庫車城依山岡，係用柳條沙土密築而成，比較堅實，清軍用炮轟打，未能奏效。提督馬得勝建議挖地道，突入城內，雅爾哈善同意此議，於城北一裏掘入。將近至城，雅爾哈善因乾隆帝急催克城獲酋，嚴令士卒晝夜挖掘，城上之人發現燈光，於城內開挖一道橫溝，放水衝入地道，將挖城的清綠旗兵六百餘人全部淹死。雅爾哈善“咄嗟無他策”，惟圍城坐等，欲圖待其糧盡彈絕而自斃。到七月初，前後圍城一月餘，城中飲食困難，彈矢漸缺。原庫車伯克鄂對降清後授散秩大臣，奉命隨軍參戰，鄂對了解敵情，熟悉地形，向雅爾哈善建議：困獸猶鬥，敵必不會束手待斃，“今霍集占困守危城，食力已盡，必不坐而待縛”，一定會乘我不備而逃走，“返其巢穴，整兵複來”，那樣，事就不好辦了。敵若欲遁，有兩條路，一是由城西鄂根河水淺處涉水而逃，另一條路是由北山口通向戈壁，逃往阿克蘇。“若於二路各伏兵一千，則賊酋可擒矣”。雅爾哈善不聽其言，不為防備，不巡營壘，還故作風雅，自命儒將，“終日棋奕”，飲酒為樂。六月二十四日傍晚，一索倫老兵於城下牧馬，聞聽城中駝鳴，似負重載，立即奔回大營，向雅爾哈善報告：“其駝鳴高且健，賊將遁矣。”這位昏庸的劣帥，正在飲酒，哈哈一笑，自賣聰明地說：“健卒，爾何知？”“酌酒如故”。
這位昏帥可幫了霍集占的大忙。正如鄂對所料，兩和卓於當日晚上率四百騎潛出西門，涉鄂根河逃走。無獨有偶，上有庸帥，下有劣將。把守西門的領隊大臣、副都統順德訥，聽到部下報告城中之人夜逃，“尚以昏夜不發兵”，直到天明，才遣兵一百往追，霍集占早已渡過鄂根河，並“去橋斷後”，直奔阿克蘇，城主不納，轉赴烏什，亦未讓進，於是霍集占到葉爾羌、布拉呢敦至喀什噶爾。霍集占的黨羽庫車城主阿布都亦於八月夜遁突圍，餘下老弱三千餘人投降。《清高宗實錄》卷564，頁3―5，卷566，頁10、11、14、21，卷567，頁9―13、15―17，卷568，頁11―14；《嘯亭雜錄》卷6，《平定回部始末》；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》；《清史稿》卷314，《雅爾哈善傳》，卷316，《愛隆阿傳》。擒獲大、小和卓的最好機會，就這樣被雅爾哈善葬送了，從而使戰火蔓延，維吾爾族人員死傷眾多，清朝花費了大量財力、人力，足足多用了一年的時間才把兩和卓挑起的戰亂平息下去。庸帥誤國禍民，雅爾哈善死有餘辜，任用這位劣員的乾隆帝也難辭其責。
三、英君輕敵定邊將軍兆惠被困黑水營。
(一)遣兵數千欲圖速平大亂。
乾隆帝知悉雅爾哈善坐守軍營、老師靡餉、縱酋逃脫的消息後，極為震怒，連下數諭，痛責其過，將其革職解京，依法處死，並斬副都統順德訥和提督馬得勝，勒令參讚大臣哈寧阿自盡。乾隆帝命納穆紮爾代替雅爾哈善為靖逆將軍，以三泰為參讚大臣，並明確諭告軍機大臣：“辦理回部，仍於(定邊將軍)兆惠是賴”，協辦軍務的有富德、阿裏袞、舒赫德等大臣。納木紮爾曆任副都統、都統、參讚大臣、署定邊右副將軍等職，久理軍務，因擒捕反叛的和托輝特首領郡王青滾雜布，而被封為一等勤襄伯，世襲罔替。富德，行伍出身，由護軍因功連續升遷，乾隆十五年任至副都統，征準時又累立軍功，擢參讚大臣，授正黃旗蒙古都統，賜雲騎尉世職。阿裏袞係將門之後，清開國元勳、眾額真、弘毅公額亦都之曾孫，曆任湖廣總督、兩廣總督和戶部、刑部、工部尚書，兼鑲白旗漢軍都統，征準時，佐定西將軍達爾當阿，任領隊大臣，頗有治政經驗，從軍時亦有勇有謀。舒赫德，任至兵部尚書、戶部尚書，一征金川時任參讚，征準時首言阿睦爾撒納必叛，多次建言軍務，頗有見解，平回初期，以頭等侍衛銜駐阿克蘇，尋授副都統、參讚大臣。從兩位將軍和這些大臣來看，應當說是群英薈萃了，能夠勝任征回之重擔，乾隆帝這次算是用人得當。
將帥雖然有勇有謀，勇於征剿，可惜的是，在一段時間裏他們受到了很大的限製，不能盡其所長，不僅不能速奏凱歌，而且還差點全軍覆沒，遭受慘敗。束縛將軍手腳、造成這樣危險局麵的主要負責人，不是別人，而是世稱英君的乾隆皇帝。
乾隆皇帝在兩個問題上犯了重大錯誤。一是過分輕敵，二是急於求成，冒險用兵。征討準汗達瓦齊時，他吸取了雍正九年傅爾丹輕敵冒進慘敗於和通泊的教訓，認真對待，欲圖調集滿、蒙、漢五萬大軍，遠征漠西，不料，三車淩和阿睦爾撒納來歸，準部內亂，用兵異常順利，西、北兩路僅用了以降人(厄魯特)為主的一萬一千餘名“哨探兵”，不到三個月就進入伊犁，很快擒獲了達瓦齊。二征準部，平定阿睦爾撒納的叛亂，同樣是輕而易舉，勢如破竹，沒有打過大仗，未曾發生鏖戰，很快就逼使阿睦爾撒納東逃西竄，重要叛酋陸續落網，大獲全勝。名列“十全武功”之第二、第三次武功，如此輕易地到手，使這位早期用兵相當謹慎的英君頓易常態，產生了嚴重的輕敵思想。兼之，“回人素懦怯”，大、小和卓木被準汗拘於地牢令為人質，既然清軍能打敗回部的征服者――準噶爾汗，剿除回部還不是易如反掌。
因此，乾隆二十二年五月十七日，定邊將軍成袞紮布等奏報霍集占殺害副都統阿敏道，要求帶兵前往剿滅時，乾隆帝立即拒絕了這一要求，並嚴加駁斥說：“其回部事宜，俟蕩平伊犁之後，願可從容辦理”，“縱回人妄逞鴟張，俟平定厄魯特後，再行辦理，亦有何難，成袞紮布等所奏，殊不識事體輕重”。《清高宗實錄》卷539，頁3、4、18.六月二十一日，以成袞紮布一再提出攻剿霍集占，乾隆帝再次指責其奏“殊未悉合機宜”，並明確宣布：“其辦理回人事宜，即緩至明年，亦未為遲。且即遣兵辦理回人，亦不過派兵四五千名，著一大員統領，已足勝任，亦毋庸成袞紮布親任”。《清高宗實錄》卷540，頁29，卷541，頁13.兆惠亦為此事，屢遭皇上申斥。兆惠察覺大、小和卓有叛亂的跡象，駐師濟爾哈朗，欲圖待機往剿，遭帝責其“急回部”，“失輕重”。一直到十二月初七日具體決定剿回的軍隊數目時，乾隆帝仍令，“往辦回部，派兵二千名”，另調屯田兵三千作為“應援之兵”。《清高宗實錄》卷551，頁19、20，卷552，頁20.過了幾天，聽到厄魯特叛軍殘部“投往回部”，才又下令增派綠旗兵，湊足八千，留一二千屯田，用六七千進剿，便可“均覺裕如”。《清高宗實錄》卷553，頁15―18.
二十三年六月愛隆阿等大敗霍集占來援庫車之“最精巴拉”鳥槍兵八千，以及一些回城的陸續歸順，使乾隆帝更加認為回人懦弱，大功即可告成，愈加急迫地敦促兆惠務必於近期擒獲二和卓平定回疆。他於七月二十五日諭告軍機大臣，令其傳諭兆惠：“回人素稱選懦，近來屢經剿捕，畏我軍威，乞降相續”，“如擒獲霍集占，各城自然歸附。兆惠其加意奮勉，以奏朕功。”《清高宗實錄》卷567，頁16、17.九月二十六日他諭示章嘉呼圖克圖：“今大兵所至，聞風效順”，“霍集占不日就擒，即可蕆事。”《清高宗實錄》卷571，頁15.
(二)遭帝嚴責兆惠冒進被圍。
定邊將軍兆惠等人，在皇帝這樣嚴厲督責下，當然要加速進兵，就無法冷靜估計形勢，既勇往又妥善，被迫走上了冒險僥幸的道路。兆惠於乾隆二十三年八月初收到令其前往庫車(時庫車仍未降清)的諭旨後，立即上奏說：“當即領兵八百名速進，一抵庫車，即與雅爾哈善(時尚未斬)協心剿賊，斷不肯半道回京，有靦顏麵。”《清高宗實錄》卷570，頁1.乾隆帝對其“毅然以剿賊自任”，“不肯苟且了事”，大加讚賞，獎其“器識實出諸臣之右”，乃“一急公任事之大臣”，表示“深為嘉悅”，諭加恩賞戴雙眼孔雀翎，“以示優獎”。《清高宗實錄》卷570，頁2.
在回疆多數城莊“從逆”，“回戶數十萬”附和二和卓為亂的嚴重形勢下，身為堂堂天朝大將軍的兆惠僅帶兵八百就從伊犁出發，前往庫車，行程上千裏，確實太危險了。但是，帝命難違，厚恩必報，這位過去多次主張“持重”而被皇上斥為“怯懦”的大將軍，不得不冒險行軍了。開始還比較順利，八月初九日出發，九月初十日乾隆帝已在木蘭行圍的阿貴圖大營看到兆惠呈報收複庫車擬往阿克蘇的奏折，二十三日又收到兆惠招降阿克蘇城，“領兵速進”，往攻葉爾羌，並報告大伯克霍集斯等率部來歸，烏什、和闐、沙雅爾、賽哩木等城相繼降順。乾隆帝聞訊，異常高興，接連下諭宣布捷音。一再笑說“霍集占不日就擒”、“大功即日告成”，並於九月二十九日諭令軍機大臣安排回部善後事宜，重新恢複因用兵而中斷的伊犁屯田，令正在前往回疆參加平亂的定邊右副將軍、喀爾喀多羅郡王車布登紮布率其喀爾喀兵士返回遊牧休息，令厄魯特汗羅布藏多爾濟領其“宣力有年”的厄魯特兵回遊牧，讓赴葉爾羌“協剿逆匪”的參讚大臣富德來京，留其所領的索倫、察哈爾兵於吐魯番等處。《清高宗實錄》卷57l，頁15、17、25、26.先前為了“必於今冬竣事”平定回部，乾隆帝曾於八月二十一日下諭，增派健銳營兵一千名、索倫兵二千名、察哈爾兵一千名，前往回疆，現改令將二千名駐防伊犁，其餘分駐庫車和阿克蘇。《清高宗實錄》卷569，頁8、9，卷571，頁19，卷574，頁4.