對於乾隆帝統一和建設西北地區的宏偉事業，不少大臣很不理解，亂發異議。他們認為西域二萬餘裏，“沙漠遼遠，牲畜凋耗，難駐守”。大學士史貽直早在二十二年十月就提出捐棄伊犁的主張。大學士陳世倌特上專折，以“糧餉、馬力、將帥”三個難題，反對繼續用兵。乾隆帝予以一一駁斥，堅決排除淺見庸議的幹擾，選任了幾位能臣，來貫徹執行他建設西北的方針，主要是阿桂、舒赫德、明瑞和伊勒圖。
舒赫德從乾隆十八年就到西北處理準部問題，二十三年起，以參讚大臣、尚書、都統的頭銜駐阿克蘇，連續好幾年，先後奏定回城賦稅台站，設伯克，阿克蘇鑄騰格，阿克蘇、庫車、哈喇沙爾、烏什、和闐置文武官員，政績卓著。阿桂於二十年以內閣學士身份赴北路烏裏雅蘇台督台站起，到三十三年止，除短期調離外，基本上在準、回地區任參讚大臣、伊犁將軍等職。他針對創事初期某些大臣畏難主退的異議，奏稱“守邊以駐兵為先，駐兵以軍食為要”，建議廣開屯田，建置城邑，設台站，移各省有工藝技術之人入新域，均被朝廷采納，一一施行，使新城、新村、兵營依次建立，人口上升，田地增多，“一如內地，數千裏行旅晏然”。明瑞在用兵中屢立軍功，二十七年任第一位伊犁將軍，直到三十三年。伊勒圖很早就以副都統職銜駐烏魯木齊，不久移駐阿克蘇，三十三年任伊犁將軍，三十六年，降參讚大臣駐烏什，三十八年複任將軍直到五十年去世。伊勒圖駐邊二十餘年，“諸所經畫，縝密垂久遠”，對屯田、築城、鑄錢、采煤、煉鐵等，做了很多工作，貢獻很大。《清史稿》卷313，《舒赫德傳》，卷318，《阿桂傳》，卷335，《伊勒圖傳》。
乾隆帝依靠這些能臣，大力進行建設西北的宏偉事業，主要做了以下四個方麵之事。其一，設官建置。二十五年八月，命阿桂總理伊犁事務，第二年九月令明瑞赴伊犁代阿桂辦事。二十七年十月十六日，他以“伊犁為新疆都會，現在駐兵屯田，自應設立將軍，總管事務”，授明瑞為“總管伊犁等處將軍”，照例頒賜敕印旗牌。《清高宗實錄》卷619，頁4，卷673，頁1.伊犁將軍總管全疆軍政財經等一切事務，集軍政大權於一身，下設都統、副都統、參讚大臣、領隊大臣、理事大臣、總管等官，分駐各城。對天山以南的回疆各城，沿用其官名舊製，設阿奇木伯克(總管)、伊沙噶伯克(協理)、噶雜拉齊伯克(掌地畝錢糧)、商伯克(征輸糧賦)、哈子伯克(管訴訟)等官“理回務”，大體上以歸順的伯克充任，均由大皇帝指派，皆聽命於本城參讚大臣(或辦事大臣，領隊大臣)，定期輪班至京朝覲。息兵初期，乾隆帝對重要回城的阿奇木伯克的人選，十分重視，挑選可靠之人充任。他於二十五年三月初七日諭示軍機大臣：授輔國公噶岱默特為喀什噶爾阿奇木伯克，貝靳鄂對為葉爾羌阿奇木伯克，貝子品級輔國公色提巴勒氏為阿克蘇阿奇木伯克，噶岱默特之子阿布都喇瑪為拜城阿奇木伯克，郡王品級貝勒玉素布之弟阿布都拉為烏什阿奇木伯克。這些伯克皆係早期來歸並在征討霍集占時從征立功效忠清帝之人。
其二，築城駐兵。軍務告竣之後，乾隆帝命留下部分軍隊屯駐重要城市，並陸續從陝西、甘肅、北京、東北，僉派八旗滿洲、蒙古官兵、索倫、錫伯、達呼爾、察哈爾和綠營兵前來駐防或換防，形成了固定的軍事製度，又相繼築造了惠遠、惠寧、綏定、廣仁、贍德、拱宸、熙春、塔爾奇、寧遠(以上稱伊犁九城)、綏靖、迪化、鞏寧、會寧、慶綏、安阜、永寧、喀喇沙爾、徠寧等城。伊犁將軍所駐的惠遠城有滿洲駐防兵四千，惠寧城滿兵二千一百四十名，伊犁河南岸有錫伯、索倫、達呼爾、察哈爾蒙古、厄魯特、沙畢納爾兵六千二百名，綏定等六城有綠營攜眷兵三千，天山北路共一萬五千二百餘名兵士，星拱棋布，與伊犁城環峙，另外還有換防於回疆與塔爾巴哈台之兵二千三百名。天山南路回疆各城，共有番戍兵五千七百餘名，其中，葉爾羌、喀什噶爾各九百名，阿克蘇八百名。天山東路烏魯木齊，設有都統一員，轄駐防滿兵三千四百六十名，兼轄巴裏坤、古城駐防兵二千及屯田綠旗兵四千。烏什還有屯田綠旗兵一千。以上各處兵馬，皆屬伊犁將軍節製調遣。
其三，屯田移民。天山北路，人煙稀少，準部人員又多不習農耕，農業生產十分落後，糧食奇缺價昂。清政府從康熙末年起，便開始僉兵屯墾田地，派土默特兵一千，於蘇勒厄圖、喀喇烏蘇等處創屯，後陸續增屯吐魯番、鄂爾坤等地。乾隆初，回部辟展等城，“多設屯，厚兵力”。用兵準、回期間，尤其是獲勝息兵以後，乾隆帝大力推行屯田政策，兵屯、民屯、回屯空前發展。二十年，以伊犁西境喀爾喀東陲多閑壤，遣滿、蒙、漢兵數千開屯，又於額爾齊斯、巴裏坤等處派甘肅、州、肅州屯兵五百墾種田地。二十三年，於辟展、魯克察克、烏魯木齊、托克遜、哈喇沙爾大辦屯田，置新舊屯兵一萬七千名，每人種二十畝。大學士管陝甘總督黃廷桂奏請撥餉以備屯田籽種之用，他立命戶部於鄰近甘肅的省份發銀三百萬兩，迅速解甘，以備供支。
乾隆二十五年起，舒赫德、阿桂、明瑞於伊犁等處大興屯田，庸懦之臣又生異議，妄稱屯田勞民，乾隆帝為此於二十五年五月初九日特下專諭，批駁了“蚩蚩無識之徒”的“以訛傳訛”。他強調指出，大辦屯田，不是勞民動眾，而是於民有利，是“惠民”而不是害民，不管是招募遷移回民到伊犁等處屯墾，還是將免死之犯人遣往種地，都是有益於民的。他特別講了一段興辦屯田的“深意”，十分精彩，摘錄如下：
“……且朕規劃此事，更有深意。國家生齒繁庶，即自乾隆元年至今二十五年之間，滋生民數，歲不下億萬，而提封止有此數，餘利頗艱。且古北口外一帶，往代皆號岩疆，不敢尺寸逾越，我朝四十八部，子弟臣仆，視同一家。沿邊內地民人，前往種植，成家室而長子孫，其利甚薄，設從而禁之，是厲民矣。今烏魯木齊、辟展各處，知屯政方興，客民已源源前往貿易，茆土銼，各成聚落，將來阡陌日增，樹藝日廣，則甘肅等處無業貧民，前赴營生耕作，萊辟而就食多，於國家牧民本圖，大有裨益。……今辦理屯種，亦隻因地製宜之舉，而無識者又疑勞民，朕實不解，且付之不必解，而天下後世，自有公論耳”。《清高宗實錄》卷612，頁19―22.
這道諭旨強有力地表明，乾隆皇帝確實是目光敏銳、高瞻遠矚、英明果斷，他不僅把屯田當做“資兵食”解決軍糧供應的重要手段，還用以改善兵火之後殘弱回人的生活，振興回部，並以此來對付人口危機，克服整個國家人口增長過快，人多地少衣食艱辛的困難，為內地漢民開辟廣闊的謀生途徑。這一見解非常新穎，十分高明，根據這一想法實行的移民、容民入疆的政策，是富國利民的好政策。早在康熙五十二年十月初二日，乾隆帝的皇祖父就下諭講到人多地少使糧價地價昂貴的問題。他指出：“先年人少田多，一畝之田，其值銀不過數錢，今因人多價貴，一畝之值，竟至數兩不等。……今歲不特田禾大收，即芝麻、棉花，皆得收獲，如此豐年，而米粟尚貴，皆由人多地少故耳。”《清聖祖實錄》卷256，頁15.第二年六月初六日，他又下諭指責一些官員的條陳徒奏墾田積穀，是“不識時務”，因“今人民蕃庶，食眾田寡，山地盡行耕種，此外更有何應墾之田為積穀之計耶！”《清聖祖實錄》卷259，頁9.到了乾隆朝，人口猛增，這一矛盾更為尖銳。乾隆帝在諭中講到二十五年內，“滋生民數，歲不下億萬”，並非無根據的浮誇之詞。乾隆六年，全國在冊人口已達一億四千三百四十餘萬，超過了曆史上任何一個朝代，而到乾隆二十五年，二十年中竟達到一億九千六百八十餘萬，增加了三分之一。人口增加的數量之多，比例之大，速度之快，實在令人吃驚。到乾隆六十年，更增至二億九千六百九十六萬八千九百六十人。內地田土有限，怎麼辦？很顯然，移民入邊疆，容許中原人丁流入邊疆墾種田地，是解決人多地少矛盾的一個良好計策。乾隆帝看準了這一點，因此他果斷決定，要在西北新域中大力推行屯田，哪怕冒著被無識之人譏為“勞民”，暫時不為人們理解的風險，也要把屯田辦下去，但他相信“天下後世，自有公論”，這項政策的正確性，必然會在曆史實踐中充分顯示出來。正是由於他的堅決果斷，才排除了目光短淺之人的幹擾，投入了大量財力、人力和物力，新疆的屯田才能大規模地迅速進行，“東自巴裏坤，西至伊犁，北自科布多，南至哈喇沙爾”，兵屯、回屯、民屯、旗屯、犯屯、戶屯等各類屯田蓬勃發展。王慶雲：《石渠餘紀》卷四，《紀屯田》；《清高宗實錄》卷1493，頁29.