在編製計劃困難重重，時間又十分緊迫的情況下，周恩來、陳雲等看到：要搞一個切實可行的方案，就必須推翻已有的冒進方案；要推翻已有的冒進方案，就必須做各部委負責人的思想工作，隻有打通思想，才能妥善地把指示降下來。
7月3日到5日，周恩來主持國務院常務會議，討論“二五”計劃的第二方案，磋商編製一個符合客觀實際的新方案問題。
周恩來指出：製訂新方案“是為貫徹既積極又穩妥可靠的方針”。他以充足的理由說明“第一方案冒進了”，第二方案確定到1962年糧食產量達到5500億斤是“不可靠的，有危險的”，甚至定為5300億斤“也值得考慮”。這是因為，農業合作化後，雖然農業生產的“積極因素增加了，但消極因素並未減少。”我們還“不能排除歉收，水、旱、蟲災總要起作用”，它們天天都在管著農業生產。因此，農業生產在“二五”計劃期間也會有豐年、平年和歉年，所以糧食生產每年很難以6%以上的速度增長，“搞這個假設不好”。他嚴肅地指出：農業生產指標“算高了，農業稅、輕工業利潤、基本建設投資和財政預算等一係列數字都受到影響。這是一個根，而這個根是我們最不容易掌握的。”農業指標一旦達不到，必然危及整個國民經濟計劃。在財政收支指標問題上，周恩來、陳雲、李先念、薄一波等一致認為：“二五”期間，財政收入和支出每年以16%的速度增長，要實現5年累計2600億元的指標，“實際上達不到”，結果還會使重點建設項目的資金“也保證不了”。因此，這個“框框可以推翻”“應該壓下來”。在工業生產指標問題上，周恩來、陳雲、薄一波等指出：設想到1962年鋼鐵產量達到2700萬噸至3000萬噸，“這是高的想法”。“我國工業化的關鍵不在於鋼能否達到這個數字，而在於我國的水平。（現在）英國、德國都沒達到2000萬噸鋼，但（他們）國內什麼機器都能生產，就是工業國。”對於我們來說，“更重要的，也是各種機器都能製造，技術高，有發展的餘地。”因此，設想鋼鐵生產少一些，煤炭生產指標、基本建設投資等相應地“都可以少些了”。經過認真討論後，與會者一致認為“二五”計劃的第二方案仍不穩妥，同意繼續“精打細算”，按5年財政總收支2350億元至2400億來安排，相應減少主要工農業產品產量、基本投資，“在穩妥可靠的基礎上”“搞一個比較可行的方案，作為向八大的建議”。
可以說，這是一次把高指標的幅度往下降的帶轉折性意義的會議，從思想上反對和清理了離開中國經濟建設實際、離開綜合平衡的急躁冒進傾向。這樣，向八大提出一個接近實際的“二五”計劃的建議已經成為可能。
這次會議結束後，周恩來傾全力主持編製“二五”計劃的建議。在整個7月裏，他同計委負責人薛暮橋、王光偉、陳先等（李富春、張璽這時在蘇聯）不斷磋商、反複計算各項指標的可行性，他指示計委應根據“一五”計劃已有的經驗，做好各項平衡工作，留有餘地，即要正確估計工農業生產增長速度和國民收入總額，在此基礎上安排積累與消費比例，妥善處理農、輕、重的比例關係，提出穩妥的投資總額，以此編製出可行的方案來。
8月3日至16日，周恩來、陳雲在北戴河主持召開國務院常務會議，對7月下旬提出的第三方案和該方案的調整意見中的部分指標又作了適當調整。回到北京後，周恩來同張璽、薛暮橋等最後審定了“二五”計劃的建議。