乾隆帝要想以這衰朽不堪的幾千名弱卒，去打壓眾達數萬的義軍，而且要求立即撲滅，豈不是白日做夢。他這一決策的失誤，自然會嚴重地影響軍事進剿。
二、兩提督擁兵觀望畏縮不前。
乾隆五十一年十二月二十九日，即皇上看過閩浙總督常青第一次呈報台灣林爽文起義之折的第二天，福建陸路提督任承恩之折又送到京師。任承恩奏：彰化縣被林爽文攻陷，俟督臣到泉州時，“臣即登舟渡台”。“台灣賊即彰州頑民，屢次滋事，懇簡重臣到閩督辦”。乾隆帝沒有冷靜思考為什麼任承恩會提出請派欽差大臣的要求。須知，任之此奏，是擔有風險的，一則會被皇上認為自己無能，堂堂執掌一省綠營軍隊之大帥，竟然對付不了區區烏合之眾；再則也會開罪於頂頭上司閩浙總督常青，惹怒統率駐防八旗的福州將軍恒瑞，求派重臣來台，自然是意味著閩浙總督與福州將軍是屍位素餐，難勝敵軍，才有此請，這兩位大臣豈能不找機會對己報複？如果不是軍情緊急，台局危險，任承恩是不會如此冒昧的。
執政五十年素以英明自詡的乾隆皇帝，照說對此情景應是了如指掌，能夠妥當處理的，不料，他竟未能洞察真情，反而作了錯誤的批示和安排。他對任承恩欲渡台征剿，批示說，“豈有兩提督往辦一匪類之理！若不誠，是巧詐，若誠，是至愚。”對其請派重臣，則批示：“更不成話，不料汝亦如此至愚。”他在痛譏任承恩愚蠢荒唐的同時，給軍機大臣下了一道長諭，講述對付台灣起義之事。他說：
“此等奸民糾眾滋事，不過幺麼烏合。上年台灣，即有漳、泉兩處匪徒械鬥滋擾等案，一經黃仕簡帶兵前往督辦，立即撲滅。今林爽文等結黨橫行，情事相等，該提督到彼，匪黨自必望風潰散。即使該提督病後，精神照料未能周到，亦止可添派能事總兵一員，多帶兵丁，前往協剿，乃任承恩竟欲親往，豈有水陸兩提督俱遠涉重洋，辦一匪類，置內地於不顧之理！至所請簡派欽差督辦，更不成話。督、撫、提、鎮俱有綏靖地方之責，設一遇匪徒滋事，輒請欽派大臣督辦，又安用伊等為耶？從前康熙年間，台匪朱一貴滋擾一案，全台俱已被陷，維時止係水師提督施世驃帶兵渡台進剿，總督滿保駐紮廈門調度，不及一月，即已收複蕆功，伊等豈竟未聞之乎？”②。
正當乾隆帝大談不需多調兵馬、削平義軍易如反掌之日，林爽文、莊大田領導的起義軍，卻已連下彰化、鳳山、諸羅三縣，台灣全府丟失大半，官軍困守於郡城，形勢十分危急。
林爽文等人起義的經過，大致如下。早在乾隆五十一年七月，諸羅縣捐貢楊光勳與其弟監生楊功寬爭財起釁，楊功寬因兄長已入天地會，有會黨支持，遂另立雷公會，結黨相抗。台灣總兵柴大紀、台灣道永福飭屬下查拿，把總陳和拿獲天地會會員張烈，會眾“夥黨搶奪”，殺死陳和，救出張烈。柴大紀偕永福赴諸羅，拿獲楊功寬等五十三人，為欲大事化小，改天地會為添弟會，按光勳弟兄不和故結會相爭而結案，以免牽涉上違禁的天地會而遭受朝廷責斥，果然瞞過了皇上。乾隆帝閱過福建水師提督黃仕簡呈報上述情形的奏折後，下諭嘉獎柴大紀、永福“辦理此事，尚屬迅速妥協，著交部議敘”。
張烈被會友搶救出險後，同一些天地會員，逃奔林爽文處，商謀起義。五十一年十一月初，總兵柴大紀北巡至彰化，理番同知俞長庚請柴留駐統兵打壓，柴大紀不從，倉皇回郡，遣遊擊耿世化領兵三百名，偕台灣府知府孫景燧赴彰化。彰化縣知縣俞峻派衙役楊振國往拘林爽文，隨即查出林爽文曾“犯竊被獲，係該役賣放”，即將楊振國收禁。十一月二十五日，俞峻與北路營副將赫生額、遊擊耿世文至大墩，離林爽文居住之莊還有七裏，不敢前行，安營駐紮，諭令村民擒拿林爽文等人獻官，如不捉拿，即將村莊焚毀，並“先焚數小村怵之”。被燒的村民並非會黨，純係無辜百姓。村民極端憤怒，“號泣於道”。“爽文遂因民之怨，集眾夜攻營”，於十一月二十七日全殲官兵，斬殺知縣俞峻、副將赫生額和遊擊耿世文。林爽文乘勝進攻彰化。此時縣城隻有兵士八十人，根本無力抵擋。林率眾於十一月二十八日晚上攻下縣城，殺知府孫景燧、理番同知長庚、攝知縣事劉亨基、都司王宗武、署典史馮啟宗，十二月初一日又打下竹塹，殺巡檢張芝馨。會眾擁林爽文為盟主大元帥，駐彰化縣署，建元順天，以楊振國為副元帥，王作為征北大元帥，王芬為平海大將軍。爽文以玄緞為冠，盤兩金龍，結黃纓，自頂垂背，衣袞服，高坐於堂上，會眾歡呼萬歲。十二月初六日，林爽文又破諸羅，殺攝縣事董啟埏、典史鍾燕超等，各地會眾紛起響應，連破鬥六門、南投、貓霧等處，殺縣丞周大綸、陳聖傳，郡中大震。台南莊大田也起於鳳山。莊大田聞知林爽文起義後，與族弟大韭、大麥等號召莊民會眾，椎牛歃血，造軍器，樹大旗，莊錫舍、王阮郭等亦各率眾來會。莊大田自稱南路輔國大元帥，或稱定南將軍、平南將軍，數日之間，眾至數萬，於十二月十三日攻下鳳山縣城，殺典史史謙，清軍參將瑚圖裏匹馬單槍狼狽逃去，知縣湯大奎自盡。
台灣府一共轄有四個縣，台灣縣為府治之地，附郭，鳳山縣在府城之南八十裏，諸羅縣在府北一百七十裏，彰化縣南距府城三百九十七裏。林爽文占彰化、諸羅二縣，莊大田據鳳山，全府去了一大半，僅剩下台灣府城，猶如孤島。林爽文於十二月初七日，水陸兩路進攻府城，水路有船數百隻，陸上有兵萬餘，連攻三日未下。二十七日，林爽文與莊大田再次合攻，亦未能得手，撤軍暫退。一些廣東移民居住的“粵莊”村民，以及一些泉州、興化移民，糾眾反抗林爽文、莊大田，“各書義民字樣，共相守護”，並協助官兵作戰，守住了鹿仔港，斬殺和擒拿了副元帥楊振國等重要首領。