乾隆帝覽折後，於折上加了駁斥的批語，並在十月十二日下諭指責阿桂之誤。他就四個問題論證了陳之狡辯和阿桂的輕信。其一，陳輝祖如無侵蝕金子之事，則是聽王？望之請托，“為之營私舞弊，所關甚大，陳輝祖取死之道，實在於此”。王係已獲死罪之人，陳豈有代王“擔承如此關係為之彌縫掩飾之理”？必係陳希圖侵蝕，將金入己，聞有交盛柱密行訪查之信，始陸續將金吐出。其二，此係總督交仁和、錢塘二縣承辦之事，“何弊不可為，即有庫收，安知無倒提年月等事”。阿桂等人到浙，為何便信以為真？“此一節，係此案最要關鍵”，應嚴訊陳輝祖及經手之仁和、錢塘二縣官員，“令其據實供吐”。其三，阿桂稱金子未曾短少，可是，布政使李封曾奏因嫁女換金五十兩，陳解交內務府金葉九兩三錢，且李封尚得金子，其餘經手之人如國棟、楊仁譽等，“所買之數，自必更多”，此等金子皆應在四千七百餘兩之內，何以並未扣除？其四，朝珠之事，必係陳欲換取王？望的好朝珠，故粉飾諸詞，阿桂為何不就此嚴切究問陳輝祖。②。
乾隆帝諭令將陳輝祖在任所的財產，與王站柱所造底冊詳細核對，並命王站柱識認，如其家中有王？望之物在內，“即可從此一款根究，其餘無難水落石出”。他責令阿桂、福長安究審查明上述情節，若不查清，將遭重懲。③。
乾隆帝能夠這樣理直氣壯、滿懷信心地斷定陳輝祖犯了抽換王？望抄家財物之罪，不僅僅因為他發現了陳之供詞有漏洞，看出了阿桂所作陳無問題的結論之非，而且因為他深知金、銀兌換的比例及金乃稀少之物，人們常欲以銀換金，牟取利益和製作用品。他在另一諭旨中指出，一兩黃金換銀二十兩上下。姑按一兩金換銀二十兩計，四千七百餘兩金當換銀九萬四千餘兩，陳輝祖解交內務府之銀隻有七萬三千五百餘兩，其中還有從王？望家抄出之銀二三萬兩，則陳以四五萬兩白銀盜換了價值九萬餘兩銀的黃金，可獲純利白銀四五萬兩。這筆賬是極易算明的，乾隆帝看準了這一點，因此斷定此案必有問題。至於阿桂所說易銀之金於四十六年末已交存庫內，更不值一駁，藩庫收條完全可以倒填日月，將奉旨查抄以後才放入庫中之金，改寫為早已入庫，這一官場慣例，皇上深知，阿桂也不會不明此習。素稱善於偵查、屢辦欽案的大學士阿桂，此次不知為何如此糊塗，其聰明才智焉在？確係一疑問。
以上諭旨，批駁了陳輝祖的狡供，否定了欽差阿桂的錯誤結論，斷定陳之罪過已經確鑿無疑，指示了審案的方式和突破的途徑，嚴令阿桂等官必須徹底查究，這一切，為查清陳輝祖等犯抽換王？望入官財產的大案，奠定了基礎，案件的審理得以迅速順利地進行。
(三)欽差遵旨改錯貪督認罪下獄。
阿桂、福長安接旨後，知道自己犯了錯誤，立即遵諭加緊辦案。乾隆四十七年十月二十九日，阿桂、福長安之折到京。阿桂奏稱：將經手的委員、官員、胥役等“設法推究，隔別盤詰”，“據劉大昌等供出陳輝祖抽換玉器字畫等件，並換金八百兩，質之陳輝祖，業已供認”，“並究出從前繳庫易金銀兩挪移掩飾及倒提年月各情弊”。乾隆帝覽折後十分高興，下諭說：“此奏方得實情，閱之稍為爽視。此等偷換隱匿，弊竇顯然，朕早已鑒及”。“若非朕屢降嚴旨，訓飭駁詰，阿桂等未必肯別求間隙，層層推究至水落石出也”。那樣一來，阿桂等懷有成見，必致開脫陳輝祖之罪，“代伊受過”。幸其二人及早悔悟，“全案盡破，果不出朕所料，未始非阿桂等之幸也”。《清高宗實錄》卷1167，頁26.不久，署河東河道總督何裕成奏：陳輝祖交其妻舅申兆銀三萬兩，“令開典鋪生息”，又於上年十月內交其雜色金一千餘兩，“囑其易銀營運”，並令申兆“勿向人言”。③《清高宗實錄》卷1168，頁11、12，2、3.