柴大紀深知此舉之利害，想方設法，鼓勵將弁紳民，死守諸羅。史載：“大紀指揮諸將雲：語曰：有城守責者，生死以之。大紀雖武夫，敢棄天子所付之封疆乎？誓與此賊始終可也。因置酒召諸將飲，席間親酌之酒，揮淚拜諸將曰：君等如能堅守固佳，否則斫大紀以降賊，無使蒼生遭鋒鏑也。諸將感激用命，日夜防守甚嚴，時出軍擾賊營。賊用呂公車，以數百人曳之，擊城北堞，城上用飛炮碎之。賊複用火箭射雉樓，諸將預蓄水桶，隨手撲滅。賊日夜喧噪以亂軍心，城中鼓角應之，使不得聞，如是者凡百日。諸義民鼓於忠節，各皆出餉勞軍，城賴以濟。”
乾隆帝原來對柴大紀並不賞識，曾因其將一次奏折差弁分日呈進，而予嚴行申飭，並旋即將其調任汀州鎮總兵。柴以二社“生番滋事”隨提督剿捕，未赴新任，尋因平“番”有功，皇上獎其進山搜剿，頗為出力，令其仍任台灣總兵。林爽文起義後，柴大紀守禦郡城，並收複諸羅，乾隆帝以其“甚屬出力”，“奮勇可嘉”，恕其“致賊滋事，失陷城池”之過，“令其效力，帶兵贖罪”。從柴大紀固守諸羅以後，乾隆帝便對柴大加褒揚。五十二年五月十六日，他因柴大紀奏報於二月至四月多次打敗林爽文進攻，殺死義軍數千名，而降諭嘉其保衛郡城、固守諸羅，“始終奮勉出力”，命交部議敘，並賞給大荷包一對、小荷包二對。六月十六日，他又下諭：“柴大紀自駐守諸羅以來，屢次將賊擊退，實屬奮勉可嘉。柴大紀著即補授福建陸路提督”，兼管台灣總兵事務。七月十二日、十三日，他又兩次下諭嘉獎柴大紀“自剿捕賊匪以來，督率官兵義民，奮勇殺賊，一切調度，深合機宜”，授柴為參讚大臣及壯健巴圖魯名號。不久他又因諸羅“城內義民幫同官兵，奮力守禦，保護無虞”，諭將諸羅縣改為嘉義縣，“俾闔縣良民倍加奮勵，以昭獎勸”。
特別使乾隆帝感動不已的是柴大紀拒離諸羅。由於義軍長期圍困、猛烈攻擊和將軍常青等怯戰畏敵不敢進援，諸羅縣城糧盡援絕旦夕不保，乾隆帝思考再三，決定讓官兵退出諸羅。八月二十七日，他諭軍機大臣：“諸羅被賊攻圍緊急，柴大紀督率兵民，竭力捍禦，甚屬奮勉。萬一賊匪猖獗”，援應之兵未能會合，諸羅糧食匱乏，火藥不給，實有難支之勢，則柴大紀當酌量情形，竟率領兵民，出城力戰，“將賊匪乘勢剿殺，突圍而出”，不可拘泥城存與存，城亡與亡之見，固守弗去，“致有意外之虞，既於體統有傷，且轉足以長賊人之氣，於事無益。柴大紀務須審度機宜，完師整旅，方為兩全”。
按常情而論，當諸羅處於這樣一發千鈞的危急關頭時，皇上沒有漠視將士黎民之安危，不責令守臣盲目死守聽其滅亡，而是下達完師突圍之旨，這對於圍城之中官民來說，尤其是對負有守城之責的參讚大臣、提督、總兵官柴大紀來說，簡直是絕路逢生，如同得到了救命符一樣，定會急急忙忙設法突圍，擺脫城破人亡死於敵兵刀下之禍。但是，出乎皇上和京中文武大臣的意料，柴大紀卻拒絕離城出走，呈上奏疏，寧願與城民共守危城。
柴大紀的奏折於十一月初九日送到皇上麵前。柴大紀奏：
“接到常青劄稱：昨已有旨交柴大紀，不必拘泥守城存亡之見，設遇緊急，即帶兵殺出縣城，再圖進取，等因。惟思諸羅地處台灣南北之中，其縣城四麵堆土，種竹作圍，本難為守。前此克複後，環營開溝，並堆短牆，安設炮位營盤，甚屬堅固，若一旦棄之而去，則城池營盤大炮均為賊匪所據，恐賊勢益張，鹽水港、笨港兩路之兵，均難駐守。且城廂內外住居百姓，及各莊避難入城者，共有四萬餘人，至今協力守禦，並捐助軍糧，急公向義，實不忍將此數萬生靈，盡付逆賊毒手。現在恒瑞駐鹽水港，普吉保駐元長莊，距諸羅俱不過三四十裏，三方鼎峙，聲勢壯盛，惟有竭力保守縣城，以待援兵齊集，並力進剿。”
乾隆皇帝讀過此折，萬分感動，立即下達長諭，對柴百般褒獎，厚加封賞。他說：
“所奏忠肝義膽，披覽之下，為之墜淚，前因新改嘉義之諸羅，屢次被賊滋擾，……惟恐柴大紀激於忠憤，堅守城存與存城亡與亡之義，固守弗去，是以降旨令柴大紀酌量情形，如力有難支，不妨率領官兵整隊而出，並因該處義民幫同柴大紀守城殺賊，甚為出力，……(令柴)務將城內義民及其家屬妥為捍衛，先行送出。……而柴大紀以縣城一切守禦事宜，久經布置周密，且因縣城內外居民甚多，不忍將數萬生靈委之於賊，立意堅守，以待援應。是其保護闔縣民人，與朕軫念義民多方愛護之意，適相吻合，所謂我君臣各盡其義也。柴大紀力捍圍城，且能乘間殺賊，已屬奮勇可嘉，今接奉前旨，若即全師而出，亦係遵旨而行，未為不可。而柴大紀被圍日久，心誌益堅，勉勵兵民，忍饑固守，惟知以國事民生為重，古之名將，何以加之。柴大紀在台灣剿捕賊匪，勞績最著，即守城一節，其功甚大，本欲俟大功告竣後優加封賞，今伊如此係念民生，忠良激發，為國家出力，尤堪嘉獎，柴大紀著即封為一等義勇伯，世襲罔替，並著浙江巡撫琅賞給伊家屬銀一萬兩，用示朕軫念勳勞錫爵酬庸之至意。”
此諭非常清楚地表明了，乾隆帝認為柴大紀力守危城忠肝義膽，是功勳卓著之忠臣名將，故予格外重賞，擢封一等伯。這是罕有的優遇。照說柴大紀從此會步步高升榮任大帥了。誰知，事出意外，此諭下達之後，不過兩個月，柴大紀便被皇上降旨革職拿問，過了半年，更被斬首於法場。為什麼皇上對柴大紀的態度會發生這樣一百八十度的大轉彎，把由他欽封的忠臣名將貶低為奸佞小人？是乾隆帝洞察秋毫識破柴之偽裝麵目，還是聽信讒言誤殺棟梁之臣？從曆史事實看，從乾隆帝有關柴大紀的數十道諭旨看，柴大紀確實不是有罪當戮，而係含冤去世。