緊接著，兩江總督高晉的奏折又送至京，高晉說：“莊有恭原參，即有段成功抱病被蒙字樣。”乾隆帝異常驚訝，於正月十三日連下兩諭。第一道諭旨講了兩個問題，一係段成功之罪。他說：四達會同兩江總督高晉查出，“此案出票婪索，皆係段成功親筆標發，實有染指等弊，則段成功之情罪，已無疑義”。這算是他所預料到的。第二個問題卻大出他意料，他十分詫異也非常生氣地說：高晉所奏莊有恭於八月參劾段成功的折子內，有段“抱病被蒙字樣”，讀後“實屬駭異”。莊有恭既已訪知段成功有出票婪索之事，具本參劾，“豈有複信其抱病被蒙之理！”其若仍任江蘇巡撫，絕不肯如此姑息了事，亦不肯為此隱約兩可之語。其意以為，離任在即，何必結怨，故留此間隙，即使他日審出實情，亦可搏救之不得之名，如因此而開脫了段成功，便可“解怨市恩”，“此等卑瑣居心行事，尚安得為純臣乎！”“莊有恭受朕深恩，特加擢用，乃敢為此巧於市恩之術”，“是有心欺朕矣”，著將其交部嚴加議處。第二道諭旨是令將孔傳珂、朱奎揚革職鎖拿，交與四達等官，“嚴行究訊，務得實情”，質審明確後，再解部治罪，如孔、朱二人再不吐露實情，其首領必不能保全。②乾隆帝此時對段成功之案，算是有所了解了，知道莊有恭是在施展隱約兩可之計，但這還隻接觸到此案的第一層，距案之最深處還不了解。莊有恭之如此冒險行事，不僅僅是為了包庇屬員，解怨市恩，還有更深的隱情。
此諭下達七天後，正月二十日，吏部擬議處分之疏送呈帝前，建議將“巧為解怨市恩”的莊有恭，革去刑部尚書與協辦大學士之職，將兩江總督高晉予以降調處分。乾隆帝諭令革去莊之協辦大學士職，餘俟四達審明之後，再行處理，高晉著革職從寬留任。
又過了四天，正月二十四日，案情又有了新的發展，欽差四達之折到京。四達奏：“據原知府孔傳珂供：段成功被參劾後，巡撫飭他審訊時，“曾經莊有恭麵諭：如果他(指段成功)家人書役不供出段成功知情得贓，也就罷了”。原按察使朱奎揚供：莊有恭曾麵諭段成功一案，府審止係家人書役得贓，段成功不知情，可照此揭參。“竊窺莊有恭意在從寬，遂亦不加深究”。乾隆帝閱奏後，非常生氣，下諭指責莊有恭“居心欺詐”，“此案之上下相蒙，俱由莊有恭授意指使，以致臬司、知府扶同欺混”，若再姑息其過，“何以董正天下督撫哉”！著將莊有恭革職，拿交刑部，命軍機大臣會同刑部嚴審定擬具奏，其前在學政任內有應罰未完銀兩，曾加恩寬免，今仍著照數追繳，並將其在廣東原籍及蘇州寓所貲財嚴行查封，不許稍有隱匿寄頓。他又指出，莊有恭：“並非袒護段成功，而於保舉段成功之和其衷，則曲意為之瞻徇，因和其衷為新任巡撫明德弟兄，恐事發累及舉主，有礙顏麵，遂爾心存瞻顧。上司屬員，意會色授，各相喻於不言。”《清高宗實錄》卷753，頁14、15、16、18，卷755，頁12.
三十一年二月二十一日，刑部議處有關人犯之奏說：莊有恭原發款單，即有段成功患病之語，而具題參劾，複先敘入，豫為將來卸罪之地，是此案徇縱，實由莊有恭開其端，而孔傳珂、朱奎揚揣合意旨，不加究詰。莊有恭應照罪該處死巧言諫免暗邀人心律，擬斬，監候秋後處決；孔傳珂、朱奎揚應照聽從上司主使出入人罪律，擬斬，監候秋後處決。乾隆帝降旨：“外省上下和同，官官相護，積習最為惡劣，若不急為整飭，將啟黨援門戶之弊，於世道人心，深有關係。朕力挽頹風，遇有此等案件，惟有嚴加懲創以飭紀綱，內外大小臣工，各宜守法奉公，痛自湔洗，務使錮習一清，毋蹈覆轍”。莊有恭身為巡撫，屬員視其趨向，自應依律問斬，著監候秋後處決。朱奎揚、孔傳珂究係為從，著從寬免其死罪，發往軍台效力。“並將此通諭中外知之”。《清高宗實錄》卷755，頁11、12、13.