莊有恭之案至此告一段落，但段成功之案卻仍在繼續深查嚴審。原來，乾隆帝在諭令嚴審莊、段之案的過程中，又訪聞段成功以往在山西陽曲縣當知縣時，曾虧空帑銀，及其升任蘇州府同知離任，“上司代為彌補”，因此命江蘇巡撫明德將段成功押往山西，交山西巡撫彰寶收審。欽差四達又奏稱，請將從前保舉段成功堪任知府的上司，查明交部議處。三十一年二月十一日，彰寶之折至京，奏稱：段成功於升授同知時，“虧空銀一萬兩以外，上司知情彌補，俱屬確實”。這裏講的上司，是原為山西巡撫現移任陝西巡撫的和其衷。
乾隆帝讀過彰寶的奏折後，十分惱怒，立下長諭，痛斥和其衷等官之罪，盡革其職，一並究審。其諭說：
“此事可謂大奇！從前蔣洲虧空庫帑勒派婪贓一案，經朕大加懲治，方謂凡有人心者，皆當知所儆懼，而晉省覆轍在前，尤當引以為戒。不意未及十年，複有上下關通營私欺罔若和其衷之甚者，實出朕意料之外，是其罪較莊有恭更重矣。……和其衷明知屬員虧空盈萬，不但不參劾究治，……(反轉為出資相助)掩飾彌縫，其玩法欺蔽之罪，尚可貸乎！……且段成功僅一縣令，何至虧空如許之多？即雲首邑用度較繁，亦不應妄費若此，而通省各上司，何以互相容隱，竟無一人舉發其事，和其衷甚至給銀五百兩代為湊補，是段成功平日必有交結逢迎之處，不可不徹底根究。若和其衷竟受其饋送，遂爾曲意周旋，則更不能稍稽刑憲矣。和其衷前此曾獲重愆，經朕棄瑕錄用，擢至巡撫，竟敢如此徇私藐法，深負朕恩。和其衷著革職拿問，派四達前往山西，會同巡撫彰寶，將此案各情節秉公嚴審定擬具奏。……至文綬係專管錢糧大員，明知屬員虧空，縱容彌補，劉墉係親臨知府，並不揭報虧空，通同容隱，按察使藍欽奎、前任冀寧道富勒渾知情不舉，均非尋常徇庇可比，俱著革職，交與四達等，將有無授意及助銀彌補之處，一並究審。”《清高宗實錄》卷754，頁20、21、22、23.
不久，四達、彰寶奉旨查明後奏稱：段成功僅在陽曲當了半年知縣，就虧空庫銀一萬餘兩，庫簿所載幫銀彌補的州縣官員有三十二人，在短短的交代限內，“即能彌補足數，苟非上司授意，焉能迅速齊全”。和其衷供稱：前赴熱河陛見時，係段成功代雇騾腳，又帶信令段購買皮張，用銀九百八十兩。“段成功平日與通省州縣，俱有交接，其自行央懇幫助之處，藩司、知府俱屬知情，又向劉墉麵催兩次，據稱現在嚴催彌補。”《清高宗實錄》卷753，頁22，卷754，頁15、23，卷756，頁13、14、15.
乾隆帝聞悉，連下數諭，痛斥和其衷等官徇私黨庇，交結饋遺，將和其衷論斬監候，革山西布政使文綬、太原府知府劉墉職，發往軍台效力贖罪。把幫給銀兩為段成功彌補虧空的州縣官員交部嚴加議處，處死段成功。乾隆帝從這樣一位知縣、同知縱容家人書役詐擾的小型案件，清查出一大批黨庇徇私違法的官員，將兩位巡撫斬監候，一員總督革職留任，兩位按察使革職發往軍台效力贖罪，九十名州縣官員交部議處，把官官相護、吏治廢弛的情弊，又一次公諸於眾，並有所整飭，可見其對貪官汙吏確係不為姑容。但是，懲治歸懲治，貪汙仍貪汙，兩年以後又發生了一起大的貪汙案子。
第二節皇親、勳貴違法遭懲。
一、鹽政高恒納銀數萬兩被誅。
乾隆三十三年六月初七日，乾隆帝讀過新任兩淮鹽政尤拔世的奏折，十分驚異。尤拔世奏：上年兩淮鹽政普福奏請預提戊子綱引目，乃令各商每引繳銀三兩，以備公用，共繳貯運庫銀二十七萬八千兩餘，普福任內支過八萬五千餘兩銀，其餘現存十九萬餘兩，“請交內務府查收”。