當督撫遵旨上奏前後，乾隆帝對李侍堯一案及其涉及之處，作了如下的處理。其一，委補大員，懲治劣官。李侍堯因罪革職而空出的漢大學士一缺，命戶部尚書英廉補授，委和接替英廉之戶部尚書，以劉秉恬為雲南巡撫，任顏希深為貴州巡撫。東川知府陳孝升代李侍堯交付銀兩置辦物體，“有玷官箴”，革其職。督標中軍吉隆阿副將與總督家奴劉十兒稱兄道弟，按溺職例革其職。將已故巡撫裴忠錫、革職巡撫孫士毅原籍家產查封存記，俟雲南查出虧空銀數需其賠補時，將其家產扣抵，如有餘剩，仍予給還。
其二，清理雲南各府州縣倉庫錢糧。和奏稱：“自李侍堯婪索屬員，贓私狼藉，雲南通省吏治廢壞，聞各府州縣多有虧空之處，必須徹底清查”。乾隆帝下諭：李侍堯任意貪婪，按察使汪圻等“仰承意旨，爭饋多金，若非侵漁屬員，安所取資；則各府州縣中之虧空，勢所必有，不可不嚴行根究，以清帑項而整官虧”，待福康安到任後，將通省各府州縣倉庫錢糧逐一詳查。《清高宗實錄》卷1103，頁11，卷1106，頁19.
其三，寬待李侍堯之家屬。乾隆帝命將李侍堯名下置買的田產等物查明入官，其盛京房地及老圈地畝，不用籍沒。其之伯爵，係李永芳子孫的公共世職，不應剝奪。後以其弟李奉堯襲爵。《清高宗實錄》卷1106，頁28，卷1110，頁19，卷1121，頁2.
十月初三日，乾隆帝最後決定了對李侍堯的處理意見並予以宣布。在此之前，各省督撫均已遵旨回奏，絕大多數總督、巡撫讚成大學士、九卿所擬之斬決，原因很簡單，他們與李皆為督撫，如若輕議其罪，恐被別人以及皇上認為有心袒護李侍堯，為己貪婪打掩護，因而勉強附和大學士所議。隻有一位總督一位巡撫，對大學士之議不太讚成，另一位總督原主寬減，後改請立決。閩浙總督陳輝祖對將李侍堯之擬斬決，頗有異議，但陳輝祖不敢直言，僅奏請將李之罪再交尚書和與大學士、九卿複議，意在“主監候”，但並不“據見直陳，作遊移兩可之詞”。湖廣總督富勒渾在江南行宮朝見乾隆帝時，盛讚李侍堯“曆任封疆，實心體國，認真辦事，為督撫中所罕見”，其意以為李雖晚節不飭，但尚可棄瑕錄用，不料當帝命督撫各抒己見時，富勒渾又按大學士之議，請將李正法。乾隆帝斥責富勒渾“自異其說”、陳輝祖“遊移兩可”，令將二人交部察議。《清高宗實錄》卷1106，頁5、6.
隻有安徽巡撫閔鶚元摸準了帝欲寬免的意旨，冒險奏請按和之擬結案，斬監候，而不是大學士、九卿所擬斬立決。他奏稱：李侍堯以大學士辦總督事，貪黷營私，罪無可逭。“惟是李侍堯曆任封疆，勤幹有為，久為中外推服，可否援照八議條內議勤議能之文，稍寬一線，不予立決，出自聖恩。”《清高宗實錄》卷1116，頁4；《清史稿》卷323，《李侍堯傳》，卷338，《閔鄂元傳》。閔鄂元這番話，講得頗為巧妙，既言李貪汙不法罪不容赦，又雲其才幹超群，眾望所歸，最後又搬出“八議”，求帝施恩，說得頭頭是道，各方麵均予照顧，正中帝欲免李之死的下懷，為其赦李斬決之罪搭好了一個下台之階。因此乾隆帝於四十五年十月初三日正式下達免予立斬李侍堯之諭。他說：
“各省督撫核擬李侍堯罪名一案，俱已到齊。李侍堯以大學士兼管總督，受恩最深，乃敢營私敗檢，驕縱妄行，實出意料之外。核其情罪，非僅如彰寶之因病縱性致家人勒索供應者可比，較之從前恒文、良卿貪婪法，致罹刑憲，情節實約略相等。惟恒文等甫任督撫，即肆意婪贓，平日又無出力辦事之處，李侍堯則身任總督二十餘年，如辦理暹羅，頗合機宜，緝拿盜案等事，亦尚認真出力。且其先世李永芳，於定鼎之初，歸誠宣力，載在旗常，尤非他人所可援比。是以前於尚書和照例定擬斬候，大學士、九卿請改立決時，朕複降旨令督撫等各抒己見，確議具題，原欲以準情法之平。茲各督撫，大率以身在局中，多請照大學士、九卿所擬，而閔鄂元則以李侍堯曆任封疆，勤幹有為，為中外所推服，請援議勤、議能之文稍寬一線具奏。是李侍堯一生之功罪，原屬眾所共知，諸臣中既有仍請從寬者，則罪疑惟輕，朕亦不肯為已甚之事，李侍堯著即定為斬監候，秋後處決。……將此通諭中外知之。”《清高宗實錄》卷1116，頁4、5.