從6月下旬開始的工作組“反幹擾”運動，逐漸進入高潮。據不完全統計，在20餘天的時間裏，北京24所高等院校有上萬名學生被打成“右派”，有數千名教師被打成“反革命”。這一比例或許並不亞於反右運動。中央文革小組作為毛澤東在京的耳目，把上述種種情況頻頻傳遞給他。1966年7月8日，毛澤東給江青的信中說：“我在20世紀60年代就當了共產黨的鍾馗了。事物總是走向反麵的，吹得越高，跌得越重，我是準備跌得粉身碎骨的。這有什麼要緊，物質不滅，不過粉碎罷了。全世界有一百多個黨，大多數的黨都不信馬列主義了。馬克思，列寧都被他們搞得粉碎，何況我們呢？”這段話或許能從一個側麵去了解毛澤東在分析各種情況之後所下的結論。為此，毛澤東於7月18日突然回到北京。劉少奇聞訊立即驅車前往毛澤東住處，打算彙報前一段的工作。隻見毛澤東住所門前停著幾輛小轎車，屋裏燈光明亮，顯然，毛澤東在接待客人。門衛卻告訴劉少奇，毛澤東剛剛回到北京，很疲勞，早已休息了。劉少奇吃了一記悶棍，怏怏返家。
第二天，毛澤東在會見劉少奇等人時，毫不客氣地指出，派工作組是錯誤的。毛澤東還十分嚴肅地說：回到北京後，感到很難過。冷冷清清。有些學校大門都關起來了。甚至有些學校鎮壓學生運動。誰去鎮壓學生運動？隻有北洋軍閥。凡是鎮壓學生運動的人都沒有好下場！運動犯了方向、路線錯誤。趕快扭轉，把一切框框打個稀巴爛。
對於毛澤東這些尖刻的批評，劉少奇未及防備，猶如當頭一棒，卻又摸不清頭腦。應該說，劉少奇一直是盡量揣摩毛澤東的意圖、按傳統的方式在北京主持工作的。土地改革不是使用的工作組形式嗎？“四清”運動不是使用的工作組形式嗎？這次，雖然毛澤東曾經說過，“不要急急忙忙派工作組”，工作組“可以不派嘛，亂就亂它一陣。”但是，如果毛澤東回京時，局勢真是一片混亂，似乎也不太好交待吧？
毛澤東既然說工作組犯了方向性錯誤，劉少奇便希望竭盡全力挽回局麵。他立即下令工作組刹住“反幹擾”，趕快轉入“鬥黑幫”。王光美所在的清華大學和張承先所在的北京大學首先執行了。然而，由於在此之前，陳伯達、康生、江青、曹軼歐等人紛紛親自出馬，到北京廣播學院、北京師範大學等單位煽動群眾的反工作組情緒，並通過這些單位將信息傳遞出來，因此，包括北京大學在內的許多高等院校中，反工作組的能量仍在聚集擴展。為此，劉少奇希望工作組能夠體麵地逐漸往後退一點，以穩住整個“文革”的局勢。
此時，毛澤東利用中央文革小組的成員在學生中繼續頻繁活動，以便在工作組問題上，製造群眾與劉少奇更嚴重的對立。
7月21日，陳伯達派人去清華大學探望被關押著的蒯大富，表示了對他反工作組行動的支持。
毛澤東還對劉少奇前一段在“文革”中所做的工作作了更明確的表態。毛澤東說，誰反對文化大革命？美帝、蘇修、日修、反動派。共產黨怕學生運動是反馬克思主義的。有人天天說走群眾路線，為人民服務，而實際上是走資產階級路線，為資產階級服務。
對待工作組問題，毛澤東則指出：改變派工作組的方法。工作組起了阻礙運動的作用。工作組阻礙革命，勢必變成反革命。
劉少奇沒能理解毛澤東講話的全部含義，還想在工作組問題上持保留意見。為此，他彙集了在京的中央負責人對工作組問題的看法，並作出結論：工作組有三種類型，一是實行三同，同左派一起鬥牛鬼蛇神；二是工作組當官做老爺，脫離群眾；三是更加脫離群眾。然而，這麼大的運動，來勢又很猛烈，依靠誰去抓？黨的領導總得通過一定的形式去實現，這個形式就是工作組，有了工作組就比較主動。大部分工作組還是好的，因此，對工作組不能采取消極撤換的方法。
毛澤東知道了劉少奇對待工作組的態度後，決定利用中央文革小組進一步與之針鋒相對。中央文革小組選擇了北京大學這個基地與劉少奇通過王光美所選擇的清華大學這個基地相抗衡。7月22日、23日，陳伯達、江青以“調查文化大革命運動情況”為名，兩次去北京大學進行活動，挑起北大師生對“六一八事件”的辯論，煽動群眾起來反對工作組。陳伯達一反既往的觀點，明確表示：“對於‘六一八’這個事件，說成反革命事件，是不對的，錯誤的。”江青則在因反對工作組而受到打擊的群眾中大聲疾呼：“我們都站在你們革命派這邊”。“誰不革命，誰就走開！革命的我們站在一塊兒！”之後，他們還以中央文革小組的名義寫信給中央，批評當時抓運動的人把放手發動群眾和黨的領導絕對對立起來是錯誤的，認為強調放手發動群眾就是不要黨的領導及認為反對工作組就是反革命的看法也是錯誤的。指出，“排除幹擾”的運動實際上是挑動群眾鬥群眾。24日，毛澤東當著中央文革小組負責人和中共中央政治局常委成員的麵說，“中央好多部，沒有做多少好事，文革小組卻做了不少好事，名聲很大。”表示了對中央文革小組成立以來所做工作的肯定，同時對工作組問題表態說，工作組“起壞作用，阻礙運動”，應當“統統驅逐之”。有了毛澤東的公開支持，中央文革小組更加活躍了。25日晚，陳伯達、康生、江青與中央文革小組其他成員一起，再次來到北京大學。在東操場，江青親自主持召開了萬人辯論大會，對工作組前一階段以“反幹擾”為名推行的鎮壓群眾的“資產階級反動路線”進行揭發批判。康生還在會上特別強調，“毛主席一個工作組也沒派。”再一次挑逗群眾反工作組的情緒。26日，毛澤東在接見“中央文革小組”全體成員時再一次指出，全國95%的工作組犯了方向路線錯誤，並下令撤銷工作組。當晚，陳伯達、康生、江青再次去北京大學，組織召開了第二次萬人辯論大會。他們站在反對工作組的立場上，把對北大工作組的態度問題，提到了階級鬥爭的高度。江青在會上做了長篇發言，現出了惟她最“革”的姿態。但是，當她激動過分，忘乎所以，無法自控，將她與毛澤東和前妻楊開慧的兒子毛岸青的妻子張韶華的矛盾，在這樣一種場合抖摟出來，並聲嘶力竭地高喊毛家不承認這個兒媳婦時，許多人心中似乎對這種“革命”掠過了一片陰雲，不過，很快又被革命的浪潮衝淡了。反工作組的情緒幾乎占據了所有的空間。最後，陳伯達說：“我們建議撤銷以張承先為首的工作組，這是個阻礙同學們進行文化大革命的工作組，是障礙物……要撤掉這個障礙物。”這時，群情激奮，難以形容。