北戴河會議後，9月19日，中央成立基本建設委員會，接收計委原有關基建的工作，由陳雲負責。10月12日，陳雲擔任了國務院基本建設委員會主任，負責領導全國的基本建設工作。他一上任，就組織召開了幾大協作區的基本建設工作會議。
當時基建戰線熱度也很高，計劃1959年一年的基建投資就有500多億元，而“一五”時期整個投資規模才400多億元。基建投資規律陡然加大，必然會造成物資全麵緊張。基建戰線盲幹浮誇風也開始蔓延。陳雲多年搞經濟工作，對此是有清醒的認識的。但迫於“大躍進”環境，又不便明言，隻能委婉地告誡大家注意配套，注意質量。
9月28日，陳雲在華北協作區基本建設會議上作總結發言。在發言的開始，為了和中央精神保持一致，適應“大躍進”形勢，陳雲被迫說，建設規模和物資供應之間缺口的問題，可以靠挖掘材料潛力和安排後備項目來解決，這種辦法雖然使材料供應緊張，但有利於國家大踏步前進。好比幾百萬大軍過長江，大家都叫也許不夠，但一邊叫一邊過，最後主力終於還是過了長江。亂七八糟，總是要過河的。用四平八穩的辦法建設，反而不正常。
陳雲此時雖然不便抑製全麵“大躍進”的指導思想，但在具體做法上，仍然強調要綜合配套發展。
當時基本建設也搞群眾運動，推廣快速施工法，人海戰術，搞代用材料，隻看速度，不管規章。結果速度上去了，工程質量下來了，工傷事故急劇增加。陳雲很快注意到了這一個問題。他於1958年底在杭州專門召開全國工程質量問題的現場會議，采取補救措施。
12月16日，陳雲抵杭州，視察了杭州半山鋼鐵廠。當時這個鋼鐵廠由於不注意施工質量，盲目采用由我國第一機械工業部第二設計院設計的一種還沒有完善的拱形屋架，結果發生了房屋倒塌和人員傷亡的嚴重事故。從12月22日至26日，他主持召開全國基本建設工程質量杭州現場會議。
12月23日，陳雲在會議上講話。
陳雲在講話中，針對在“大躍進”中普遍存在的頭腦發熱現象，意味深長地叮囑大家要保持清醒的頭腦，認識我們自己“本領不大”，應該小心謹慎地前進，從錯誤中取得經驗，練出本領。他說，這不是打擊群眾的積極性，而是現實問題。
12月26日，陳雲作了會議的總結發言。在發言中他大膽提出，就建築工程來說，當前全國的主要傾向已經不是保守和浪費，而是降低建築結構的質量。
12月27日至31日，陳雲又在上海，出席了工程質量補救辦法的現場會。
12月31日，陳雲回到北京後致信鄧小平，送上杭州現場會的材料，並指出：目前的基本建設中，總的趨向是不適當地片麵強調節約，隻圖數量，不顧質量。
陳雲當促退派，毛澤東建議開會反思
北戴河會議後，“大躍進”氣氛很濃，毛澤東很高興。但是不久後，各地情況反映到他那裏，他也看到了一些問題。一些極端的做法，毛澤東也非常反感。以鋼為綱造成國民經濟全麵緊張，各種矛盾也日益暴露。毛澤東開始考慮要壓縮空氣。他到各地視察，頻繁地與有關部門和領導談話，陳雲也多次參加，並抓住機會就高指標等問題向毛澤東進言。
1958年10月底，毛澤東外出視察回京後，同周恩來、陳雲等人交談。11月2日至10日，中共中央在鄭州召開了有部分領導人和若幹省委書記參加的會議，廣泛地討論了公社化運動中出現的問題。這次會議開始了糾“左”。
11月21日，有各省、市、自治區黨委第一書記、中央有關部長參加的政治局武昌擴大會議開幕。這次會議主要討論了工業建設的問題。
11月28日至12月10日，在武昌舉行的中共八屆六中全會上，由劉少奇主持召開了幾次研討會，對1959年計劃主要指標進行了調整，鋼產量由2700至3000萬噸降為1800至2000萬噸，原煤由3.7億噸提高到3.8億噸，糧食和棉花產量指標卻定為1.05萬億斤和1億擔，基本建設投資總額由500億元降為360億元。