李世民少年時的至交朋友、後來一起南征北戰打江山的妻兄長孫無忌，因為文德皇後生前一再請求皇帝不要讓我的兄弟掌握朝中大權，所以解除了右仆射之職，進封司空，當了幾年開府儀同三司的散官。後來宗室勳臣世封各州，長孫無忌被封為趙州剌史。然而長孫無忌還是不願為官，屢屢上表固讓。
他在一份辭官表奏中曰：
承恩以來，形影相吊，若履春冰，宗戚憂虞，如置湯火，
緬惟三代封建，蓋由力不能製，因而利之，禮樂節文，多非己
出。兩漢罷侯置守，蠲除曩弊，深協事宜，今因臣等，複有變
更，恐紊聖朝綱紀，且後世愚幼不肖之嗣，或抵冒邦憲，自取
誅夷，更因延世之賞，至成剿絕之禍，良可哀湣。願停渙汗之
旨，賜其性命之恩。
長孫無忌的兒子娶了長樂公主，他又讓兒媳婦長樂公主回京城探視父皇時，捎去他的話道：
“臣披荊棘事陛下，今海內寧一，奈何棄之外州，與遷徒何異？”
李世民隻好詔停世封剌史，將長孫無忌招回長安。這一對老朋友在弘文殿猛一相見，都唏噓不已。幾年不見，兩人都顯得老了許多，額上頻添了不少皺紋。李世民對妻兄道：
“割地以封功臣，古今通義，意欲公之後嗣，輔朕子孫，共傳永久；而你們反而發了那麼多牢騷，你以為朕願公等去那麼遠！”
“好啦，”長孫無忌笑嗬嗬地說，“隻要在長安，能經常見到你，我無忌什麼官不做都可以。”
“那好，暫時讓你閑散一陣。”李世民拍拍老兄弟的肩膀，又捧出一大迭有關高昌王的軍書密報道，“你回府好好給朕研究一下高昌王麹文泰的情況，高昌在南北絲綢之路的交彙點上，他要不肯臣服，就會阻斷通向波斯的絲綢之路，這是大事，關係全局。還是那句老話，先禮後兵，能文則文取，不得已而用兵。”
長孫無忌本想回長安安逸一時，會會當年秦府老友，文人雅士，沒想到皇帝又給他壓了這麼一副關係“全局”的重擔。兩人走出弘文殿，在禁苑中信步閑聊了久別之情，朝野閑話，長孫無忌抱著那一大摞子軍書密報回到府上，便埋頭研究起來。
高昌因其特殊的地理位置，多年來高昌王麹文泰有恃無恐，經常攔截西域各國各部落向大唐的朝貢。伊吾先臣西突厥，後來臣服大唐，每年來長安朝貢，麹文泰聯合西突厥擊之。大唐皇帝下書切責，召高昌大臣阿史那矩來京師議事，高昌王麹文泰不遣，卻遣長史麹雍來搪塞。突厥頡利可汗敗亡以後，在突厥的中國人，不少投奔高昌，皇帝詔高昌王麹文泰歸還中國人，麹文泰藏匿不遣。還與西突厥共擊焉耆，使焉耆遭受莫大損失。焉耆告到了朝廷。
李世民派遣虞部郎中李道裕前往高昌，向麹文泰討個說法。臨行時皇帝對使臣憤怒地說：
“高昌數年以來，朝貢脫略，無藩臣之禮。高昌王所置官號，皆準天朝，他們築城掘溝，預備攻討。唐使至彼，麹文泰傲慢地道：‘鷹飛於天，雉伏於蒿，貓遊於堂，鼠噍於穴，各得其所，豈不能自生呀！’麹文泰還遣使挑撥薛延陀說：‘既為可汗，則與天子匹敵，何為拜其使者？’事君無禮，離間鄰國，為惡不誅，善何以勸！告訴麹文泰，再不改惡從善，明年當發兵擊潰高昌。”
貞觀十三年三月，薛延陀可汗遣使到長安，覲見皇帝，帶來了薛延陀可汗的話道：
“奴受恩思報，請發所部為軍導以擊高昌。”
皇帝派遣民部尚書唐儉、右領軍大將軍執失思力，帶著繒帛賞賜薛延陀可汗，並與可汗共商進取高昌之謀。
進軍高昌的事尚未定下來，在京城長安，卻發生了一件少數民族失意頭目，發動未遂宮變的驚天大案。
突厥突利可汗之弟結社率，當年從突利入朝，位列中郎將。結社率居家無賴，常惹事生非，遭到突利的斥罵，乃誣告其兄突利謀反。刑部很快查清是誣告，於是李世民對結社率鄙薄生厭，久不進秩。結社率懷恨在心，陰謀網結原部落心腹，得四十餘人。妄圖當晉王李治四鼓出宮時，開門辟杖，馳入宮門，直指禦帳，謀害皇帝。
是年四月甲申日，結社率糾結突利之子賀邏鶻，寅夜埋伏在宮門之外。當夜大風陡起，晉王未出，結社率驚恐不已，害怕天曉暴露自己的罪行。一不做二不休，結社率幹脆率領心腹衝入晉王李治的行宮，入四層帷幕，弓矢亂發，殺傷毫無準備的衛士數十人。幸得孫武開等帥眾奮力抗擊，結社率等不敢戀戰，馳入禦廄，盜馬二十餘匹，衝出皇宮、京城，橫渡渭水，往北遁去，欲奔其部落故地。後為唐軍追獲，結社率一夥叛賊全部斬於馬下，惟賀邏鶻逃入嶺表……
結社率一夥叛賊發動宮變的當晚五鼓時分，李世民就驚醒了。他聽說就在晉王府發生了死傷衛士數十人的流血事件，禦廄禦馬被盜走二十多匹，頓時毛發悚然，披衣下床，一邊令禦林軍嚴密防守，務必追懲結社率一夥叛賊，一邊痛苦地想起了當年安置突厥十數萬餘眾的那場大辯論。那是在歡慶頡利可汗歸服的酒宴上，說到如何處置突厥降胡時，群臣意見大相徑庭。
“北狄自古為中國之患，”長孫無忌道，“今幸而破之，宜悉徙河南兗、豫之間，分其種落，散居州縣，教之耕織。如此，則可化胡虜為農民，永空塞北之地。”
中書侍郎顏師古說：
“突厥、鐵勒，皆上古所不能臣，陛下既得而臣之，請皆置之河北各地，分立酋長，領其部落，則可永保無患了。”
“突厥雖雲一國，”禮部侍郎李百藥則以為，“然其種族又大有區別，各有酋帥。今宜使其離散，分而化之，各設君長，互不臣屬；縱欲存立阿史那氏，也隻能讓其臣屬本族而已。國分則弱而易製，勢均力敵則難相吞滅，各自保全，必不能抗衡中國。仍請在定襄置都護府，為其節度，此安邊之長策也。”
“不妥不妥，”夏州都督竇靜極力反對說，“戎狄之性，有如禽獸，不可以刑法威，不可以仁義教，況他們有狐死必首丘之情，這是誰也改變不了的。將其置之中原，有損無益，恐一旦生變，犯我王輿。莫若因其破亡之餘，施以望外之恩，假之王侯之爵，妻以宗室之女，分其土地，柝其部落，使其權弱勢分，易為羈製，可使常為藩臣，隻有這樣才能永保邊塞安寧。”
溫彥博深思熟慮地道：
“徙於兗、豫之間，則乘違物性，非所以能存養也。比較好的辦法是，按漢武帝的故事，置降匈奴於塞下，全其部落，順其土俗，以實空虛之地，使為中國屏蔽，這是上上之策。”
“突厥世為盜寇，”魏征反對溫彥博的主張，引經據典地說道，“乃中原百姓之大敵。今幸而破亡，陛下以其降服，既不忍盡殺，就宜縱之使還故土，切不可留在中國。人人皆知戎狄人麵獸心，弱則清服，強則叛亂，固其常性。今降眾數達十萬，數年之後，蕃息生養，必數倍而成心腹之患，不可禦也。晉初諸胡與民雜居中國，郭欽、江統，皆勸武帝驅出塞外以絕亂階，武帝不從。後二十餘年，伊、洛之東，遂為氈裘之城，此前事之明鑒也。”
溫彥博辨解說：
“王者之於萬物，天覆地載，靡有所遺。今突厥窮途末路，來降大唐，奈何棄之不受呢？孔子曰：‘有教無類。’若救其死亡，授以生業，教之禮義，數年之後，悉為吾民。選其酋長，使入宿衛，畏威懷德，何後患之有！”
通過這一場辯論，李世民左右權衡，最後采用了中書令溫彥博的主張：詔命突厥降眾，安置於東自幽州，西至靈州；劃分原突利可汗所轄之地，置順、佑、化、長四州都督府；又分頡利原轄之地為六州，左置定襄都督府，右置雲中都督府，以馭其眾……
沒想到，他的一片好心，差點惹出了彌天大禍。這時早朝的更鼓響了，李世民也不盥洗，也不整袍，就這樣有幾分狼狽帶幾分自責地風風火火走上太極殿的龍廷。那裏，群臣聽到了昨夜發生在宮中的變故，正在嗡嗡營營地議論不已。
皇帝出現，突然鴉雀無聲。
李世民環視大殿下的群臣，語調低沉地道：
“昨晚發生在皇宮的事情，諸位愛卿大概都聽說了。這是朕當年安置突厥餘部不當，留下的禍根。有數十名衛士為此付出了鮮血和年輕的生命，這個教訓不能不說是太慘重了。”
說到這裏，他流出了眼淚，百官聽到這裏也垂下了頭。頓了好一陣皇帝才重新開口說：
“結社率一夥叛賊謀反，說明原突厥餘部安置河南多有不便。這主意是已故溫仆射彥博出的，責任不在他而在朕。中國，根幹也；四夷，枝葉也；割根幹以奉枝葉，其木安得滋榮？朕當年不用魏征之言，遂使留下後患，幾致狼狽。此教訓不可不長記，深記，永記。現詔右武侯大將軍、化州都督、懷化郡王李思摩為乙彌泥孰俟利苾可汗，賜以鼓纛；突厥及北胡在諸州安置者，令一並渡河，還其故地舊部，使其世代作藩屏，長保邊塞，欽此！”
皇帝口諭一出，群臣叩首，齊呼：
“皇帝聖明，皇帝萬歲！萬歲！萬萬歲……”
朝會過後，有司向留在京城的突厥首領宣旨，不少突厥首領害怕薛延陀可汗的勢力太熾，不肯出塞。李世民遣司農寇郭嗣本賜薛延陀可汗蓋有玉璽的詔書，詔書曰：
頡利既敗，其部落鹹來歸化，朕略其舊過，嘉其後善，待
其達官皆如吾百寮、部落皆如吾百姓。中國貴尚禮義，不滅人
國，前破突厥，止為頡利一人為百姓害，實不貪其土地，利其
人畜，但欲更立可汗，故置所降部落於河南，任其畜牧。今戶
口蕃滋，吾心甚喜。既許立之，不可失信。秋中將遣突厥渡河
，複其故國。爾薛延陀受冊在前，突厥受冊在後，後者為小，
前者為大。爾在磧北，突厥在磧南，各守土疆，鎮撫部落。其
逾分故相抄掠，朕則發兵，各問其罪。
薛延陀奉旨，不說二話。於是遣思摩帥所部建牙帳於河之北，李世民親禦齊政殿為其餞行。思摩涕泣不止，為皇帝奉觴上壽說：
“奴等破亡之餘，分為灰壤，陛下存其骸骨，複立為可汗，願萬世子孫恒事陛下。”
複遣禮部尚書趙郡王李孝恭等，攜冊書，到達渡河後部落所在地舉行儀式，築壇於河上已立之。又以左屯衛將軍阿史那忠為左賢王，左武衛將軍阿史那泥熟為右賢王。阿史那忠，蘇尼失之子也，皇帝待他甚厚，並將宗室女嫁給他為妻。出塞以後，常懷慕中國，每次見到大唐來的使者，必泣涕請其入侍，詔許之。
貞觀十三年冬十一月，李世民還是希望高昌王麹文泰能夠悔過自新，複下璽書，示以禍福，並召他來長安麵君。高昌王麹文泰竟稱疾不來。十二月，遣交河行軍大總管、吏部尚書侯群集、副總管兼左屯衛大將軍薛萬鈞，率五萬兵馬攻打高昌。
貞觀十四年初夏，經過數千裏行軍穿越荒無人煙的沙漠，石礫戈壁灘的唐軍，出奇不意地完成了對高昌的包圍。還蒙在鼓裏的高昌王麹文泰，聞聽唐軍要來攻打高昌，對左右吹牛道：
“唐去我七千裏，沙磧居其二千裏，地無水草，寒風如刀，熱風如燒，怎麼能遣致大軍呢？以往吾入朝，見秦、隴之北，城邑蕭條，非複有隋之比。今來找我，發兵多則糧運不給；三萬以下，吾力能製服。當已逸待勞，坐收其弊。若頓其城下，不過二十日，食盡必走。然後出奇兵擄之，何足憂也！”
這位高昌王坐井觀天，沒想到有西部薛延陀、吐穀渾、突厥諸部落的積極配合，侯群集、薛萬鈞率五萬大軍，隻花兩三個月時間，便順利穿越麹文泰所說的似乎不可能穿越的“地無水草，寒風如刀，熱風如燒”的二千裏沙磧，七千裏迢迢之路，如神兵天降，驀然出現在磧口。高昌王麹文泰聽說大唐五萬大軍兵臨城下，頓時嚇得呆若木雞，過於憂懼驚恐，唬得一病不起，兩三日便暴亡。
高昌匆促間立麹文泰之子智盛為王。
軍至柳穀，密探報麹文泰刻日下葬，國人鹹集墓地，諸將請行軍總管引兵襲之，侯君集不允，正色道：
“不可。天子以高昌無禮，故使吾等討伐，今襲人於墟墓之間，非問罪之師也。”
於是大張旗鼓，旌旗獵獵，進軍至高昌國一小城田城，曉諭開城門納降，不聽，乃撥軍攻打，不到中午攻破城門，擄男女七千餘口。侯君集令中郎將辛獠兒為先鋒，寅夜進逼高昌國都城。高昌軍稍有抵抗，外圍城牆攻破，大軍繼至，屯其城下。
高昌王麹智盛站在城樓上，隻見唐軍漫山遍野，刀槍閃灼，寒光徹天，遍布高昌城的四野。他不得已遣使者出城，致書侯君集。侯大將軍敞開中門迎接使者，接過使書一看，其上曰：
得罪於天子者，先王也。天罰所加，身已物故。智盛襲位
未幾，惟尚書憐察。
侯君集讓使者轉告高昌王道：
“苟能悔過，當束手軍門！”
麹智盛還在猶豫不決。因為當年高昌王麹文泰與西突厥可汗結有盟約，如有緊急求助，可汗遣其葉護屯可汗居浮圖城，為麹文泰聲援。他沒想到的是，聞侯君集大軍至，葉護可汗嚇得屁滾尿流，已兀自西走千餘裏，葉護以城降。麹智盛卻還在等待這位難兄難弟的支援。麹智盛猶豫不出，侯君集令大軍填塹壕強攻，時飛石雨點般落下，城中人皆龜縮不出迎戰。複命為巢車，高十丈，俯瞰城中，投石如雹。城中行人皆為飛石擊中，唐軍雀躍歡呼。
麹智盛走投無路，第二天開門出降。侯君集分兵略地，攻克高昌國共二十二城，計八千四十六戶，一萬七千七百餘口，拓疆域東西達八百裏，南北五百裏。
侯君集平定高昌國的六百裏急傳軍報，二十餘日後飛到長安，朝野為之歡欣鼓舞。在朝會上，李世民宣讀了侯君集平定高昌的六百裏急傳軍情喜報後，滿懷激情地道：
“侯君集、薛萬鈞立了大功，高昌國平，打通了通往西方的絲綢之路，有利大唐商貿和與西方各國的交流。朕思慮良久，欲置高昌為州縣，眾愛卿想法若何？”
大殿下無人吱聲，群臣你望著我，我望著你。既然皇上作出了設置州縣的決定，誰還去觸黴頭？
偏偏又是魏征說話了：
“陛下初即位時，麹文泰夫婦是首批來朝的‘外臣’。其後稍傲倨無禮，故加誅討。罪加麹文泰可以了，宜撫其百姓，存其社稷，複立其子，則威德披於遐荒，四夷皆悅服天子。今若收其土地以為州縣，則常須千餘人鎮守，數年一易，往來死者十有三四，供辦衣食，違離親戚，十年之後，隴右虛耗矣。陛下終不得高昌撮粟尺帛以佐中國，所謂散有用以事無用。臣未見有何好處。”
李世民這次還是沒聽魏征之言，貞觀十四年九月，詔其高昌地為西州，以可汗浮圖城為庭州，各置屬縣。後複置安西都督府於交河城，命侯君集留兵馬鎮守。
皇帝李世民這次未聽魏征之言的決斷，被曆史證明是正確的。侯君集擄高昌王麹智盛及其群臣豪傑之士還，自此大唐地域東極於海，西至焉耆，南盡林邑，北抵大漠，皆為州縣，凡東西九千五百一十裏，南北一萬九百一十八裏，形成了高度統一的泱泱大國。
李世民在統一西域的過程中，雖未直接與西突厥交鋒，然而平定高昌、焉耆、龜茲，猶如斷其雙臂，實際上是間接地與西突厥爭鬥，並將它初步製服。西突厥隻得遣使來唐，表示親善，於是絲綢之路徹底暢行無阻。李世民欣然宣布：