兩廣總督鄂彌達特上長疏，極言興辦屯田的危害。他的主要根據有二：一係苗人全靠“刀耕火種”，無其他營生之業，過去地畝寬餘，“始獲相生相養”，如將田收歸屯丁，則今後地少人多，“不能仰事俯育”，“必致怨生”。二為屯丁不能自耕，仍需招苗人耕佃，苗民“以世代田產，供他人之倍收”，又為兵丁佃戶，“久之視同奴隸”，“既衣食無賴，又兼役使鞭笞”，這樣下去，他們“既不樂生，又何畏死”，恐怕不出十五年，“古州之事複見矣”。②《清高宗實錄》卷67，頁33、34，33、34、35.乾隆帝閱讀後，又猶豫不定，降旨批示說：“此奏識見甚正，即朕意亦然”，故於去年特頒停設軍屯諭旨，但張廣泗堅持要辦，“伊係封疆大臣，又首尾承辦此事，不得不照彼所請，然朕則以為終非長策也”。現觀此奏，交軍機大臣詳議。②不久諭令張廣泗回奏。