二十四年五月初三日，乾隆帝看過兆惠呈報霍集斯言烏什一路行走艱難不宜由此進軍的奏疏後，諭軍機大臣：“朕詳察霍集斯情形，似以擒獲霍集占等後，回酋無出其右者，意在總統回部，曾密諭兆惠等留心防範”。但霍集斯雖不可信，從前曾擒獻達瓦齊，此次歸順，又隨將軍在葉爾羌效力，若驟行究治，“回人未免驚疑”。著再密諭兆惠等人：霍集斯此時“如情形叵測，不得姑息從事”，若其僅係“恃功率意”，即暫行包容，平亂後令其來京，“照達瓦齊之例安置”。“兆惠等宜加意縝密，以合機宜”。《清高宗實錄》卷586，頁8、9.既用其力，戡平回部，從優封賞，又不許其僭越獨主回部，以杜絕亂事，這就是乾隆帝對霍集斯以及鄂對等來歸的回城伯克的基本方針。六月，以和闐係霍集斯舊屬，授其為管和闐六城的阿奇木伯克。八月，以其在征戰中“奮勉自效”，兄弟子侄多為霍集占殺戮，晉為貝勒，後大功告成，晉霍集斯為郡王，令其率領子侄入居京師。乾隆帝的這些措施，既鼓勵、促使霍集斯、鄂對等回城伯克紛紛來歸，率部從征，為加速平定回部，起了較大的作用，又防止了再生大變。
在乾隆帝親自調度和嚴厲督促下，各方麵的準備工作皆已完畢，到二十四年五月，大軍二萬，馬三萬匹、駝一萬頭皆集於阿克蘇，又以布向維吾爾族易換大量粟米，省運費三十餘萬兩。萬事俱備，定邊將軍兆惠、副將軍富德遵循帝旨，定於六月出發，開始了第二次征討霍集占弟兄的戰爭。
二、清軍獲勝霍集占敗死巴達克山。
乾隆二十四年六月初二日，定邊右副將軍富德率軍從和闐出發，和闐六城伯克帶“回兵”六百五十名從軍效力，進攻小和卓霍集占所據葉爾羌城，十一日定邊將軍兆惠統兵由烏什出發，往取大和卓布拉呢敦駐紮的喀什噶爾城。兩路大軍共一萬餘人。喀什噶爾地居西北，距肅州嘉峪關六千餘裏，東界烏什、阿克蘇，西界安集延、布嚕特，南接葉爾羌，總計大小十城和七村莊，有人一萬六千餘戶數十萬口，葉爾羌所屬二十七城村，三萬戶，十萬餘口。喀什噶爾與葉爾羌是“回部著名之地”，在回疆各城中處於舉足輕重的地位，是大、小和卓及其先祖長期駐紮的根本基地。霍集占憑借其教主的有利條件，將兩大城及其所屬城、村的數十萬人動員起來，再加上其他城莊投來的“回戶”，據城堅守，清軍遠道而來，以少擊多，以勞對逸，是不大容易破敵取城的。上一年幾千人的庫車城，尚能堅守三月之久，葉爾羌、喀什噶爾自然更難攻克。因此，清軍做好了打硬仗、打大仗、打長期攻堅仗的準備，乾隆帝還專門諭示親外侄侍郎、參讚大臣、一等公明瑞“臨陣須當慎重”，深怕重蹈輕敵冒進遇險的覆轍。《清高宗實錄》卷593，頁12，卷595，頁8，卷597，頁35.所以，兩位將軍行軍之時，十分謹慎，按序而行，不敢輕裝冒進。富德還“沿途息養馬力”，待收到兆惠進兵信息後，才“相機辦理”。兆惠又以西安滿兵二千名“不習勞苦”，隨軍前行，無益有害，拖累他人，將其留下，分發台站和防守阿克蘇、烏什等處，以保證軍隊的戰鬥力。
烏什與喀什噶爾連界，距離不太遠，若策馬奔馳，不過六七日即可到達，而兆惠從六月十一日離開烏什後，走了二十來天，閏六月初三日才到達伊克斯哈喇。這時，前隊參讚大臣明瑞送來六名騎馬的回人，稱係喀什噶爾眾伯克遣來投降的使者，奉上降順之書。其書說：
“喀什噶爾大小人等謹呈阿克蘇等處駐紮將軍大人、伯克霍集斯：今布拉呢敦將喀什噶爾男婦驅逐出城至哈喇克爾，我等仰慕大皇帝仁化，複回城中看守。布拉呢敦同其親信人等至提斯袞暫住，我等馬匹牲隻皆為所掠，無力追奪，且河水難渡，懇大兵速來救援，庶布拉呢敦不致遠，布嚕特不來搶掠。”《清高宗實錄》卷591，頁14、15.
兆惠懷疑其係偽飾降人，狡詞謊騙，誘引清軍“輕裝前進”，以設伏圍襲，便再三盤問。來使阿琿和濟默爾伯克和沙勒等人詳細回答說：“布拉呢敦去年在葉爾羌打仗時身中槍矢，曾遣人與霍集占商議投降，小和卓不允，遂分途通使巴達克山、霍罕額爾德尼等處，巴達克山已有回信。聽說霍集占於四月內即將家口行裝移住葉爾羌迤西羌呼靳之赫色勒塔克，若大兵複來，則逃往巴達克山。布拉呢敦早就索取糧馬等物，於六月初十日以前陸續運至塔勒巴楚克河，僅與親信在城居住。六月十五日布嚕特百餘人來掠，布拉呢敦遣兵往拒，失敗，自此，“每日作為出兵之狀”，向喀什噶爾各伯克及城民“湊集貲裝”，二十七日“突將我等兵器奪去”，將男婦帶至提斯袞，奪其衣服而去。本城所屬的汗額哩吉衣城、雅普爾古城、烏什哈喇城和牌租阿巴特城，皆各自保守，“不肯從賊”。本城的阿奇木伯克墨墨氏敏、伯克阿布都爾番俱被布拉呢敦帶走，城內街市俱焚，城門亦毀，伯克托喀等正在修理。②《清高宗實錄》卷591，頁14、15，18、19.
在此之前，六月十八日、十九日定邊右副將軍富德詢問了剛從葉爾羌逃來降順的郭爾拜默特等回人，他們回答說：“聞大兵到和闐之信，葉爾羌人等驚動”，“霍集占將家口輜重移往赫色勒塔克”。②。
兩處降人的報告，完全出乎兆惠、富德等將軍、大臣意料，為什麼號稱驍勇多智桀難馴的小和卓霍集占竟不戰而走棄城他奔？這可是兩位和卓的“老巢”，他倆怎能如此輕易地拋棄了世代相傳的祖業？實實令人費解。其實，說難解也並不難，霍集占並非甘心情願地離此他往，而完全是迫於形勢不得已出走。
當霍集占弟兄自伊犁返回時，以其家世為教主，回疆數十萬回戶對他倆熱烈歡迎，爭相擁戴。因此霍集占一發難，大多數回城、回莊的伯克、和卓、阿渾及居民都起而響應，很快他就威行大半個回疆，自稱巴圖爾汗。然而，由於霍集占的倒行逆施，局麵迅速急轉直下。霍集占不相信葉爾羌等城的土著人民，僅僅依靠先前隨他倆墾種伊犁後又一道返歸的幾千戶維吾爾族及新投的厄魯特士卒，厚待這些親兵，而對回疆數十萬“回戶”則“厚斂淫刑”，“虐用其民”，使廣大“回人”從原來“念其先世，推戴恐後”，轉變為離心離德紛欲叛逃。《清高宗實錄》卷593，頁12，卷595，頁8；《嘯亭雜錄》卷6，《平定回部本末》；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》。自身的基地動蕩不穩，已經使霍集占坐臥不安，而二十三年六月的庫車之戰和十月開始的黑水營之戰，更使他感到清軍之可畏。盡管由於庸帥雅爾哈善的指揮失妥，影響了官兵的銳氣，但領隊大臣、副都統愛隆阿卻率部以少擊眾，大敗霍集占應援庫車的八千“最精巴拉”鳥槍兵，打得他落花流水，率殘兵八百逃入城內。尤其是黑水營之戰，兆惠僅帶四百餘騎衝過木橋，就敢於與霍集占、布拉呢敦一萬餘士卒拚死廝殺，後又以三千疲兵傷卒牢守大營，堅拒二萬餘兵回軍於營外，“掘井得水，掘窖得粟，三月不困”，使圍營的回軍大驚，“駭為神”。既然區區三千之軍都無法應付，又怎能抵擋號稱數萬的雄師？何況，在乾隆帝正確指揮下，三軍勇往直前，軍威遠揚，大部分回城已降順於清，喀什噶爾、葉爾羌處於三麵包圍之中。內外交困，局勢險惡，大、小和卓隻好率領二萬人口，在清軍進攻之前，逃往巴達克山，企圖暫避一時，待清軍糧盡撤兵時，伺機返回，重據舊地。
兆惠、富德雖然不知道二和卓的詳細情形，但根據降使和逃人提供的消息，均分別作出了前往受降和征撫的結論。兆惠向帝呈報了喀什噶爾眾伯克遣來使人求降之事後，奏稱：
“臣等議先攻喀什噶爾，原欲斷其逃竄，今約計趲送和闐馬，閏六月初十間可到，阿裏袞、巴祿之兵亦可抵巴爾楚克，葉爾羌、喀什噶爾既差人分途迎降，想富德等自必聞知，速往追襲。現在來投人等，雖無可疑，而受降如受敵，自應倍加謹慎，不必輕騎先進，即領現在馬兵三千名，前往安撫。一麵偵賊蹤跡，若果赴巴達克山，即直入其境，宣示軍威，曉以利害，相機索取擒拿。”②《清高宗實錄》卷591，頁17，19.