《當前經濟工作的幾個問題》是1988年10月同中央負責同誌談話的要點。談話強調，中央的政治權威，要有中央的經濟權威作基礎。沒有中央的經濟權威，中央的政治權威是不鞏固的。因此，在經濟活動權力中，中央應該集中必須集中的權力。談話還指出，我們需要改革，但在改革中，不能丟掉有計劃按比例發展經濟這一條，否則整個國民經濟就會亂套。
在1989年反對動亂的關鍵時刻，陳雲主持召開中顧委常委會會議，要求老同誌堅決擁護以鄧小平為核心的中國共產黨，堅決擁護黨中央製止動亂的正確決定。他說：
第一，現在是關鍵時刻，不能後退。如果後退，兩千萬革命先烈用人頭換來的社會主義的中華人民共和國，就會變成資本主義的共和國。
第二，我們作為老同誌，現在就是要堅決擁護以鄧小平同誌為核心的中國共產黨，堅決擁護李鵬同誌代表中共中央政治局常委會在首都黨政軍幹部大會上的講話。同時，要主動地多做幹部和群眾的工作。
1990年5月，陳雲還專門寫給中顧委常委各同誌一封信，談“秋後算賬”問題，他說：
在黨員登記工作中，暫緩登記可以有，但是要把政治問題同經濟問題、作風問題分開。在政治問題上，處理要格外慎重。隻要檢討了（無論是口頭的還是書麵的，都表示本人現在對錯誤的認識程度），這就是記錄在案了，不要扭住不放。扭住不放，不是我們黨的好作風。在這方麵，我們黨是有很深刻的曆史教訓的。
1989年的這場風波，是建國以來沒有發生過的非常複雜的事件，也是我們黨內在特定曆史條件下的一場特殊的政治鬥爭。當時中央常委有兩種不同的聲音，加上中央有些報紙進行了錯誤地宣傳，使得中央和地方的不少領導同誌都不了解真實情況。所以我主張，對於這場政治鬥爭，應該采取正確的黨內鬥爭方針來處理。就是說，應該從全局的觀點，即從黨的最高利益、長遠利益為出發點來處理。對犯有錯誤的同誌的審查，應該是實事求是的。當然，對於那些觸犯法律的，應當依法懲辦。
中國是11億人口的社會主義大國，動亂不得。
陳雲的明確態度，在以鄧小平同誌為核心的第二代中央領導集體向以江澤民同誌為核心的第三代中央領導集體順利過渡、保持黨和國家穩定的重大曆史進程中，起到了十分重要的作用。
這之後，陳雲更加關注國際國內局勢，在重大政治決策中，與鄧小平、李先念一起，明確表示自己的態度。
1989年5月31日，鄧小平在同兩位中央負責人的談話中，一開始就說：“改革開放政策不變，幾十年不變，一直要講到底。國際國內都很關心這個問題。要貫徹執行十一屆三中全會以來的路線、方針、政策，連語言都不變。十三大政治報告是經過黨的代表大會通過的，一字都不能動。這個我征求了李先念、陳雲同誌的意見，他們讚成。”
《帝國主義本性沒有改變》是陳雲1989年9月同中央負責同誌談話的一部分。談話指出，列寧論帝國主義的五大特點，和侵略別國、互相爭霸的本質，看來並沒有過時。從曆史事實看，帝國主義的侵略、滲透，過去主要是“武”的，後來“文”“武”並用，現在“文”的（包括政治的、經濟的、文化的）突出起來，特別是對社會主義國家搞所謂的“和平演變”。
他在杭州、上海休養期間，多次對許多負責同誌強調要“不惟上，不惟書，隻惟實，交換、比較、反複”，並贈以條幅。
《要高度重視利用宗教進行滲透問題》是1990年4月寫給江澤民同誌的一封信。信中提出，利用宗教，同我們爭奪群眾，尤其是青年，是國內外階級敵人的一個慣用伎倆，也是某些共產黨領導的國家丟失政權的一個慘痛教訓。現在中央應該切切實實地抓一抓這件大事，務必使它不能成為新的不安定的因素。