陳雲同誌對於經濟的發展，總是從實際的可能出發，主張集中兵力，穩紮穩打。1959年他對糧、棉、鋼、煤四大高指標不讚成，有保留意見，多次提出這些指標是難以實現的，不要在報紙上公布。後來毛主席委托他調整鋼鐵指標，他經過調查研究，並經過毛主席、黨中央同意，把鋼鐵的計劃指標降了下來。
國民經濟要綜合平衡和按比例發展，這是陳雲在“一五”時期提出的重要思想。這一思想，來源於他對中國工業化建設的規模和速度問題的長期探索和深入思考。陳雲認為，規模搞多大，速度搞多快，並不取決於良好願望，而取決於國民經濟各個方麵是否做到了綜合平穩，各個部門之間是否合乎比例。就是說，國民經濟在總量上和結構上是否是平衡的。“一五”時期，工業化建設的規模和速度問題之所以解決得比較好，與這個指導思想有著直接的關係。
陳雲認為財政平衡、物資平衡、信貸平衡和外彙平衡是一國總體的平衡，總供給與總需求的平衡，隻有搞好綜合平衡才能保證國民經濟的正常運行。他強調在綜合平衡的基礎上要突出重點。他常說，沒有重點，就沒有政策。突出重點，才能集中力量打殲滅戰，建設上可以縮短工期，經濟上見效快、效益高。在此前提下，他還強調要處理好重點與一般的關係。他說搞好綜合平衡“既要保證重點，又要照顧一般”。否則，“不僅國民經濟各部門不能互相協調地向前發展，而且重點本身的發展也難以得到保證”。
陳雲在編製“一五”計劃時就反複強調，必須遵守按比例平衡發展的法則。就是說，製定工業發展速度，不能隻考慮工業本身的情況，還要考慮工業與農業、工業與交通運輸、工業與科技教育，以及工業內部的重工業與輕工業，重工業內部的冶金、煤炭、電力、化工等等部門之間的比例關係。
由於1956年的冒進，導致了平衡的破裂。經過1957年的調整，被打破的平衡雖然得到了恢複，但1958年又發生了反“反冒進”，出現了要求更高速度和更高指標的“大躍進”，導致國民經濟更嚴重的比例失調，使“二五”時期的社會總產值變成了負增長。正是鑒於這些教訓，陳雲深刻指出：“按比例發展是最快的速度。”
人民生活和經濟建設的關係，當前生產和基本建設的關係，都是國民經濟按比例發展的重大問題，按比例是經濟規律，按比例才能做到綜合平衡，這是陳雲長時期以來對計劃工作的指導思想。為了使國民經濟能夠按比例和平衡發展，陳雲同誌對於關係國民經濟全局的重大比例和綜合平衡問題進行了長期的調查研究。他對於積累和消費的比例關係，農業、輕工業、重工業的比例關係，兩大部類的比例關係，以及農業為基礎、工業為主導的問題，都提出了切合實際的重要意見。陳雲特別強調三大平衡：財政收支平衡、銀行信貸平衡、物資供需平衡，後來又加上外彙收支平衡，這四大平衡以及它們之間的相互銜接，確實是國民經濟綜合平衡的核心問題。
關於按什麼原則來平衡的問題，陳雲同誌明確反對按長線平衡的觀點。他主張按短線平衡。所謂按短線平衡就是當年能夠生產的東西，加上動用必要的庫存，再加上切實可靠的進口，使供求相適應。在這個基礎上來搞平衡，才是可靠的平衡。
在綜合平衡和按比例發展的思想指導下，“一五”時期的建設規模大，但比較適度；發展速度快，但比較穩妥；整個計劃不僅提前一年完成，而且效益好。
中央與地方的關係，是一個老而又老、又十分敏感的問題。建國初期，陳雲的統一財政經濟政策和調整工商業對此有大的觸及。1955年，毛澤東外出巡視工作期間，所到各省的負責人紛紛向他反映中央對經濟統得過死，嚴重束縛了地方和企業的手腳，要求中央向下放權。廣東省委書記陶鑄反映：過去總說廣東是前線，不能辦工廠，群眾的就業問題由中央管，而國家預算裏又不給錢，包袱還得省裏背，不是長久之計。天津反映：20萬元的基建投資，建什麼都還要中央批；許多部委強調垂直領導，甚至管到企業的處室，使企業很難辦。