毛澤東對此極為重視，回京後多次強調經濟管理體製要改革，要多發揮地方的積極性，後來在周恩來的直接指示下，形成了《國務院關於改革國家行政體製的決議》，內容有：劃分中央與地方行政管理職權的原則；計劃管理；財政管理；工業管理等。
1957年初，中央成立經濟工作五人小組，陳雲任組長，專事落實這一決議。後來小組提出意見書，主要有：（1）實行“大計劃，小自由”；（2）分級管理，層層負責；（3）簡化計劃程序和不必要的表格；等等。
1961年10月，陳雲受周恩來委托調查工業狀況時，在北京香山飯店，主持召開過一次煤炭座談會，參加會議的有薄一波、薛暮橋，以及各大煤礦的黨委書記等。當座談會議論到經濟管理體製問題時，陳雲滔滔不絕地說：根本問題是條條塊塊，尺寸沒有搞正確。然後他回顧曆史，說開國12年幾個東西倒來倒去未倒出好辦法。1957年以前一包到底，開始有必要，以後放一點，經過毛主席批評，每次開會都提出放不放？地方、企業都要分一點成。1956年講了十大關係。1957年，一個開了企業分成的會議，講企業分成；一個是地方財政分成。1958年八大二次會議後，6月30日企業大量下放。以後每一次會又議“全國一盤棋”，各搞各的不能集中，需要集中而沒有集中，講了三年之久，廬山會議決定集中一點。究竟集權和分權到什麼程度，並未解決。從工業建設來說，沒有集中統一不行，一個省一個大區都不能解決問題。同時，毛主席講，中國大，有的省比歐洲一個國家還大。隻開各部的會，不開省委書記會，會說都是上麵下來的。省委書記代表當地的統一領導。當地不出一把力，平頂山、包頭是搞不起來的。同心協力是應該的，但應給的權力、物資沒有給。地方提出項目，並不隻是為地方辦工業，也是為大企業服務的。那時地方毫無機動餘地，搞到財政分成很高興。是否可以河水不犯井水，該給你的就是你的；該為大企業服務的就要為大企業服務。市委的我不動，我的就是我的。給你的真給。錢，要緊的幾樣都給，給了不打主意。中央的東西，地方也不要打主意。物資要相當統一，否則不能進行建設。
陳雲的這番話，已具“鳥籠經濟”的意味。
1956年9月，陳雲同誌在黨的第八次代表大會上的發言，就係統地分析了社會主義改造基本完成後的新問題，提出了一係列帶有原則意義的方針、政策。他主張要及時糾正在改造過程中隻注意集中生產、集中經營，而忽視分散生產、分散經營的錯誤做法，主張對一部分商品采取選購和自銷，讓許多小工廠單獨生產，把許多手工業合作社劃小、分級或按戶分散經營，把許多副業生產歸社員個人經營，放寬小土產的市場管理，等等。他的這些主張是要求在正確的方針、政策的指引下，把經濟搞活，市場搞活。
陳雲同誌在黨的八大發言中有一段很著名的話，他說：“我們的社會主義經濟的情況將是這樣：在工商業經營方麵，國家經營和集體經營是工商業的主體，但是附有一定數量的個體經營。這種個體經營是國家經營和集體經營的補充。至於生產計劃方麵，全國工農業產品的主要部分是按照計劃生產的，但是同時有一部分產品是按照市場變化而在國家計劃許可範圍內自由生產的。計劃生產是工農業生產的主體，按照市場變化而在國家計劃許可範圍內的自由生產是計劃生產的補充。因此，我國的市場，絕不會是資本主義的自由市場，而是社會主義的統一市場。在社會主義的統一市場裏，國家市場是它的主體，但是附有一定範圍內國家領導的自由市場。”陳雲的這一段極為精辟的概括具有深遠的曆史意義。這裏，他實際上回答了社會主義改造基本勝利後，要建設一個什麼樣的社會主義經濟問題。他設想了多種經濟成分並存，計劃經濟與市場調節相結合的經濟模式，突破了傳統社會主義政治經濟學理論的局限性，成為以後經濟體製改革的理論和政策的先導。
1982年，大年初一的上午，陳雲在他中南海的辦公室裏，約請國家計委的負責人座談經濟工作問題。