遠在萬裏以外的黑水營清軍，雖被回軍重重包圍，與世隔絕，未能聽到皇上寬慰優遇和調遣救兵之旨，但他們仍然堅守大營，浴血奮戰，待援突圍。局麵確是萬分險惡，疲卒傷兵不過三千餘名，口糧僅能供給一兩個月，軍器火藥不足，馬匹倒斃傷殘；而回軍在本地作戰，糧草充足，彈藥甚多，二萬餘兵輪番攻營，實難抵擋。兆惠等官兵拚死反擊，從十月十三日起，與回軍“接戰五晝夜”，“皆死中求生”，“殺賊甚力”。霍集占等懼清兵死戰，“欲以不戰收全功”，於黑水營壕外，築長壘圍困，以待清軍食盡自斃。清軍掘塹安營時，挖得“回人”窖粟數十石。回軍在上遊決水灌營，清軍將衝來之水泄於下遊，並用其水以供飲用，又隨處掘井皆得水。回軍多次進攻，“槍炮如雨”，兆惠原來是擇水草處紮營，營依樹林，敵兵鳥槍所射之鉛子落於林葉中，清軍伐樹，每伐一木，“即墜落無數”，反得“鉛丸萬億”以擊來兵，又砍林木作薪，柴火不缺。《清高宗實錄》卷574，頁28，卷577，頁35，卷582，頁17；《嘯亭雜錄》卷6，《平定回部本末》。
霍集占、布拉呢敦圍困清營二十餘日的時候，聽說喀什噶爾所屬英吉沙爾城被布嚕特人搶掠，正緊張商議對策，忽然清軍出營進攻，奪去回營二座，“劫殺看守人眾過半”。兩位和卓認為，必然是“將軍與布嚕特有約”，這樣裏外交兵，“即圍守經年，諒難取勝，且力亦不支，莫如議和”。十一月十一日他倆遣一回人及俘獲的清厄魯特、察哈爾兵四人持書往清營，告稱霍集占抗拒時，“布拉呢敦本不知情”，“今奉書請和，願助口糧，並求親信人同行入覲”。兆惠拘留來人，將從前頒發給布拉呢敦令其擒送霍集占的上諭，命“對陣回人捧去”。第二日回軍再申前說，兆惠命人傳諭，不允其請，宣布大兵即來問罪。雙方重起戰鬥。《清高宗實錄》卷577，頁34、36.
兆惠等人雖能保全大營，但“拒守日久，糧日乏”，“僅瘦駝羸馬亦將盡”，眼看即將絕食餓斃全軍覆沒了。就在這千鈞一發之際，救兵從天而降。原來，乾隆帝於八月增派的四千名健銳營、索倫、察哈爾之兵，十月二十日已經過了辟展，一聽黑水營被圍之信後，帝命他們火速馳援。十月十三日，靖逆將軍納穆紮爾、參讚大臣三泰遇到愛隆阿所領之八百兵後，即帶兵二百餘星夜趕赴兆惠處，不料於當日夜間四更時候，遇回軍三千餘名，眾寡不敵，戰敗陣亡，同行的侍衛、官員十人，兵一百五十餘人死難，六十餘人受傷。巴裏坤辦事大臣阿裏袞於十月中得到兆惠調馬三千匹的谘文後，奏稱即往哈密，多為挑選，“親身送至軍營”，乾隆帝嘉其“所辦甚合機宜”，授參讚大臣，命襲二等公，令速前往。阿裏袞領兵六百，解馬二千匹、駝一千頭兼程往援。定邊右副將軍富德聞黑水圍急，日夜奔馳，十二月二十五日與舒赫德相會於巴爾楚克，領增派的健銳營、索倫、察哈爾和北路兵共二三千人迅速前進，二十四年正月初六日，行至呼爾，遇回軍五千餘名馬兵，轉戰四日四夜，雖殺敵甚多，但敵軍人多，層層阻截。正月初九日富德等行至沁達爾，遭回軍激烈攻擊，“勢阻不得進”，形勢險惡，“又幾殆”。這時阿裏袞和愛隆阿趕到，領兵一千餘名猛攻，富德乘機揮軍掩殺，大敗回兵。兆惠在黑水營察覺圍營之兵在減少，又聽到數十裏外的槍炮聲，知援兵已到，先遣人往富德處，隨即全軍衝出，二軍裏外夾擊，擊敗敵軍，“所向披靡，斬獲無算”，兩位將軍會合，返回阿克蘇。從二十三年十月十三日被圍，至二十四年正月十四日，長達三月之久的黑水營之困，終於以清軍全師安全撤走而解圍了。
第二節糾錯再征馬到功成。
一、牢記前鑒重兵征剿。
定邊將軍兆惠等人的被困於黑水營，對清政府的統一回部，產生了強大的影響。威風凜凜的大將軍，竟被“回人”圍得水泄不通，幾乎全軍覆沒，這對圖創偉業的乾隆帝來說，是一切齒大辱。在這關係到帝君尊嚴和國家利益的重大問題上，乾隆帝表現得十分明智和非常果斷。一方麵他痛定思痛，認真分析戰局，找出失敗的主要原因――輕敵冒進，引咎自責，不諉過於將帥；另一方麵，他排除庸臣因循保守、唾麵自幹的苟且之議，堅持一定要統一回部的正確立場，作了極大的努力。按時間順序排列，他做了以下五件事。首先是改變輕視回軍急於求成的想法。二十三年十一月十五日，即剛剛知曉兆惠被圍之後的第二天，他諭告軍機大臣：“看來辦理回部，必須整齊兵力，於來年回人收獲時再行進剿”，命將“鑄成炮位及辦造之物料、工人”，以及所有駱駝米麵，速解前方，“多多益善”。《清高宗實錄》卷574，頁31、32.過了七天，十一月二十二日，他又諭示軍機大臣：兆惠得到派去的四千健銳營、索倫、察哈爾兵的接濟，如一時不能剿滅霍集占，則回到阿克蘇，計其身邊的四千兵、健銳營等四千兵、新遣的西安滿兵二千，以及厄魯特達什達瓦兵一千和綠旗兵四五千，共一萬五六千名兵士，於明春齊集進剿。這樣一來，在得知黑水營被圍後的十天內，乾隆帝就果斷地對先前輕敵冒進的錯誤決策作了自我否定，轉而采取認真對待、謹慎從事、大軍征剿的正確方針，從而為扭轉戰局奪取勝利奠定了基礎。
其次，重賞有功官員兵丁。二十四年二月十八日，乾隆帝聽到軍營奏報黑水圍解兩軍會合的消息後，非常高興，立即下諭封賞有功人員，特封“迅速應援，屢敗賊眾”，“厥功懋著”的定邊右副將軍富德為一等伯，侍郎、一等公明瑞，副都統由屯、溫布、鄂博什，總管端濟布，護軍統領努三，皆交部議敘，給予世職，二等侍衛瑚什等五人授為頭等侍衛，三等侍衛福齡安等十八人授二等侍衛，侍讀學士溫福補授內閣學士。提督豆斌傷重身故，照旗員一品大臣例交部議敘，給予世職。遊擊銜榮保擢總兵。②《清高宗實錄》卷581，頁5、6、7、8，12、13.這對慰撫將官，激勵三軍鬥誌，起了很大作用。
再次，駁斥阻礙用兵的浮論，曉示中外，堅持進征。也就是在這一天，針對“選懦無知之徒”主張“罷兵息事”的“首鼠兩端之浮論”，乾隆帝特下堅持用兵平亂的諭旨，諭告中外說：
“……已傳諭將軍等，令於附近有城之處，酌量駐營，俟馬匹調齊，乘春和膘力壯健，以需繼進。特恐選懦無知之徒，聞爾時援師克捷解圍，勢同破竹，輒謂可以罷兵息事，則大不然。毋論逆酋前此辜恩反噬，害我王臣，難逭天誅，即去冬官兵渡河進剿，輒敢悍然抗拒，稔惡更深。今雖全師整暇如故，而元凶罪大惡極，凡我大清國臣民，當無不人人切齒，使以一戰得誌，妄語洗甲韜戈，不但軍紀國威難於中止，且於政體亦甚有關係。佳兵之戒，朕所深凜，而天討有罪，自古無可逭之王章。且當我國家全盛時，兵力現俱充裕，又何不可執言聲罪之理。……計其成功，遲亦不出夏秋間耳。若徇首鼠兩端之浮論，姑息了事，朕實恥之，斷斷不可為也。可將此通諭中外知之。”②。
過了兩個多月，四月二十五日，在大軍即將出發征回之前，乾隆帝又以閱讀《聖祖實錄》所載，康熙帝訓斥臣僚惟圖保身，貽誤國事，反對平三藩、征準之例，下諭說：
“蓋彼時臣工內，即有囿於己私惟圖安逸之習氣，故皇祖神謨獨斷，毅然辦理，是以每遇用兵，罔不克捷。朕禦極以來，曾屢降諭旨，力除此習，即如數年來，辦理軍務，大臣中不願者居多，亦因朕指示督催，始能剿殺敵眾，所向無前，閱時未久，即平定準噶爾。……著傳諭八旗大臣官員等，嗣後各除便己求安之私意，惟知訓練兵丁，務使技藝嫻熟，不失滿洲舊習，庶兵丁皆成勁旅，而風俗日以還淳，於國家之事大有裨益矣。”《清高宗實錄》卷585，頁10―14.
乾隆帝連降諭旨，斥責畏難懼戰的庸碌之臣，堅主用兵，在思想上掃除了危害進軍的障礙，為使三軍奮勇前進，創造了良好條件。