過了兩天，四月初六日，乾隆帝又對軍機大臣下諭，講了查審國泰一案的方針和辦法。他說：
“昨據禦史錢灃參奏國泰、於易簡等貪縱營私，遇有提升調補，勒索屬員賄賂，以致曆城等州縣倉庫虧空，請旨嚴辦一折，已麵降諭旨，令和等嚴切查究，自能遵照辦理。朕輾轉思維，折內所稱倉庫虧空至八九萬兩不等，和等到彼時，迅速逐一比對印冊盤查，自無難水落石出，此事尚屬易辦。至各屬以賄營求，思得美缺一節，不特受賄者不肯吐露實情，即行賄各劣員，明知與受同罪，亦豈肯和盤托出。即或密為訪查，尚恐通省相習成風，不肯首先舉發，惟在委曲開導，以此等賄求，原非各屬等所樂為，必係國泰等抑勒需索，致有不得不從之勢，若伊等能供出實情，其罪尚可量從末減。和等必須悉心明白曉諭，務俾說合過付，確有實據，方成信讞。此事業經舉發，不得不辦。然上年甘省一案，甫經嚴辦示懲，而東省又複如此，朕實不忍似甘省之複興大獄，和等惟當秉公查究，據實奏聞。將此由六百裏傳諭知之。”②。
此諭講明了三個問題。其一，乾隆帝基本上已經相信錢灃之劾疏，認為山東巡撫國泰是在納賄營私，視下屬饋贈之多少，定其升降去留，派和等前往查辦和處理。其二，曉以自首從寬政策，諭令欽差大臣委曲開導，使送銀之官能供出實情，查出確證，方行定案，如不明白曉諭，恐受銀收銀之人不肯吐露真情，通省官員相習成風，不願舉發，有礙案情的查審。其三，宣布不像甘省捐監冒賑那樣複興大獄，這也對穩定山東府州縣官員情緒，促其盡早舉發，將起到重大作用。如不明示此意，他們害怕像甘省官員那樣革職抄家誅戮或充遣，就會心懷疑慮，既不利於辦案，又將貽誤地方公事。就此而言，乾隆帝的這道諭旨，對查清國泰貪縱營私一案，提供了比較有利的條件。
當然，乾隆帝之諭，也有其估計不確之處。比如，他認為倉庫虧空一事，容易辦理，隻要按照印冊盤查，就會查明，“無難水落石出”。此言未免太淺薄了，這表明他對官場積弊，尤其是倉庫錢糧之虧空，所知不多，不知道這裏麵大有文章，地方官員舞弊之法很多，應付欽差大臣盤查之策也不少，欽差有意上下其手者亦大有人在，並不是一派人盤查就能知悉真相的。此案即係一例。
又過了兩天，四月初八日，乾隆帝複諭軍機大臣：安徽按察使呂爾昌，從前曾任山東府道，“屢經國泰保奏”，現禦史錢灃參劾國泰貪婪不法。“呂爾昌係國泰用人”，且在山東曆任府道，“錢灃所奏國泰等種種劣跡，呂爾昌斷無不知之理”。著兩江總督薩載即傳呂爾昌到省，“傳旨令其將錢灃所參款跡，伊在山東時所見國泰、於易簡如何貪縱營私，並伊如何與國泰交結，國泰何以信任保奏伊之處，逐一據實指供，毋許絲毫欺隱”，否則重懲。②《清高宗實錄》卷1154，頁12，8、9.這對清理國泰之案也起了作用。
乾隆帝委派了三位欽差大臣，按其職銜之高、權勢之大和受帝之寵信看，和是軍機大臣、戶部尚書，還身兼多種要職，是皇上之第一寵臣，此次又在三位欽差中名列第一，顯然是這一欽案的主要負責人。劉墉雖係乾隆帝倚任的親信大臣大學士劉統勳之子，但相父已去世七年，本人僅係左都禦史，權勢、資曆當然遠在和之下。諾穆親條件更差，僅僅係一工部右侍郎，而且剛因祀天大禮布置不周，遭帝訓斥，被帝革去頂戴花翎，革職留任，“十年無過，方準開複”。②這樣一位瀆職遭懲之官，怎敢得罪掌握實權的軍機大臣和，自然會以其馬首是瞻，不敢堅持是非抗違其言。
和本身就是一個攬權納賄的最大的貪官，也很有可能接受過國泰饋送之銀物，這次對國泰極力袒護。在這樣條件下清查國泰之貪縱營私，談何容易，錢灃的處境，確是相當的艱難。