乾隆帝雖遠在萬裏之外，且從未到過福建、台灣，但憑其多年執政的經驗和能力，很早就看出了爭取粵民、泉民的重要，把它當做摧垮義軍的必具條件之一。早在乾隆五十二年四月，他就指令閩浙總督李侍堯撥運大量銀米至台，賑濟貧民饑民，發給予林爽文部作戰的鄉勇義民，以免他們“去而從賊”或“窮極攘奪”。七月二十九日，他又諭軍機大臣：“白石湖山內賊匪，經徐鼎士等帶兵搜捕，並令兵役義民人等開誠撫慰，即有扶腋歸順者三千餘人，鹿、金包裏等處，又招出難民千餘人，俱經該副將送各莊安業，可見賊黨雖眾，如果能設法招徠，剿撫互用，無難即行解散。”
第三天，八月初一日，他再諭軍機大臣：“彰化等處賊匪屯聚，雖據稱有一二十萬人，但係被賊用威迫脅，勉強聽從，不過烏合之眾，今經藍元枚傳旨曉諭，即有民人從賊巢投出，自訴並非賊黨。該參讚詳加開導，諭以擒殺賊匪，立功自效，皆知歡欣鼓舞，共慶更生，是賊匪雖眾，易聚亦易散，若能設法招徠，自當紛紛投出，賊黨日就解散。”
當將軍福康安渡台時，乾隆帝於十一月初一日又降一諭：“廣東莊民同心向義，視賊如仇”。南路村莊民人，見大兵雲齊，“賊黨解體”，紛紛赴常青處呈請賞給腰牌，以為良民之證，北路福康安於所過地方，對各村莊安分之人，亦當照常青所辦，賞給腰牌，“俾令各有識別，安莊服業，自為守禦，既可以安輯眾心，且於官兵進剿後路，更資協助，無慮賊人潛出滋擾，尤為妥善”。“台灣義民甚多，而廣東、泉州二處民人，尤為急公，隨同官兵打仗殺賊，屢經出力”。康熙年間，廣東莊義民“剿賊有功”，總督滿保賞給懷忠、效忠等匾額，“是以民人等鹹知向義，踴躍自效”。今對廣東莊、泉州莊義民，“朕皆特賜匾額，用旌義勇，伊等自必倍加鼓舞，奮力抒忠”。各處“義民”隨同官兵堵禦防守，“頗為出力”，即日大兵進剿，正當鼓勵義勇“協力助剿”，若減其口糧，恐其貲糧不給，“或致漸行散去，轉阻其急公效用之心”，著照常支給，不可輕議裁減。
乾隆帝的這一措施，對瓦解義軍起了很大的作用，許多“脅從”之民紛紛投向官軍，莊大田便因“其黨羽漸次解散”，不得不“將家眷搬移，潛伏石仔瀨地方”，其勢日益“窮蹙”，“義民”愈來愈多，支持官兵進攻，踴躍衝殺。這對改變敵我雙方力量對比，使官兵擺脫被動局麵，產生了強大的影響。
在將帥配備、兵力調撥、糧餉彈藥供應、招撫台民等方麵，積極安排的同時，乾隆帝反複思考用兵之法。為了穩妥起見，他專門下諭，詢問久經征戰、屢將大軍、功勳卓著的大學士、一等誠謀英勇公阿桂，命其建言獻策。阿桂於七月上奏：“賊眾居高臨下”，官兵進剿，必須仰攻，不能察其虛實。義軍又可“伺官兵之隙，前邀後截，四出滋擾”，若徒撥兵堵禦，則官兵不敷分派，惟有將緊要地方，如郡城、諸羅、鹿仔港等處，先為駐兵防守，再選可戰之兵二三萬，“搗其巢穴”。
乾隆帝又根據軍情的變化，陸續降諭，指授用兵方略，基本精神是集中精銳士卒，直攻林爽文大營。在八月二十五日勉勵將軍福康安勇肩重任的諭旨中，他提出，福康安不必前往府城，而直接進攻林爽文家鄉大裏，“俾賊人聞之，自必回顧巢穴眷屬”，則諸羅之圍，可不攻而自解，而南路莊大田部，亦必聞風驚潰，紛紛解散，“此為聲東擊西之計”，可擒其渠。九月二十七日，他又再申前計，諭軍機大臣：福康安應同海蘭察等統領巴圖魯、侍衛、章京，督率大兵，以全力進剿“賊巢”。若敵由諸羅返救，則福康安等迎頭截殺，柴大紀從後跟蹤追剿，使其首尾受困，自可全部就擒。如敵不返救，則福康安掃平敵營後揮兵回救諸羅，敵見“巢穴已傾，自可不戰而潰，最為善策”。
將軍福康安於九月中在廈門上折奏稱：敵軍“近更猖獗，自鳳山至彰化，要隘處所半被賊據，南北兩路，聲氣相通，每於官軍經過之地，從中突出邀截，以致郡城、諸羅兩處，受困日久。臣一到鹿仔港，即整兵前進，務將賊匪屯聚相連之處，痛加剿殺，使其首尾不能相顧。”乾隆帝就此批示：“是。以彼巧計攻彼，此語得之。”③九月下旬，福康安又送出一折，奏稱：此次由鹿仔港進剿，必須南北兩路並力合攻，“使賊匪分散”。現谘常青、恒瑞、柴大紀、蔡攀龍等臨期合攻，一麵撫諭附近被脅民人，令其各保村莊，“殺賊自效”，道路自無慮梗塞，然後進逼大裏“賊巢”，約會淡水官兵，由烏日莊夾攻，不難一鼓殲擒。
福康安此奏，固然是遵照諭旨而製定的，集中兵力，南北夾攻，直搗大裏林爽文家鄉，但是，揆諸戰陣實情，此舉未免欠妥。因為，柴大紀、蔡攀龍久困諸羅，糧盡彈絕，疲憊不堪，區區三千左右弱卒，怎能衝鋒陷陣。參讚恒瑞雖擁兵五千，卻怯懦畏敵，長期坐紮鹽水港，不攻不戰，以增兵六七萬相請。原將軍常青，擁兵株守，根本不敢言戰。假如福康安真按上述方案行動，屆時必然是名為諸路合攻，實則僅隻福康安孤軍作戰，柴大紀、蔡攀龍不能突圍會合，恒瑞、常青不願也不敢領軍參戰，而對方林爽文、莊大田兩部人馬倒很有可能如期會合兩麵夾攻，局勢就將難以收拾了。
“為軍旅要務，曉夜思維”，“無微不到”的乾隆皇帝，可能已察覺此計欠妥，故一當看到福康安之折後，即於當日(十月十六日)決定改變進攻目標。他諭軍機大臣：“就此時情形而論，自先以援救諸羅為要。福康安到鹿仔港後，等候川、黔、廣西兵到齊，即直抵諸羅”。至於台灣府城，現有常青，雖未能進攻，自守尚屬有餘，即使府城守禦難支，竟至失陷，亦不難收複。“福康安不必因身當重寄，不能為郡城保全，即為有負任使，心懷疑慮，以致顧此瞻彼”。
乾隆帝此諭關係緊要，影響巨大。它徹底改變了進軍重點，既不直搗“敵巢”，又不往救不甚危急的郡城，而是猛攻圍困諸羅的林爽文，從而為解除諸羅之圍和殲滅義軍主帥奠定了基礎。此諭還有一處相當高明，即乾隆帝明確指出，福康安不必為郡城可能失陷而擔心。這樣講，很策略，也很深刻。肩負平台重任的大帥福康安，如果在進軍過程中，因救一縣城而丟了府城，不僅是有損尊顏，而且可能要遭受重懲，他不能不“心懷疑慮”，這將嚴重影響統帥的精力和思緒，“以致顧此瞻彼”。現在皇上講明了，不須有此顧慮，府城丟失也不要緊，可以再行收複，顯然這也意味著不會因此而怪罪將軍。