閩浙總督常青在未接到聖旨之前，已於十二月先後派水師提督黃仕簡，陸路提督任承恩，總兵郝狀猷，副將徐鼎士、林天洛等將，領兵一萬餘名援台，於五十二年正月初陸續到達台灣府城及北淡水，原駐澎湖之兵亦於十二月十四日到台灣府。
此時，增援台灣的清兵有一萬三千餘名，台灣本府有額設駐兵一萬二千餘，兩者相加為二萬五千餘，還有廣東及泉州等移民中支持清軍的“義民”，人數並不少於天地會起義軍。官兵軍器遠遠超過義軍，槍炮彈藥皆比林爽文、莊大田部更為充裕，如果統帥調度有方，將弁奮勇，本來是會很快扭轉戰局的。但是，一則台灣額兵缺員太多，且極懦弱，再則更為重要的是主帥怯戰畏敵。福建水師提督黃仕簡，雖然是將門之家，很早就襲封一等海澄公，曆任衢州總兵、湖廣提督、廣東提督等職，但並未打過多少大仗，此時又年老有病，更為膽小。任承恩雖係勇將總兵任舉之子，卻未能繼承父誌刻苦習武，“素不知兵”，不過一紈絝子弟。黃仕簡駐府城，“臥病床榻”，僅派台灣總兵柴大紀北取諸羅，總兵郝狀猷南取鳳山，自己卻長期擁兵坐守郡城。柴大紀率兵二千餘名，在“義民”的支持下，於五十二年正月二十一日在外山部竹地方與會黨交戰，擒獲將軍廖東等人，二十二日又獲軍師侯辰、吳映、張請先等人及“番婦”八十餘人，攻下諸羅縣城。郝狀猷帶兵三千餘名，南出二十裏即為義軍攔阻，頓兵四十餘日，才收複離府城僅八十裏的鳳山空城。任承恩於正月初到達彰化縣屬的鹿仔港後，觀望等待，不敢進攻四十裏外的林爽文家鄉大裏軍營。郝狀猷因鳳山縣城空無居民，遂招民複業，莊大田乘機派遣會員混入城內，並於三月初四日起猛烈進攻。郝狀猷雖統兵二千餘名守城，但膽怯畏戰，於初八日棄城而逃，遁歸府城，鳳山縣城又落入義軍手中。林爽文與莊大田分別率軍攻打各地官兵和“義民”村莊，盡力截斷府城與鹿仔港的聯係，勢力迅速發展。
麵對義軍的強大攻勢，水師提督黃仕簡與陸路提督任承恩皆膽怯懼戰，一個是“株守郡城”，另一位則靜坐鹿仔港，又因二人官銜相當而互不相下，“彼此觀望”，隻是不時檄令總兵、副將、參將、遊擊等官，分率所部，前往堵禦義軍在各處的進攻，時東時西，時南時北，疲於奔命。清軍處於嚴重被動的局麵。
乾隆帝在批準常青派遣水陸提督赴台之後，既迫切盼望捷音，又有些擔心。他於二月初一日得悉黃仕簡於正月初四日抵鹿耳門、任承恩初六日到達鹿仔港的消息時下諭說：“此等幺麼賊匪，原不過一時烏合，現在黃仕簡、任承恩督兵會合搜剿，自無難立時撲滅。”但是，他又因黃、任俱係提督，恐其不能和衷共事協同征戰，於二月初七日下諭，申斥黃、任二人，催促調任湖廣總督的原閩浙總督常青渡台統轄全軍。諭旨說：黃仕簡、任承恩抵台已逾一月餘，“何以至今尚未奏報剿賊消息”，著傳旨嚴行申飭。“看來黃仕簡、任承恩全不諳事理輕重緩急，且彼此俱係提督，不相統攝，竟有互相觀望之意，於剿捕事宜不能得力”。②。
不久，當他看到軍事進展遲緩，分析其因時，愈來愈察覺出二人保命避戰的真情，便一而再再而三地降旨對二人多次斥責，並因其毫無悔改之意，而將其革職拿問。三月十四日他降下一旨：“黃仕簡、任承恩始終貽誤緊要軍機，其咎甚重，必須拿問”。常青到台灣後，遵照前旨，先將二人摘去花翎，送回廈門。過了七天，三月二十一日，他又下一諭：台灣林爽文等糾眾滋事，“水陸二提督帶兵分路進剿，並不親臨行陣，定期會攻，黃仕簡株守郡城，任承恩安居鹿仔港，僅派委將弁等零星打仗，二人彼此觀望，不思埋根首進，惟事遷延，致賊匪日久未就撲滅”。現據李侍堯奏稱：“南北兩路該提鎮等，各有牽製，不免坐費時日”，著將任承恩解任革職拿交刑部問罪。又過了六天，三月二十七日，閩浙總督李侍堯奏述台灣情形，並抄錄了海防同知楊廷理稟帖。楊廷理稟稱：“賊匪滋事以來，大兵僅屬固守，皆以兵單難於遠捕為辭，如彰化早經恢複，而任承恩駐兵鹿仔港，普吉保駐兵埔心莊，諸羅收複月餘，而柴大紀駐兵城外，鳳山複經收複，郝狀猷分駐四門靜守，黃仕簡駐守郡城，以致賊匪各路嘯聚。現在台灣之兵，統計一萬三千有餘，合之則多，分之則寡。”乾隆帝批示：“該同知所稟各情形，早在朕遙度之中，可見兵力以分而見單，伊等貽誤，實由於此。”著將黃仕簡革職，拿交刑部治罪。⑤。
三、庸帥常青株守郡城全台危在旦夕。
從乾隆五十二年三月中諭懲水陸提督黃仕簡、任承恩起，到十一月初福康安至台止，這八個月征剿義軍的重擔，是由皇上欽派的將軍常青承擔的。
乾隆帝雖然低估了台灣林爽文義軍的力量，但對台灣的局勢仍然十分重視，很早就在人事安排上作了變動。乾隆五十二年正月初十日，他降下一諭：現在水陸兩提督業已渡台征剿林爽文，“逆匪自無難立時撲滅。惟是海疆重地，將來善後事宜，均須妥協籌辦。”湖廣總督李侍堯久任封疆，雖於軍旅未嫻，而辦理地方事務，於輕重緩急事宜，較為熟練，著將李侍堯調補浙閩總督。湖廣係腹地省份，且地方寧謐無事，常青自能勝任，即將閩浙總督常青調補湖廣總督。
過了十八天，正月二十八日，他因黃仕簡、任承恩均係提督，難以統攝，又降一旨命常青渡台督師。諭旨說：黃、任均係提督，體製不相上下，且水陸各有所轄，難以統攝。常青對辦理善後事宜，不如李侍堯諳練，“而督率搜捕，則常青為優”，著常青待李到閩後，即親自渡台，督率剿捕。常青奉旨後，於二月二十二日至廈門，等待順風，三月初抵達台灣府城。