將軍阿桂遵照帝旨，緊張安排金川善後事宜，主要是安插降番和治理新區。阿桂、豐升額、明亮三路進軍以來，陸續收納了“投出番人二萬有零”，除將形跡可疑及罪大之人及時正法外，其餘人員分別安插到革布什咱、綽斯甲布、梭磨、布拉克底、巴旺、明正、卓克采、從噶克、丹壩、木坪、沃什、瓦寺等十二個土司，各土司又將他們分別安置於各寨，委派頭人管束，“墾耕安業，盡力農功”。大、小金川人丁分居力單，從此再也不能滋生事端。
乾隆帝諭在金川設鎮駐兵，阿桂遵旨議奏，於大金川駐兵三千名，在勒烏圍設總兵一員、遊擊一員、都司二員、守備二員，噶拉依設副將一員，噶爾丹寺、茹寨、馬爾邦、曾達各設參將、遊擊、都司、守備等官。於小金川安兵三千名，美諾設總兵一員，底木達、僧格宗、翁古爾壟、約咱各設參將等官。每兵三人，給地畝一分，“兩人當差，一人耕種”。官兵所需鹽菜銀七八萬兩，於江浙等省酌裁名糧抵補。帝命此銀由正項開支，餘依議。《清高宗實錄》卷1004，頁46、47、48、49.
乾隆帝於四十一年四月二十八日行受俘禮後，頒下《禦製平定兩金川告成太學之碑》文，命勒石大成殿阼階前。此文對二征金川的原因、經過、艱苦及皇上本人之功過，作了較好的評述，現摘錄如下：
“(金川)陰謀負恩，已自戊寅年(乾隆二十三年)始。蓋戊辰(乾隆十三年)之師，實緣其跳梁不靖，而師既臨境，彼即窮蹙乞降，遂以赦罪頒師。甫十年而其酋郎卡即與革布什咱釁，又四年遂與綽斯甲布及三雜穀為敵，而逆子索諾木凶悖益甚，自恃地廣人眾力強，與各土司兵迄無寧歲，故各土司皆畏之如虎，而以勢分力散，又莫能如之何。餘以為業已受其降，不宜複加兵，且蟻鬥蠻觸，不足以勞三師，因命地方文武大吏隨宜彈壓，令弗越內地界，亦足以安民而示度耳。不虞地方大吏欲息事而每示寬，逆酋轉以為無足懼而日益逞，其小金川逆酋僧格桑者，始則與索諾木水火相仇，繼乃狼狽為奸，於是索諾木計殺革布什咱土司色楞敦多布，取其印敕以歸，而僧格桑亦侵占鄂克什地界，且發兵圍其土司色達拉之官寨，期於必取。總督阿爾泰、提督董天弼知事不可掩，乃有發兵之請。是役也，或咎阿爾泰依違誤事之過，而餘則以為阿爾泰之過，皆餘之過。蓋金川因其地險眾悍，久蓄異誌，是以有殺至維州橋之謠，則其不忘內地，情率可知。戊辰之役，我師深入屢勝，即不宜赦其罪而受其降，此一誤也。甫十年而郎卡背恩作亂，以及逆子踵其跡，皆不即發兵問罪，惟令地方大吏隨宜處置，又屢誤也。以致尾大不掉，終於興師，故予不咎人之議為窮兵黷武，而轉咎己之類於姑息養奸。蓋中國之製外域，張撻伐則彼畏而斂跡，主和好則彼輕而生心，漢唐宋明之覆轍，率可鑒也。若謂予窮兵黷武，則予賴天恩，平伊犁，定回部，拓疆二萬餘裏，豈其尚不知足，而欲滅蕞爾之金川，以為揚赫濯紀勳烈之圖哉。雖然平伊犁，定回部，其事大矣，然費帑不及三千萬，成功不過五年，茲兩金川小寇，地不逾五百裏，人不滿三萬眾，而費帑至七千萬，成功亦遲至五年，則以跬步皆險，番奴效命死守，故得延至今日。而我將軍阿桂立誌堅定，決機明敏，兩副將軍及參讚、領隊諸臣同心合力，各軍士敵愾奮勇，凡經大小數百戰，而後成功，視平伊犁定回部，費力轉不啻倍蓰。設非天恩助順，眾誌成城，則金川未易言滅，而國威或致少損矣。是不可不記。”《清高宗實錄》卷1007，頁19、20、21、22、23.
魏源在《聖武記》卷七《乾隆再定金川土司記》中，亦對用兵金川之因及其艱難，作了如下的評述：
“初，乾隆二十年，平準、回兩部，辟地二萬餘裏，用兵五年，用帑銀三千餘萬兩。金川地僅千裏，不及準、回兩部十之一二，而用兵亦五年，用帑銀至七千萬。功半而事倍者，則以天時之多雨久雪，地勢之萬夫莫前，人心之同惡誓死，兼三難而有之。方其神施鬼設，伺間出奇，九地九天，霆劈雹驟，或七萃從石縫而出，或千矛隨炮聲而入，險萬陰平，艱百石堡，自蚩尤以來，未有鑿凶裂縫目？魂如茲役者。……非乘國家全盛之物力，與廟堂宵旰之憂勤，固烈不臻此，非前狃於鍾琪之寬大受降，後激於溫福之僨轅失律，亦勞不致此。然則窮武節殫飆銳以事之，奮伐深入，聖心亦豈得已哉！”
乾隆帝再征金川，雖然耗銀七千萬兩，用兵五年，雙方士卒死傷眾多，付出了重大的代價，然而，自此以後，金川及其鄰近地區，皆享寧謐。金川地區屯田發展，人丁日增，到乾隆五十年，即停兵以後第十年，金川“屯事日興，荒土盡辟”，墾地十三萬六千六百三十五畝，“降番”已因“久沐深恩，各安耕作，遇有差遣，莫不奮勉出力，無異內地民人”，而“改土為屯，除去降番名目”。《清高宗實錄》卷1192，頁4，卷1297，頁31.這對金川及其鄰近地區藏、漢人民的安定生活及經濟發展交流，均起到了較大的作用。