柴大紀之被害，根源在於乾隆五十二年十一月初八日嘉義縣城解圍時，他未曾巴結將軍福康安。《嘯亭雜錄》卷六《台灣之役》載稱：城中官民出迎福康安，“惟大紀以功高，與福康安抗行賓主禮，康安銜之，遂密奏其人奸詐難信。會侍郎德成自海上監修城垣歸，複媒孽大紀之短。上信其言，遂以前貪縱事，逮大紀及永福入，先後正法”。《聖武記》卷八《乾隆三定台灣記》載：“初福康安之解諸羅圍也，柴大紀出迎，自以參讚、伯爵，不執之儀，福康安即劾其前後奏報不實。”
福康安第一次彈劾柴大紀的奏折，於乾隆五十二年十二月十五日送到北京，推算其發折之日，大概是十一月初十日左右。此折由將軍福康安，參讚海蘭察、恒瑞、鄂輝四人聯名發出，一共講了四個問題。其一，大軍即將進攻鬥六門。其二，恒瑞並非“有心畏葸”，故意遲延觀望，不援諸羅，而係“過於持重”，且招集“義民”五十餘莊，以清後路。其三，蔡攀龍在諸羅西門外紮營，並無出城殺敵之事。其四，諸羅被圍數月未失之原因是“眾民一心奮勇”，“柴大紀人本詭詐，甚染綠營習氣，不可倚任，是以仍使伊屯駐諸羅，將來事竣入都，自難逃聖明洞鑒”，請將普吉保調任台灣鎮總兵。
乾隆帝讀過此折後，不相信福康安領銜之折，於十二月十六日特下長諭，予以駁斥。他諭軍機大臣：昨據福康安奏柴大紀、蔡攀龍守城打仗情形多不確實一節，“朕因此事反複思之，竟致徹夜不能成寐”。向來綠營將弁冒功謊報，積習原所不免，但以天下之大，地方事務在在需人任使，遇有軍務，勢不能仗滿洲官兵，竟置綠營於不用。此次柴大紀、蔡攀龍二人“尚能奮勇出力”。柴大紀能“督率兵民，力為捍衛”，保危城達半年之久，雖其奏報斬獲首級奪取器械等事有所虛報，但其“困守圍城，不辭勞瘁，亦當略其短而取其長”。“柴大紀設果如福康安所雲詭譎取巧，則當縣城被圍緊急之時，朕曾降旨，諭令柴大紀如力不能支，不妨帶兵出城，另圖進取，柴大紀何難委城而出，以為脫身之計，即縣為賊所據，百姓為賊所得，亦得借口遵旨而行，朕亦難治以棄城不守之罪。乃柴大紀於奉到前旨後，堅持定見，竭力固守，不忍將城內數萬生靈委之於賊，是柴大紀尚知以國事為重，朕閱其奏折，為之墜淚，豈福康安目擊情形，尚不心存憫惻，轉事苛求，不能以朕之心為心乎？”柴大紀前奏會黨用大板木車中藏槍炮進攻，現福康安奏稱奪敵大車二輛，敵之“大炮鳥槍遍地遺棄”，可見柴之所言，確有其實。即言台灣之亂，是由於地方文武官員貪索擾累所致，然百姓有冤，可以據實上控，焉能叛逆。“況官吏騷擾地方，剝削百姓，自係文職為多，至武職所轄，不過營伍兵丁，並不經管地方事務，縱使從中婪索，較之地方文職所得，不過十之一二，豈得以此歸咎柴大紀、蔡攀龍二人！”“看來柴大紀、蔡攀龍未免因俱係提督大員，且累經恩旨褒嘉，或稍涉自滿，在福康安前禮節或有不謹，致為福康安所憎，遂爾直揭其短乎？”“朕於柴大紀、蔡攀龍二人，並非先有成見，不過念其守城打仗，勤苦出力，曲加軫念。福康安非他人可比，尤需仰體朕心，略短取長，方得公忠體國之道。況柴大紀已加恩封以伯爵，蔡攀龍業經超升提督，福康安所奏各情形，並無確據，豈可轉沒其功，遽加以無名之罪耶？”
乾隆帝此諭，講得有根有據，理由充足，闡述清晰，對柴大紀之忠和功予以極高的評價，而且對柴是一片深情厚意，還批評了福康安，言其不應因柴禮貌不周而心懷不滿，呈上這樣頗不公正的彈劾奏折。
照說，皇上下了這樣明確表彰柴大紀功勳的聖諭，此事就應如此了結了，不會再發生類似情形，其他大臣不會再次劾柴，柴大紀可以高枕無憂了。可是，形勢的發展卻是另外一種結局，不知道是什麼原因，乾隆帝的態度有了重大的變化。乾隆五十二年十二月二十五日，乾隆帝諭軍機大臣：德成(工部侍郎)自浙江辦完差務返京，遂向其問及柴大紀平日為官聲名如何。德成奏：風聞柴大紀自任台灣總兵以後，“縱恣自大，且居官貪黷，較之地方文職尤甚，並將台灣所轄守兵，私令渡回內地，貿易牟利，駐守之兵，所存無幾”，林爽文起事初，會黨人數不多，因存營之兵士太少，不能及時搜捕，故越益發展。福康安未指出柴如何侵貪激變之處，著傳旨嚴行申飭，令據實上奏。閩浙總督李侍堯對柴大紀“有心瞻顧徇隱，實屬辜恩負良”，著即將柴之劣跡“嚴查密訪，據實參奏”。
過了兩天，十二月二十七日，他又降諭給軍機大臣，完全相信並重複了德成所劾柴之三大罪狀，並強調指出：“賊匪日漸猖獗，蔓延滋擾，竟由柴大紀釀成，則雖有守城之功，而其激變之罪，斷難輕貸，將伊按例正法，亦所應得”，著福康安、李侍堯查明其罪後，拿問治罪。②五十三年正月二十三日，他正式下諭，列舉柴大紀貪婪納賄、賣放兵丁、畏敵不出等罪，將柴革職拿問。七月二十日，又因其“翻供抵賴”，經帝親訊時，仍呈訴冤屈，激怒了皇上，原本議定監候免斬，乾隆帝改為“即行處斬，以為辜恩昧良、狡詐退縮者戒”。
與此同時，曾經擁兵四萬餘名、株守郡城半年多，幾乎使全台盡失的原閩浙總督、大帥常青，卻因權相和庇護，巧言欺騙皇上，乾隆帝便下諭，將這位真正懼敵畏戰、嚴重貽誤軍機的庸帥，譽之為“伊已年老，尚能臨陣殺賊，將郡城保護無虞”，“調度尚屬有方”，將其調任福州將軍，辦理台灣善後事宜。後雖因常青對“柴大紀貪黷不法一案，徇隱不奏”，帝曾降旨其革職，令其來京交部治罪，但隨即以其任總督之職不久即有征剿無暇查訪柴之劣跡，且“帶兵駐守郡城，保護無虞”，“功過尚可相抵”，而免交刑部治罪，授為禮部尚書、都統，卒後還 賜諡恭簡。為朝廷死守危城立下大功的參讚、水師提督、一等嘉義伯柴大紀，被橫加欺君狡詐大罪斬首示眾，而庸帥常青卻安然無事榮任尚書，甚至連被帝多次斥為膽小怕死、要求增兵六萬、貽誤軍機的參讚、福州將軍宗室恒瑞，雖曾一度議斬，但隨即免死戍伊犁，並很快就複予副都統銜，充伊犁參讚大臣，曆任定邊左副將軍、綏遠將軍、西安將軍等大官要職。
兩相比較，乾隆帝確是犯了錯誤，顛倒了是非，混淆了忠奸，做了一件有損朝廷威嚴的蠢事。