又次，做好長期大舉征剿的充分準備。乾隆帝諭令有關部門和官員，迅速調遣士卒，趕運糧草器械，籌撥軍需銀兩。除了兆惠、富德所領八千餘名滿、蒙兵丁以外，增派綠旗兵一萬，使軍營有兵近兩萬名。二月初二日甘肅巡撫明德奏稱，已辦好運往軍前之馬二萬三千餘匹、牛四千餘頭、羊五萬餘隻。不久，陝甘總督吳達善等又購買羊二十六萬餘隻，可供大軍二萬名兵士七個月的食用。他撥國庫存銀供應軍需，兩淮鹽商又捐銀一百萬兩，長蘆山東鹽商捐銀三十萬兩，以供“軍需屯務”之用。有關部、省遵照帝旨，趕運大量槍支彈藥刀槍箭矢。五月二十日乾隆帝根據前方送來“霍集占於葉爾羌附近耕種”的消息，又諭軍機大臣：據此，霍集占等人“尚無遠遁之意”，因為他們認為，我兵前去，“不過攻圍數月，未能持久，俟撤兵便可無事”，著即傳諭兆惠等於進兵之時，“加意備辦攻城器具”，現在陝甘總督吳達善正在肅州造送牌，又鑄造大炮，製作雲梯等器械，“足以突陣衝堅”。運送前線的十一門大神威炮，“實為攻城利器”，鋒鏑甚銳。《清高宗實錄》卷587，頁13，卷601，頁31.
複次，乾隆帝諭令兆惠、富德收複和闐諸城。當正月十四日兆惠與富德會合解圍時，乾隆帝就一再下諭，責令他們前往和闐，支援當地被圍的清兵和鄂對伯克等人。和闐，乃漢朝時的於闐國，為新疆的西北地區，南接西藏，東界青海。和闐地區東西二千餘裏，南北一千餘裏。此時，和闐有六回城，維吾爾族有一萬八千六百餘戶七萬二千餘人，“米糧甚多”，距葉爾羌很近，可以作為進攻霍集占的重要基地。兆惠於二十三年九月遣侍衛齊淩紮布與鄂對伯克往撫，和闐及其所屬哈喇哈什、玉隴哈什、塔克、齊爾拉、克勒底雅等五城伯克阿什默特、阿布都哈裏克等歸順，將六城大小伯克職名、戶口、糧食、牲畜數目開單呈報，乾隆帝聞訊，下諭獎其“誠敬可嘉”，賞給二人三品職銜，戴孔雀翎，賜各伯克大荷包各一個。霍集占在圍困兆惠的同時，曾遣少數士卒往取和闐，被齊淩紮布、鄂對率眾伯克擊退。解圍後，霍集占派兵六百進攻，破克勒底雅城，額裏齊、哈喇哈什二城兵少力弱，抵擋不住，十分危急。兆惠也許由於長期被困，人馬皆乏，出圍之後，急需休整，因而與富德領軍返回阿克蘇，實際上，從葉爾羌到和闐，比到阿克蘇將近近一半，其所以不去和闐，恐與其不願立即再戰有關。
乾隆帝對兆惠、富德此舉，甚為不滿，雖念其久被圍困，未予懲處，但多次下諭指責其非。就在二十四年二月十八日大封富德等人的同一天，他諭軍機大臣：和闐離葉爾羌頗近，霍集占攻和闐，齊淩紮布請兵往援，“看來和闐之得失，惟視我與賊到彼之先後，倘為賊所據，則我侍衛、官兵及伯克鄂對等，豈不可惜。且各城伯克所積資糧，皆為賊用，再行攻取，更屬煩費”，將軍、大臣應當會議發兵應援。立諭參讚大臣巴祿領兵數百前往駐紮。《清高宗實錄》卷581，頁14.過了九天，二月二十七日兆惠、富德等將軍、大臣的奏折送到了京師，兆惠等人說：應援和闐，自不可緩，但現在馬力疲乏，先派瑚爾起等將領兵數百前往，沿途偵察，若和闐已失，則收兵等候，待機再進。乾隆帝看過此奏後，十分惱怒，諭責兆惠待人救出即行撤回是“不知愧奮”，不援和闐將為“霍集斯伯克所笑”，遣瑚爾起前往是“塞責而已”，憤怒宣布，“每念及此，殊增憤懣”，令領隊大臣們據實奏報將軍、參讚大臣在此事上各自的意見。又責令統率另一支軍隊的參讚大臣巴祿“明白回奏”為什麼不去支援和闐。緊接著，乾隆帝連續下諭，斥責兆惠等人未即前援和闐之錯，責令他們迅速帶兵往援。兆惠、富德遵照帝旨，調遣軍隊，由富德親自帶領前去，途中聞已失二城，火速進軍，擊敗回兵，收複了二城。《清高宗實錄》卷581，頁29、34，卷582，頁11、12、13、20，卷583，頁1、2、16.和闐六城歸清所有，與阿克蘇、烏什的清軍連成一片，從北麵、東麵和東南麵包圍了大、小和卓占據的葉爾羌和喀什噶爾，對即將發起的圍殲霍集占弟兄的大戰，提供了十分有利的條件。
另一件大事，是重用回城伯克參與征撫，但又防其攬權生變。乾隆帝從一開始用兵便采取了重用回部和卓、伯克的政策。因吐魯番額敏和卓及哈密玉素布在平準戰爭中忠於朝廷立下功勳，故乾隆帝在征討霍集占的過程中，對他們寄以重任，一再晉爵。二十二年五月霍集占起兵後，貝子額敏和卓於八月奏請於明年四月進兵，願領所部，“從軍自效”，帝獎其“奮勉可嘉”，命派兵一百名，“在前鋒行走”，授其為領隊大臣。二十三年正月哈密貝子玉素布呈請帶回兵百名，“隨營效力”，帝以其係“回部望族”，“情願帶兵效力”，“深可嘉獎”，允其所請，厚賜錢糧。同月在任命雅爾哈善為靖逆將軍時，他授額敏和卓為參讚大臣、玉素布為領隊大臣，不久晉額敏和卓為貝勒，仍以參讚大臣職銜，“同將軍等辦理軍務”，並因伊犁屯田駐兵，“關係甚重”，命額敏和卓於平回後駐伊犁，“同將軍大臣等管束屯田兵丁”，俟一切就緒後再返回吐魯番。《清高宗實錄》卷544，頁26、27，卷555，頁10、27，卷560，頁26.
額敏和卓與玉素布雖然都是“回部望族”，皆擁護清朝中央政府，十分可靠，但他倆畢竟不是天山南路回城的伯克，影響終歸有限，因此乾隆帝積極吸收南疆有影響的伯克參加統一回部的工作，主要是著重使用和招撫鄂對、霍集斯等人。鄂對是庫車伯克，乾隆二十年清軍入準時，偕烏什伯克色提巴勒氏、噶岱默特等人來歸。二十三年正月，帝命北路軍營將鄂對等伯克送至額敏和卓處，“令其招降舊部”，不久，帝以三人“俱係回人頭目，懇請效力軍前，甚屬可嘉”，授鄂對為散秩大臣，賞色提巴勒氏、噶岱默特三品頂戴，俱戴孔雀翎，並諭告三人，“若能招降各城回人”，即照舊令其管轄所屬，仍加恩封賞。後因鄂對等效勞立功，封晉爵職：鄂對先晉內大臣，賜公品級，隨又封固山貝子，晉貝勒品級。色提巴勒氏晉至輔國公，賜貝子品級，世襲罔替；噶岱默特賜公品級。《清高宗實錄》卷555，頁12，卷557，頁28，卷596，頁6；《清史稿》卷51，《藩部世表三》。
乾隆帝吸取了厄魯特四部“雙親王”阿睦爾撒納、綽羅斯汗噶勒藏多爾濟、輝特汗巴雅爾等人降後爭權複叛的深刻教訓，在招撫和使用各回城伯克來歸時，非常警惕，盡力防止他們包攬大權，稱霸割據，特別反對一人總管回部的任何活動與打算。這在對霍集斯的安排上，表現得十分清楚。霍集斯原係吐魯番阿奇木伯克，後率子侄分居烏什、阿克蘇等四城，部民眾多，勢力強大，在回部各城裏名望甚高，影響很大。霍集斯於乾隆二十年六月遵照當時擔任清定邊左副將軍的阿睦爾撒納的檄文，將達瓦齊擒獲送獻清軍，立下了大功，本應受到朝廷重獎，但是，阿睦爾撒納隨即反叛，定北將軍班第於七月向帝奏報，霍集斯在送俘之時，曾“陰求阿睦爾撒納，俟招降葉爾羌、喀什噶爾後，令其總統各部，心殊叵測”，因此封賞之事暫時擱置下來。霍集占起兵後，乾隆帝又想起霍集斯來，多次諭告軍機大臣和前方將軍、大臣遣使往招。二十三年正月初三日，諭令靖逆將軍雅爾哈善派人訪問霍集斯下落，勸其來歸，必將“施恩賞賚”，使其“永受恩澤”。三月初五日，將軍雅爾哈善與參讚大臣議定後，奏請於吐魯番霍集斯的舊日屬下，選幾人前往烏什四城，招撫霍集斯，帝允其請，嘉其如此辦事“頗合機宜”。《清高宗實錄》卷554，頁7、8，卷556，頁6，卷558，頁6.九月二十六日定邊將軍兆惠的奏疏送到北京，疏中說道：霍集斯於和闐率眾“歸誠”，並“麵陳追擒霍集占之策”，又請讓其諸子分居各城。乾隆帝一方麵對其來歸予以嘉獎，言其“有擒獻達瓦齊之功，今又歸誠劃策，深為嘉悅”，封為公爵，賞戴雙眼孔雀翎、寶石帽頂，天馬褂、荷包、鼻眼壺，“用示優眷”，命兆惠立即“傳旨撫慰”；但另一方麵，又對其抱有很大的戒心，諭示兆惠說：“霍集斯有伊子分居各城之語，似非長策，兆惠宜留心體察”，令其諸子同居一城，如“伊微覺含怨，即令其入覲”。《清高宗實錄》卷571，頁17、18.乾隆帝如此對待霍集斯，原因不難理解，這位大伯克，人多勢大，頗有智謀，號召力強，除去大、小和卓，任何伯克都無力超越於他之上，故他敢於向清定邊左副將軍阿睦爾撒納要求讓其“總統各部”，此人能為清用，必對平定回部起到很大作用，但如其抱有野心，恐又會成為第二個阿睦爾撒納。因此，乾隆帝明智地、警惕地對待這位伯克，既施與恩寵，晉封崇爵，授予協助將軍用兵之權，又內懷戒心，時刻防備，嚴令將軍暗中監視，觀其動靜，限製其勢力的擴張，並在必要時將其除掉。