此後，乾隆帝又幾下諭旨，指責福康安失誤。五十二年正月二十七日，他又降諭：福康安自十一月二十五日攻破大裏“賊巢”，遲至十二月初四日始由平林仔發兵前進，“使賊匪得以乘暇，收合羽黨，於集集埔預為布置，據險抵抗，已屬辦理遲緩”。迨官兵攻克集集埔後，於十二月十三日在水裏社拿獲“逆首家屬”，福康安若能及早帶兵直往小半天一帶搜捕，“則賊匪窮蹙奔逃，救死不暇”，豈能收集黨夥二千餘人，豎柵壘牆，投石放槍，抵死抗拒？此時林爽文必然尚在該處藏匿，若福康安於敵布置之先，即統兵抵達該處，“林爽文豈能據險抵禦，屢次使之乘間逃逸”？福康安應當親統官兵一二萬，直入埔裏社內山，追擒林爽文。
緊接著，乾隆帝又數降諭旨，斥責福康安，火氣越來越大。其實，這些諭旨都是無的放矢，都沒有下達的必要。因為，不僅由於皇上遠居萬裏之外，不了解台灣地形、氣候和民俗，不知行軍作戰之艱辛，所有指責皆不切合實際，而且還因為此類諭旨發出之時，福康安已早擒獲林爽文了。
乾隆五十三年二月初一日，福康安之捷奏到京。福康安、海蘭察、鄂輝奏：正月初一日，拿獲假扮林爽文的賴達，據供林藏匿於打鐵寮一帶山溝。當即派官兵由骨社、合歡社追捕，直至炭窯。恐其潛向海口逃逸，隨派各營官兵由後壟至中港，自竹塹至桃仔園，沿山密布，“臣等亦各分隘口，四麵圍截”，複遣巴圖魯、侍衛二十員及貴州、廣東、屯練兵數百名，扮做民人，同淡水“義民”、差役及社丁、通事，分頭緝捕，於初四日在老衢崎將林爽文及頭目陳傳、何有誌、林琴、吳萬宗、賴其壟等一同擒獲。
足足生了一個多月悶氣的乾隆皇帝，這時忽然解怒為笑、變貶為褒，立即下諭，嘉獎福康安等將林爽文“設法生擒，辦理周妥，實屬可嘉，特親解禦用佩囊二個，分賜福康安、海蘭察，用昭恩眷”，並大賞有功臣將。②。
福康安又於乾隆五十三年正月十四日分路進攻南路莊大田部義軍，連戰連勝，至二月初五日俘獲莊大田，徹底打壓了天地會林爽文、莊大田領導的反清起義。
福康安隨即將林爽文、陳傳等押解北京，淩遲處死，梟首示眾，於府城斬殺莊大田，並著手處理台灣善後事宜，如修建城池，添設戍兵，賑濟災民等，又舉辦屯田，將從征的“熟番”挑選四千名作為屯丁，每名給四十餘畝，令其防守隘口，緝捕逃犯。福康安與福建巡撫徐嗣曾根據聖旨，多方查詢、思考，呈上《清查台灣積弊酌籌善後事宜》奏折，共包括善後章程十六條：稽查水陸各營官兵操演，水師將弁按期出洋巡哨，嚴總兵巡查之製，禁兵士離營窩娼包賭經商，革除旗牌、伴當、內丁、管班等項名色，水陸提督互相點驗換防戍兵，海口城垣安設炮位，嚴禁械鬥，清查戶口編民入籍，不準民間私造兵器旗幟，重懲賭徒，於淡水八裏岔開設口岸以便商民，大員輪查台灣官員出具考語，台灣道員專折奏事，申禁和稽查沿海港口私渡船隻，安設鋪遞傳送文報。
大學士、九卿議複，乾隆帝於五十三年六月二十三日降旨，批準福康安、徐嗣曾之奏，諭令台灣文武官員“敬謹遵循，力除積習以飭營伍而靖海疆”。
四、禦製“平台”三文冤殺“名將”柴大紀。
乾隆五十三年三月十一日，乾隆皇帝諭軍機大臣：將《禦製剿滅台灣逆賊生擒林爽文紀事語》、《禦製福康安奏報生擒莊大田紀事語》、《禦製平定台灣功臣像讚序》三文，用清漢字書寫，於台灣府城及廈門二處，建碑碣三座，慎選石工，妥為鐫刻，“俾岩疆海徼，鹹喻朕勤政愛民明慎用兵之意”。
三篇禦製文章，對平台之役作了概括性的敘述和深刻的分析，是了解乾隆帝之思想、方針、戰略、戰術及作風的極好材料，現將第一篇文章《禦製剿滅台灣逆賊生擒林爽文紀事語》摘錄如下：
“……至於今之剿滅台灣逆賊，生擒林爽文，則有不得不詳記顛末以示後人者。……若茲台灣逆賊之煽亂，乃猝然而起，兵出於不得已，而又不料其成功若是之易也。蓋自康熙二十二年平定台灣之後，曆雍正逮今乾隆戊申，百餘年間，卒鮮卅歲寧靜無事，而其甚者，惟朱一貴及茲林爽文。朱一貴已據府城，僭年號，林爽文雖末據府城，然亦僭年號矣。朱一貴雖據府城，藍廷珍率兵七日複之，不一年遂平定全郡，林爽文雖未據府城，亦將一年，始獲首渠，平定全郡，則以領兵之人有賢否之殊，故曰事在人為，不可不慎也。林爽文始事之際，一總兵率千餘兵滅之而有餘，及其蔓延猖獗，全郡騷動，不得不發勁兵命重臣，則予遲速論所雲未能速而失於遲，予之過也。然而果遲乎，則何以成功？蓋遲在任事之外臣，而速在籌策之予心，故始雖遲而終能成以速，非誇言也，蓋紀其實而已。若黃仕筒、任承恩初遲矣，而予於去年正月即命李侍堯速往，代常青為總督，辦軍儲，常青往代黃仕簡，藍元枚往代任承恩，司剿賊之事，而郡城與仕簡弗致失於賊手，是幸也，是未遲也。既而常青隻能守郡城，藍元枚忽以病亡，是又遲矣，而天啟於予，於六月即自甘省召福康安來熱河，授之方略，八月初即命福康安、海蘭察率百巴圖魯及各省精兵近萬，往救諸羅，是又未遲也。……夫遲之在人，而天地神明護佑，每以遲而成速，視若危而獲安。……夫用兵豈易言哉，必也凜天命，屏己私，見先幾，懷永圖，方寸之間，日日如在三軍前，而又戒掣肘，念眾勞，且予老矣，老而精神尚健，不肯圖逸以遺難於子孫臣庶，借以屢成大勳，此非天地神明之佑乎，亦豈非弗失良心得蒙天鑒乎”。
乾隆帝此文，意在說明自己用兵台灣，調度有方，指揮得當，故能很快平台擒渠。不可否認，乾隆帝在戰爭後期任用將帥、籌撥軍需、指授用兵方略等方麵，基本上是正確的，故僅隻增兵五千，即很快扭轉戰局，三個月之內便結束了戰爭。但是，也不能因此就低估了他在事變初起時的錯誤判斷、任人不當、派兵過少所帶來的嚴重後果，更不應以此來掩蓋他在事後對柴大紀、常青二案處理的錯誤。
柴大紀是浙江江山縣人，乾隆二十八年由武進士揀選守備，分發福建試用，三十六年至四十三年六月，曆任水師守備、遊擊、參將，四十三年七月擢湖南洞庭協水師副將，四十六年九月升福建海壇鎮總兵，四十八年十一月調任台灣鎮總兵。五十一年十一月林爽文率眾起義後，柴大紀初守郡城，立下功勞，旋領兵收複諸羅。五十二年二月至四月內，義軍先後十次猛攻縣城，皆被柴大紀擊敗。林爽文又統軍萬餘及大批會黨，“自六月中攻圍，連日夕不止”，誌在必克諸羅。此時，將軍常青株守郡城，十裏外村在皆為莊大田部義軍占據，水師提督藍元枚困於鹿仔港，“四麵受敵”，諸羅亦僅一孤城。如果林爽文打下諸羅縣城，則可揮師南進，與莊大田會合，圍攻郡城，並定能奪取清軍庸帥常青所據之地，再轉攻鹿仔港，消滅藍元枚部，君臨全台。因此諸羅縣城之得失，關係甚大。