上海會議當天周小舟打電話給陳雲，請轉達兩件事給毛澤東：一件是湖南省委開了一個緊急會議，決定盡可能少減或不減播種麵積，因為如果單位麵積產量不能如預計增產那麼高的話，完成總產量就有危險。二是稻子密植不能太密，省委決定減少密度。
陳雲完全讚同周小舟的意見，他立即與譚震林商定，就保持糧食種植麵積和合理密植問題發一個通知，由譚震林同農業部辦。當天，陳雲就給毛澤東寫了一封信，把這個情況報告了他。
4月29日，毛澤東以個人名義給農村六級幹部寫了一封黨內通信，號召要合理密植，對生產情況要說真話。但是，由於沒有根本上改變“大躍進”的指導思想，一些強迫做法也沒有改變，毛澤東這個指示發出以後，在一些地方並沒有傳達到基層，也沒有起到很大作用。
根據毛澤東在會上提出的計劃要留有餘地，多謀善斷的指示精神，上海會議期間，國家計委反複研究，才提出一個把鋼鐵指標降到1650萬噸的方案，會議通過了。
上海會議，把鋼產計劃核減為1650萬噸，當時國家計委自己估計核減後的數字也難於完成。上海會議後，國家計委副主任賈拓夫組織人員，與國家統計局一道，核實1958年的鋼、煤、糧、棉四大指標的實際完成情況。結果發現，鋼的產量，好鋼隻有800萬噸，鋼產量中包括一部分不合質量標準的鋼。鐵的產量為1369萬噸，其中還包括一部分小高爐煉出的土鐵。煤產量為3.7億噸，也包括一部分小煤窯的產量。糧食產量為4000億斤，因當年烽季後動員全民大辦鋼鐵，豐產沒有豐收，實際收成並沒有達到4000億斤，棉花產量3938萬擔，也是豐產不豐收。
根據這個數字，1959年要完成1800萬噸鋼，就要比1958年翻一番的速度還要高，這顯然不可能。
鑒於1958年北戴河會議以後幾個月的教訓，毛澤東也對1959年的指標感到不放心。聽到有關方麵的反映後，他一方麵要求周恩來組織督促實施上海會議確定的鋼鐵指標，另一方麵考慮要進一步落實1959年的鋼鐵產量指標。
1959年4月，工業中的一些情況更為嚴重。上海會議擬定的第二季度分配鋼材250萬噸的方案，由於生產上不去，已經不能實現。隻有205萬噸可供分配，缺口近50萬噸。而且，原定第二季度的工業生產計劃和基本建設計劃，也將因此延緩一個月甚至更多時間才能完成。另一方麵，由於計劃三天兩頭變來變去，企業單位無所適從，生產秩序很不安定，有人反映，這一時期的生產情況是“長江後浪壓前浪，做做停停做做停”。為了安排生產，各部門、工廠和基本建設單位都要求趕快把當年本單位確實可分配到的鋼材數量定下來。
在這種情況下，中央意識到，如果不作及時的進一步調整，整個經濟形勢會更加混亂，因此決定由陳雲負責，摸清楚實際情況，尋找擺脫幾個月一直被動的局麵的措施。
當時的問題，實質上是鋼鐵等生產指標過高和基本建設規模過大造成的，要扭轉被動，不能不觸及鋼鐵的高指標問題。這是一件十分棘手的工作，因為鋼鐵生產在那時已成為重要的政治任務，落實指標盡管是中央提出的任務，但在計劃指標已經很高的情況下，要實事求是地較大幅度地壓下來，不是沒有風險的。搞不好，就有淪為“促退派”“秋後算賬派”的危險。
陳雲接受任務後，絲毫也沒有因此而退縮。從5月3日到9日，他連續主持中央財經小組會議，聽取冶金部的彙報，研究鋼鐵指標問題，其中一次是彙報鋼鐵方麵總的情況，另外五次是分別按礦石、焦炭、耐火材料、鋼鐵治金、鋼材品種五個專題的彙報。然後集中討論了一次。
陳雲在財經小組會議上一開始就明確地講：“因為我是共產黨員，我不能耍滑頭。要不然我也可以不再理這個指標調整問題。請大家來談談1959年計劃究竟怎麼處理好。”
有一個晚上，他找了廖季立和計委的重工業局和物資分局的主管人到他家裏進行座談，對他們說：你們每個同誌都可以隨便談，有什麼問題、有什麼意見都可以提出，說話別受拘束。