為了更快地糾正左傾錯誤，扭轉農村的形勢，中共中央又委托周恩來主持起草了《中共中央關於農村人民公社當前政策問題的緊急指示信》。11月3日，毛澤東對《緊急指示信》草案親自作了認真修改，其中重要的有如下三處：（一）《緊急指示信》草案中說，三級所有，隊為基礎這一製度“從一九六一年算起至少五年不變”。毛澤東在這句話後麵加寫了“（在一九六七年我國第三個五年計劃最後完成的一年以前，堅決不變）”。草案中說：“五年以後是否需要改為基本社有製，還要看當時情況由中央統一規定……實現了基本社有製，甚至像現在的國營工廠一樣，變為全民所有製，它的性質還是社會主義的。”毛澤東在這段話後加寫了“即是說，各盡所能，按勞分配，而不是各盡所能，按需分配”。毛澤東還將草案中講三級所有、隊為基礎“至少五年不變”，改為“至少七年不變”。（二）《緊急指示信》草案中說：“以生產隊為基礎的公社三級所有製，在當前是有利於發展生產力的，必須在一定時期內穩定下來，絕不允許對它有任何侵犯，侵犯了的必須堅決糾正。”毛澤東將其中“在一定時期內”改為“在一個長時期內”。（三）《緊急指示信》草案中說：“在現階段人民公社的分配原則還是按勞分配。”毛澤東將這句話修改為“在現階段，在很長的時期內，至少在今後二十年內，人民公社的分配原則還是按勞分配”。毛澤東還寫了一段批示：“恩來同誌：作了一些修改，有幾點是重要的。請你召集富春、震林、魯言、正人、伯達談一下，最後酌定。”當天，《緊急指示信》即與《中共中央關於貫徹執行〈緊急指示信〉的指示》一同下發。
《緊急指示信》提出，全黨要以最大的努力來堅決糾正共產風，認為雖然黨中央和毛澤東曾再三再四地指出過這一問題，但實際上大部分地方和社隊糾正不徹底，1959年冬以後又重新刮了起來，還有一部分地方和社隊一直沒有認真糾正，嚴重地破壞了農業生產力。《緊急指示信》規定和重申了三級所有、隊為基礎，徹底清理一平二調，堅持按勞分配，允許社員經營少量自留地等十二條政策，對扭轉當時的農村形勢起到了積極的作用，也表明黨中央和毛澤東的認識向符合客觀實際的方向跨出了一大步。
《緊急指示信》發出後，黨中央和毛澤東抓緊貫徹執行工作。11月15日，毛澤東在代中央起草的關於徹底糾正“五風”問題給各省、市區黨委的指示中，要求各地“必須在幾個月內下決心徹底糾正十分錯誤的共產風、浮誇風、命令風、幹部特殊風和對生產瞎指揮風，而以糾正共產風為重點，帶動其餘四項歪風的糾正”，並強調“現在是下決心糾正錯誤的時候了。”11月28日，毛澤東又起草了《中共中央關於轉發〈甘肅省委關於貫徹中央緊急指示信的第四次報告〉的重要批示》。批示中說：毛澤東同誌對這個報告看了兩遍，他說還想看一遍，以便從其中吸取教訓和經驗。他自己說，他是同一切願意改正錯誤的同誌同命運、共呼吸的。他說，他自己也曾犯了錯誤，一定要改正。錯誤之一，在北戴河決議中對公社所有製轉變過程的時間設想得過快了。現在更正了，改為從現在起至少七年時間公社現行所有製不變。1967年以後是否能變，要看那時情況才能決定，也許再加七年，成為十四年後才能改變。總之，無論何時，隊的產業永遠歸隊所有和使用，永遠不許“一平二調”。毛澤東在這個批示中又一次作了自我批評，剖析自己的失誤，對進一步糾左起了良好的作用。
毛澤東：有多少講多少，不要一個框框
到1960年底，三年“大躍進”造成的國民經濟嚴重困難和農村中出現的嚴重問題已大量暴露，黨中央和毛澤東在糾正“五風”的實踐中，感到要使廣大幹部認識錯誤、糾正錯誤，還需要掌握正確的思想方法和工作方法。在1960年底至1961年初召開的中央工作會議和八屆九中全會上，毛澤東提出要大興調查研究之風，使1961年成為實事求是年。八屆九中全會還正式通過了對國民經濟“調整、鞏固、充實、提高”的八字方針。
毛澤東在上述兩個會議上的講話中，談到糾正共產風、急於過渡等錯誤，總是聯係著思想方法、工作方法的問題。12月27日，毛澤東在聽取各中央局同誌彙報時說：廬山會議後，有些事沒有想到是刮共產風，去年幾個大辦，如大辦水利、大辦交通、大辦養豬、大搞商品生產基地，這些都是中央提出的，誰也沒有想到它要一平二調，如果想到了，就不會刮了。今後若幹年內，要小辦社有經濟，大辦隊有經濟。有大必有小，不能同時搞兩個大辦。12月30日，毛澤東在中央工作彙報會上談到退賠問題時說：在兩三個月內把兌現問題解決了，農民積極性就來了。為了退賠，把縣、社家業統統賠進了，破產也要賠。當彙報到有些省委已就廬山會議以來的失誤做了檢討時，毛澤東說：刮共產風中央是有責任的，各省委把中央的責任擔起來了。彙報到整風整社開始後，有人提出要講大辦等成績，也從“一個九個指頭”出發時，毛澤東說：先講“一個九個指頭”好不好？現在是八、二，也不是一個指頭，要實事求是，有多少就講多少，不要一個框框。當談到總結經驗時，毛澤東說：總結經驗，前後不要搞矛盾才行，過去一個時期反共產風是對的，是馬克思主義。一方麵又提搞大辦這樣那樣……又助長了共產風，不是矛盾嗎？1961年1月13日，毛澤東在中央工作會議最後一天講話中說：搞社會主義建設不能那麼急，十分急搞不成，要波浪式前進。明後年搞幾年慢騰騰，搞紮實一些，然後再上去，指標不要那麼高，把質量搞上去。不要務虛名而受實禍。1月18日，毛澤東在八屆九中全會上又說：我們講情況要明，決心要大，辦法要對。情況不明，決心就沒有法子大。刮共產風的情況就不明，中間又夾了一個廬山會議反右（那個時候非反右不可），在全國一宣傳，就把共產風沒有反徹底的問題掩蓋了，又刮起來了。你反右嘛，還加了一些別的，如急於過渡。所謂急於過渡，不要急於過渡到共產主義，也不是急於過渡到全民所有製，而是急於過渡到社有製。
黨的八屆九中全會後，毛澤東等中央領導人身體力行，親自帶領工作組赴基層進行調查研究活動。毛澤東帶領三個調查組到浙江、湖南、廣東農村調查。通過調查，毛澤東發現《緊急指示信》隻解決了自上而下“調”的問題（即無償調撥生產隊的財產），還沒有解決各生產隊之間和社員之間的平均主義問題以及體製問題、社隊規模問題，等等。為此，從1961年2月下旬，毛澤東領導的各調查組彙集於廣州，同部分地方負責同誌一起，在毛澤東親自指導下著手起草農村人民公社工作條例。