兆惠想必記取了前兩次輕兵前進遭敵圍困的沉痛教訓，這次采取了“受降如受敵”須“倍加謹慎”的態度，不輕騎前進，而率馬兵三千開往喀什噶爾受降和安撫，準備應付突然事變。富德卻與兆惠不同，處事簡單得多，他僅僅得知“脫出回人”的供述，就立即向帝奏稱，於閏六月初旬，即領現在馬兵一千二百餘名和綠旗步兵一千二百餘名，“空趕馬匹，徑行戈壁”，向固？薩納珠前進，與兆惠約期會剿，無馬之兵八百餘名，待參讚大臣阿桂送馬到達時，與其所帶牧馬之兵七百餘名一道隨後趕來。②。
兆惠與富德的上述奏折，於二十四年閏六月二十六日同時送到乾隆帝麵前，他立即下諭說：令兆惠留阿裏袞駐於喀什噶爾，其本人前往撫定葉爾羌，富德、額敏和卓、明瑞迅速領兵偵察霍集占逃竄之路，“窮追務獲”。此兵丁必須挑選兩路軍隊的“健銳者”，每名兵士給馬三匹，並多備口糧。如天氣寒冷，難以前進，即暫於葉爾羌過冬，明年再辦理，“總以務獲逆賊兄弟，始可告成功。若僅取二城，則事仍未竣”。霍集斯與鄂對，俱熟悉回部情形，追擒霍集占時，須令其中一人隨同前去。將來兩軍會合時，“毋論賊為誰獲，皆同功一體，務宜和衷集事，不可稍分彼此。”《清高宗實錄》卷592，頁20、21.
乾隆帝的這道諭旨，大體上確定了下一階段進軍的基本方針和策略，一為進軍目標，一定要擒獲大、小和卓，不達此目的，決不罷休，今年辦不到，明年繼續用兵，不能以收降喀什噶爾、葉爾羌便潦草結束，收兵還朝。二為用兵方法，立即於兩路軍隊中挑選精兵，多帶戰馬，備足口糧，以便迅速前進，抓住霍集占弟兄，並讓霍集斯或鄂對隨軍行走。三為將帥分工，令兆惠留駐葉爾羌，安撫二城及所屬小城村莊，命勇將富德偕額敏和卓與明瑞率軍追剿。四為告誡諸將要和衷共濟，不許分彼此互相推托，擒獲和卓，兩軍皆有功。這些安排是相當妥善的，正確地吸取了一征金川、兩平準部的經驗教訓：訥親與張廣泗各懷私意，將帥不和，貽誤了軍機；阿睦爾撒納久未捕獲，很多厄魯特台吉、宰桑因而受其影響降後複叛。所以乾隆帝特別強調一定要擊斃或擒獲霍集占，一定要同心協力不分彼此，一定要遣派回部大伯克隨軍征撫。後來的事實證明，乾隆帝的這些要求，對迅速獲勝起了很大作用。
七月初一日，兆惠的奏折到京，呈報軍情說：從聽到喀什噶爾來投之人報告的消息以後，即領兵前進，先遣額敏和卓之子茂薩等馳往安撫城堡，查明地畝。喀什噶爾所屬牌租阿巴特城伯克呢雅斯遣人來報：六月間，霍集占派人告訴布拉呢敦，將葉爾羌、喀什噶爾城堡焚毀，令回人遷往巴達克山，“我即閉城據守”。同日到達的參讚大臣阿裏袞的奏折說：據俘獲的回人默特供稱：霍集占弟兄商議，“欲從巴達克山路往痕都斯坦。”②《清高宗實錄》卷592，頁1、2，2.乾隆帝諭告軍機大臣，再次強調必擒二和卓，指示臣下說：“二城即定，而逆賊兄弟未擒，難雲竣事。兆惠、富德自應窮追務獲”。②第二日，他諭告軍機大臣，進一步具體指出擒捉霍集占的辦法。主要是三條，一是“追襲最為緊要”，要緊急追襲。霍集占攜帶上萬人口，夾雜有婦女兒童，行走不便，我軍“馬力有餘”，容易追上。如果派兵堵截，迂回攔堵，要繞很多道路，將“徒疲馬力”。二是“恩威並用”。逃人人多雜亂，“易生變亂”，我軍前進時，遣人招撫，或施用離間，逃人“必自潰散”，“或有擒獻者”。三是諭令巴達克山獻送。巴達克山是一小部落，“斷不能收養如許逋逃”，也不肯“自招罪累”。最後，他督促兆惠、富德“悉心奮勉，以奏朕功”。《清高宗實錄》卷592，頁3、4.
兆惠、富德、阿裏袞、明瑞等遵照帝旨，迅速前進，受到維吾爾族人員熱烈歡迎，“經過村莊”，“沿途回人扶老攜幼，道左跪迎”，“獻牛酒果餌，情詞恭順”。閏六月十四日，兆惠率馬兵三千名進入喀什噶爾，十八日富德領馬步兵二千餘名至葉爾羌，“各回人皆具鼓吹進羊酒迎以入”。兩位將軍“入城撫慰回眾，令各安生業”，然後兆惠留駐葉爾羌，富德、明瑞等領兵追剿。②《清高宗實錄》卷594，頁1、2、22；《嘯亭雜記》卷6，《平定回部本末》；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》。
明瑞於六月下旬率兵九百名追至霍斯庫魯克嶺，霍集占軍六千餘人“負隅固守”，清軍不顧敵眾己寡，“整陣奮勇鏖戰”，長達三個時辰。回軍大敗，越嶺撤退，死五百餘人，“受傷遁走者無算”。隨即富德與明瑞、阿裏袞三隊官兵會合，揀選四千人往追，七月初七日趕到阿爾楚山，霍集占將輜重婦女藏於安全地方，以精銳六千埋伏於穀口，而以疲弱兵士前來引誘清軍。乾隆帝早就諭示明瑞“臨陣須當慎重”，因此，清軍“嚴陣為備”，富德以火器、健銳營居中，明瑞、阿桂(工部侍郎、副都統)為左翼，阿裏袞、巴祿為右翼，別派奇兵、援兵各二隊，“且以兵殿，如牆而進”。奇兵先奪取回軍所據的左右兩山，從上往下俯衝，回軍“陣動”。清軍三麵進攻，再次以少勝多，追擊二十餘裏，“斬敵一千餘人，獲炮纛器械牲口無算。”②
富德領兵乘勢追剿，七月初十日行至葉什勒庫勒諾爾，此係巴達克山界，山足有路，僅能容一騎通行，過一大嶺，名叫和什珠克嶺，兩涯皆山。大和卓將家屬安排在河西嶺，戰局不利即撤走。小和卓領兵萬餘據北山及迤東諸峰，準備決一死戰。富德尾隨回軍，乘其未進入其他部落，先行分路堵截。富德先令阿裏袞等由南岸趨西嶺，自擊東峰回兵，仰攻逾時未克，便選銃手數十名，緣山北嶺往下俯擊，阿裏袞軍亦從南岸山上以火器遙擊山北回兵。山麓狹窄，回兵輜重家口擁擠堵塞，去路又被清軍截斷，無法逃走，人心惶惶。富德等將一麵督軍猛攻，―麵命霍集斯、鄂對豎回纛大呼招降，“降者蔽山而下，聲如奔雷”，霍集占竭力攔阻，嚴禁部下投降，甚至手刃降者，仍無法阻止，“而降者益多”。清軍共收獲降人一萬二千餘名、軍器二千餘件，駝、騾、牛、羊一萬餘隻(匹、頭)，兩和卓隻好攜帶家眷和舊部四五百人匆忙逃往巴達克山。富德令阿裏袞帶兵追趕，自己隨後策應，未能追上，遂遣使曉諭巴達克山部落獻送大、小和卓。《清高宗實錄》卷595，頁7；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》。
乾隆帝得悉捷音後，既予以嘉獎，自將軍到領隊大臣，均交部從優議敘，侍衛、官兵及陣亡受傷人員，俱送部議敘議恤，又責備富德未立即揀選精兵數百騎快馬，窮追深入，致使二和卓逃入巴達克山。他嚴令富德行文曉諭巴達克山部落縛送二和卓，如若不獻，即遣兵索取，一定要“剿絕根株”，天如寒冷，來年再行進征，並諭告軍機大臣和有關臣僚，備辦軍需諸物及馬匹，以供支用。不久，富德奏報：巴達克山部部長素勒坦沙已遵將軍之諭，擊斃霍集占，生擒布拉呢敦，“但回部信奉經典，從無自擒族類轉送予人之例”，如果將其擒獻天朝，恐其他部落“必來滋事”，請求免送。乾隆帝不從其請，命兆惠、富德“克期勒兵向索”，如若該部違命，來年大舉征剿，並於九月三十日、十月初十日兩次敕諭巴達克山汗素勒坦沙，嘉其擒拿大、小和卓，“慕化歸誠”，“具見恭順”，“深用嘉悅”，講述送獻與否的利害關係，勸其“將霍集占兄弟俘以獻”，定當賜以殊恩，使其“永荷無疆之福”。《清高宗實錄》卷594，頁22，卷595，頁9―11，卷596，頁3、9、10、18，卷597，頁34、39，卷598，頁22.
乾隆二十四年十月二十三日富德的奏折至京，呈報巴達克山汗素勒坦沙送獻“霍集占首級，全部納款捷音”。《清高宗實錄》卷599，頁23.霍集占、布拉呢敦弟兄掀起的大亂，終於被乾隆帝派遣的清軍削平了，廣大回疆重新安定下來。
第三節總結準、回之役積極建設新疆。
一、《禦製開惑論》與《告成太學碑文》。