溫福一路失敗以後，乾隆帝把希望寄托在阿桂身上，於六月二十四日下諭說，據阿桂奏：“現在派兵防守，殺賊多人，並設法將叛逆降番羈其頭人，殲其醜類，剿清後路軍營，軍心穩定”，儲備充裕，鉛藥敷用。阿桂所辦，“甚合機宜，實為嘉慰”，著即授阿桂為定邊將軍，另整規模，俟京兵到齊後，另籌進剿，“務須掃蕩賊巢，擒殲兩逆，以雪憤恨而申威令”。②。
乾隆帝極為擔心阿桂一路的安危，恐其被金川截斷後路全軍覆沒，多次下諭指出，“此時最要之事，惟在阿桂從軍營回至美諾”，“惟接阿桂，最為緊要”，催促海蘭察開通阿桂的後路予以接應，要求阿桂盡快撤退至美諾。《清高宗實錄》卷938，頁5、29.他的擔心是有根據的，阿桂處境確實危險。木果木清軍慘敗之訊，鼓舞了大小金川人鬥誌，紛紛出擊，已降之小金川人亦欲起而響應。綠營兵本來就懦弱怯戰，現在得知將軍戰死，更易動蕩不安，如不及時采取得力措施，綠營兵必狼狽潰散，那時阿桂就將落到與溫福一樣喪命的下場，木果木之敗的情景又將出現。更使乾隆帝不安的是，海蘭察等抵擋不住金川的進攻，被迫從美諾撤出，後退至很遠的日諾屯駐，更難以接應阿桂了。
在這萬分險惡的緊急關頭，副將軍阿桂采取了嚴守防地、清除內應、斷絕河南河北大小金川人丁之間的聯係等緊急措施。阿桂一聞底木達失陷，便“料其必有小金川番人為內應，即察各寨頭人內之跡涉可疑者，羈留營中，不令回寨”，又於當噶爾拉至章穀後路一帶，“將小金川精壯男番殲滅，碉寨盡行燒毀”，並派兵在達烏、翁古爾壟等處防剿，其僧格宗至當噶爾拉之必經之路的色木則，令奎林、崔文傑堵剿，撲殺多人，添兵防護納圍糧站，征剿河以南之拉約寨，“痛加剿戮，焚燒寨落”，又盡收皮船，使河南、河北大小金川兵丁不能往來接應，從而清除了隱患，切斷了大金川的內應，穩定了軍心，防禦嚴密，累敗敵兵。《清高宗實錄》卷937，頁34、43，卷938，頁24，卷939，頁1、5.因此，盡管海蘭察一路官兵已經撤退，“豐升額一路現又分撥官兵護糧防後，亦不能竭力西攻，所有賊番力量全注於當噶爾拉(即阿桂軍)一路”，但阿桂仍然信心十足，向帝奏稱：“當噶爾拉一路，軍糧火藥尚為充裕，惟有悉力籌辦，即賊匪百出侵擾，臣等鼓勵眾心，亦尚能堅守兩三月”。
大金川土司索諾木見阿桂防守嚴密，難以進攻，又想讓清軍盡早退出大金川，遂多次遣派頭人到軍營稟稱，“我金川係大皇帝家舊土司，如今官兵百姓等，我金川一點不敢侵擾”“(索諾木)吩咐兩金川人眾，凡阿將軍處出來兵丁百姓，斷不可稍有傷損”，希望清軍退出。《清高宗實錄》卷939，頁4、50.阿桂因“當噶爾拉後路險仄綿長，如翁古爾壟、策爾丹色木等處，懸崖鳥道，隻需數十人據截，雖有多兵，不能衝過。即如木果木一路官兵二萬有餘，德爾森保一經失事，即不足恃，皆因後路一斷，兵卒等慌張潰亂所致”，故“將計就計”，立允其請，於六月二十五日陸續撤兵，分撥於思紐、得裏、翁古爾壟、阿仰、卡了、邦科、約咱、索布章穀等處，他自己親帶滇兵一千六百名斷後，於七月初一日撤出，在翁古爾壟、思紐扼要地方暫為存駐。大金川守信，未予截擊。撤出之時，阿桂見沿途各隘，皆有忠於清帝之士兵“駐守接應，始知巴旺、布拉革底土司已將得力頭人盡數派出，並攢集土司把守後路，其明正土司及革布什咱土司，亦各尚知報效，不肯為賊番等所眩惑”。②③《清高宗實錄》卷939，頁2、4、5、25、50，2、3、6，10.
乾隆帝於三十八年七月十六日收到阿桂全師而出退駐翁古爾壟的奏折，非常高興，立諭軍機大臣：“連日盼望阿桂軍營信息，甚為懸切，因屢諭富勒渾及富德等速往帶兵接應”。今阿桂全師而出，“朕心稍慰”。阿桂此次辦理，“事事妥協，甚屬可嘉，已授為定邊將軍，統辦進剿之事，實堪倚任，此外大臣等，亦罕有能出其右者，阿桂即當實力擔承此事，不必稍存疑慮”。②。
乾隆帝認為，阿桂安全回駐，使“大局已定”，從此便積極調兵遣將，“一俟兵力略振，即可收複小金川”，並進剿大金川。③金川之役即將進入新的階段了。
三、用名將撥銀七千萬兩誓擒“二酋”五天取美諾八日盡據小金川。
乾隆皇帝弘曆從三十八年六月二十三日獲悉溫福喪身於木果木起，至十月底，抓緊進行再征金川的準備工作。他主要做了三件事。其一，選任將帥。乾隆帝認為，木果木之敗的主要原因是任帥用將失誤。剛開始，他還以為溫福的失事，是由於提督董天弼丟了底木達、頭等侍衛德爾森保疏於防備，故對溫福之死表示悼惜，賜封伯爵，待後知悉其種種過失貽誤軍機時，才深悔用其之誤。他於三十八年七月初十日下諭，曆數溫福之錯說：“溫福軍營，民散在前，兵潰在後，實係溫福未能先事預防所致”，“溫福之倉皇失算，其死乃由自取”。溫福軍營陣亡文武大小各員多至數十人，而將弁兵丁之未出者至三千餘人，“此皆溫福乖方僨事，以致折將損兵，使其身尚在，即當立正典刑，以申軍紀，豈可複膺五等之封”，著革其伯爵。“朕之誤任溫福，又誤信其不發勁旅，悔已無及，惟有引咎自責而已。”《清高宗實錄》卷938，頁35、36、38.