再說刑部尚書劉德威一行，來到齊州劾查，在監內訊問了君慕、梁猛虎二以及牽連的數十人，多被勘實。
皇帝知道事已無可挽回，急發詔命齊王祐與權萬紀回長安麵君。詔書一到，齊王祐既恐懼，又憤怒難禁，他全都遷怒於長史權萬紀。恨從心裏出，惡向膽邊生，於是他跟劍客燕弘信、燕弘亮兄弟密議，欲謀殺權萬紀，一泄心中之恨，二到朝廷死無對證。
權萬紀奉召先行，隻帶兩個隨從。齊王祐遣燕弘亮等率二十餘騎追殺，追了數十裏，眼見前麵權萬紀的坐騎，燕弘亮大呼：
“權長史，稍留腳步……”
權萬紀回頭一看，見是燕弘亮，他正張弓搭箭飛馳而來，知道大事不妙，仍鎮定地喝斥道：
“燕弘亮，難道你敢追殺朝廷命官，想造反！”
話音未落，一箭將權萬紀射墜下馬，兩名隨從逃之夭夭。二十匹馬一齊圍了上來，燕弘亮等人跳下馬，見權萬紀仍在地上掙紮，便抽出腰刀一陣亂砍，活活將權萬紀肢解了。
齊王祐黨羽逼典軍韋文振一道造反，韋文振不從，跳上馬，率一部份王府兵卒逃出齊州城。齊王祐的劍客追了數裏，也把韋文振射殺。典軍的部屬見頭領被殺，稽首伏地，顫栗不已，不敢仰視。
齊王祐殺死了兩名欽命府官，知道回朝已無法交代。在左右劍客群小勸導下，幹脆一不做二不休，正式扯旗反叛朝廷，私署左右親信為上柱國、光祿大夫、開府儀同三司，置拓東王、拓西王等官，開庫斥帛行賞，驅民入城，招募城中男子年十五歲以上皆為兵卒，練甲兵，築城堞，深挖護城河。一時間，齊州城被鬧得烏煙瘴氣，人心惶惶，不少吏民棄家室妻兒，連夜從城牆上放繩索出逃，齊王無法禁止。
權萬紀的兩名隨從僥幸脫逃，馳回長安，向朝廷稟報齊州之變。李世民聽了呆在那兒，半天沒有吭聲。還是房玄齡提醒他道：
“陛下，齊州之事該怎麼辦？”
“噢，齊州……這個祐……”李世民咬牙切齒地吩咐說，“立即詔令兵部尚書李世勣、刑部尚書劉德威發懷、洛、汴、宋、潞、滑、濟、鄆、海九州之兵，討伐齊王祐，誰敢抵抗，格殺勿論。把齊王祐活活捉來京城，朕要問他的罪！”
“是，遵命！”房玄齡知道這詔命的份量，他轉身欲去傳旨。卻又被李世民叫住：
“慢。”
說完，皇帝怒衝衝順手抓起一支朱筆，在一張黃絹上龍飛鳳舞向齊王祐寫了一份手敕曰：
吾常戒汝勿近小人，正為此耳！往吾子，今國仇，我上慚
皇天，下愧後土。
寫畢，李世民流著淚將手敕交與房玄齡道：
“把它交給李世勣，帶往齊州。”
齊王祐召燕弘信、燕弘亮等五人同宿於王府臥室，餘黨分統士卒巡城自守。他們以為齊州城自古城垣堅固，固若金湯，有那麼多劍客士卒守衛，萬無一失。齊王祐則每夜與燕弘信、燕弘亮等人同眾王妃飲宴不息，歌舞不歇，醉生夢死。自以為得誌，戲笑之際，說到齊州府外各州縣官軍，燕弘亮大言不慚地道：
“王不須憂，官軍膽敢來犯，我燕弘亮右手持酒杯，左手揮劍為王將敵軍殺個人仰馬翻，一個不留。”
“弘亮兄是活關公，”一位劍客吹噓說，“擂鼓三通斬蔡陽，抽刀回來，溫過的酒還是熱的。”
“哈哈，關公算什麼，”燕弘亮口出狂言，“他那八十斤的青龍偃月刀，不及本將一把奪魂劍！”
齊王祐對燕弘亮一夥劍客的本事，深信不疑，於是傳檄諸縣，令征兵勤王，諸縣皆不從。有一天，齊王祐領著一夥親信黨羽騎馬來到大街上，齊州人羅石頭迎麵走來，指著齊王祐曆數其罪道：
“齊王，你身為皇子，領齊州數十個州、縣，也算是山東地麵的父母官。可是你有當今皇帝的一點點德性嗎？貞觀以來，皇帝屢發詔令要輕徭薄賦，靜以養農；而你來山東以後，營宮造殿，徭役不斷，苛捐雜稅，無日無了，還要領著一夥烏龜王八蛋，四處遊獵，馬踏莊稼，搶掠民脂民膏，你，你……”
羅石頭越說越氣，他猛地奪過前麵一護兵的槍矛，朝齊王祐亡命剌去，不幸為燕弘亮所殺。
齊王祐反叛朝廷以後，齊州城外民眾，村自為戰，抵抗叛軍。一天齊王引數十騎襲擊高村，村人高君狀遙指齊王大罵道：
“主上提三尺劍取天下，億兆蒙德，仰之如天。齊王你驅城中數百親信黨羽，就想叛逆造反，以犯君父，這無異手搖泰山，螳臂擋車，你怎麼不自己掂量掂量呢？”
齊王祐的嘍玀追擊，活捉了高君狀。高君狀仍然罵不絕口，齊王祐愧疚得無地自容，終究不敢殺他。
齊王祐喜歡養鬥鴨，王府大院鴨棚裏，養了近百隻各地選送來的鬥鴨，隻隻體形碩大，能鬥過一條惡狗。殊不知就在各縣拒絕聲援的一天夜裏，一隻狐狸竄進鴨棚，竟將四十餘隻鬥鴨咬斷了頸脖子而去。齊王祐愚昧而又迷信，他以為凶兆已現，在百般窮蹙無奈之時，他隻得上表乞命。表曰：
臣，帝子也，為萬紀讒構，上天降靈，罪人斯得。臣狂失
心，惝怳驚悸，左右無兵，即欲顛走，所以頗仗械以自衛護。
斯時，李世勣和劉德威統率的大軍未至，而青、淄等州官兵已集聚在齊州周圍。齊王祐那群狐朋狗友勸他攜妻子兒女走豆子坑為盜，上山為王，計尚未決。齊府兵曹杜行敏等人商議，決定私自擒獲齊王祐，送到京城去，以為自己消災滅禍。這一密謀，幾乎獲得除了齊王祐親信黨羽外所有吏民的呼應。這天夜晚，四麵鼓噪，聲聞數十裏。齊王祐親信黨羽有居王府外者，全部被民眾殺死。這也說明在大唐盛世，誰要造反都是不得人心的，將群起而攻之。
在嚴密防守的齊王府，齊王祐聽到外麵的喊殺聲，心神不安地問旁邊的燕弘亮兄弟：
“什麼聲音？”
旁邊有人揣度地回答：
“大約是兵部尚書李世勣的飛騎，已經登城了。”
“啊！怎麼得了？”嚇得膽顫心驚的齊王祐，命左右披甲執兵退入一碉樓似的堅固密室，妄圖閉門頑抗。
這時，杜行敏率兵鑿穿城垣，一湧而入，一千多人將碉樓圍個水泄不通。但是自旦至日中，攻打不克。杜行敏站在碉樓下，仰頭向齊王祐高聲喊話說：
“你齊王過去是帝子，今日淪為了國賊，你若不速速開門受降，立即就要焚為灰燼了！”
齊王祐躲在裏麵不吭聲，杜行敏令眾人抱來柴草，堆放在碉樓四周，再次喊話，準備舉火。這時，齊王祐從一個小窗口裏探出頭來，俯視著下麵喊話道：
“杜兵曹，本王把門打開，你能保證燕弘亮兄弟不死嗎？”
杜行敏在心裏罵了聲：“死到臨頭，還想保那群狐朋狗友，真是不見棺材不掉淚，死都要做千古罪人！”嘴上卻不動聲色地回道：
“沒問題，你的朋友死不了！”
齊王祐和燕弘亮一夥這才打開門，垂頭喪氣地走了出來。杜行敏衝上去一把抓住燕弘亮，大喝道：
“燕弘亮，你這個瞎眼魔頭，你害的是誰？害的是當今皇帝的兒子――一個不爭氣的齊王啊！”
話音未落，兩手如利爪，將燕弘亮一對眼珠子摳了出來，摔落在地上。接著手起刀落，將燕弘亮兄弟斬於齊王祐跟前，其餘幾名碉樓頑抗者全部被殺。
杜行敏把齊王祐捆綁起來，押出王府，登上城牆，以示吏民，城下萬人歡呼叫喊：
“殺了他！殺了他……”
“殺了這個叛逆的東西！”
“身為齊王都督，不愛民為民辦事，專事坑害百姓，殺了他！”
“皇帝萬歲！萬歲！萬萬歲！”
這時，齊州城外，漫山遍野都是官軍。李世勣、劉德威統帥的九州兵馬風馳電掣馳過來了。杜行敏把齊王祐押入王府東廂，命人嚴密把守，他與其他官吏敞開城門，迎接李世勣、劉德威去了。
齊州之亂很快平息，李世民詔敕李世勣等罷兵，安撫齊州百姓，蠲免齊州賦稅一年。給平定齊州叛亂的有功之臣，詔敕加賞：擢原王府兵曹杜行敏為巴州剌史、封南陽郡公，布衣高君狀為榆社令，已故義民羅石頭，追贈為亳州剌史，撫恤其家屬。
齊王祐押回京師，李世民不想見這個忤逆之子，傳令賜死於內侍省，貶為庶民，葬以國公禮。
齊王祐的妻室兒女、家檔文書，全部押解京城。詔敕妻子、兒女皆貶為庶人，遣回娘家。皇帝在撿視庶子祐的文疏時，發現王府記室孫處約一份言辭激烈的諫書，嗟歎之餘，累遷孫處約至中書舍人。經過廷議，追贈權萬紀為齊州都督、賜爵武都郡公，諡曰敬。典軍韋文振擢升左武衛將軍，贈爵襄陽縣公。
在大理寺審理齊王祐叛逆同黨的四十四名罪犯時，牽扯出東宮千牛紇幹承基。原來紇幹承基與燕弘亮兄弟早有勾結，曾在九成宮參預行剌魏王泰，雖未得手，但罪行已成。於是紇幹承基被捕下獄，罪當處死。這個幹盡壞事的剌客、太子千牛，為保自己一條小命，在大理寺供出太子承乾謀反驚天大案。
李世民聞訊，驚悸之餘，立即敕命長孫無忌、房玄齡、蕭瑀、李世勣與大理寺、中書、門下諸省，組成龐大的合議廳。第二天，在大理寺開庭審理紇幹承基。
紇幹承基自知卷入了“誅滅九族”的大案，惟一的出路是老老實實供出所有案犯和案情細節，以換取一條生路。所以他跪在朝廷眾多重臣的前麵，反而情不急心不慌，一五一十娓娓供述道：
“罪臣死有餘辜，不為乞死，也要把太子承乾與漢王元昌叛逆謀反的罪行說個一清二楚，這樣才不辜負當今天子的聖恩……”
長孫無忌心裏一痛，喝問道：
“太子謀反，你有什麼事實根據？”
於是紇幹承基從太子在九成宮避暑，指使他謀殺魏王泰說起，然後說到太子承乾的諸多失德，於誌寧、張玄素、孔穎達的強諫，再說太子指使他和剌客張師政，如何黑夜潛入於誌寧家，見於家過於簡樸，於誌寧竟睡在草席上，他們不允下手……最後說到太子命太子千牛賀蘭楚石密引其嶽父侯君集，來東宮密謀時，被房玄齡驚駭不已地打斷：
“侯君集？吏部尚書侯君集也參預了‘謀反’？你可不要像條瘋狗亂咬，須知這是大理寺！國法難容，誣告反坐！”
“房宰相，您是個大好人，有些事您是想不到的。不僅侯尚書參預了太子謀反，太子還讓罪臣拿黃金，厚賄收買了左屯衛中郎將李安儼，讓他作為內應。有次漢王元昌勸太子謀反，正好罪臣坐在一旁。漢王元昌對太子說：‘我看見聖上後宮有一美人，善彈琵琶，事成那天，新皇帝可得把那女子賞給我。’太子許諾道：‘一定恩準。’漢王元昌還對太子說，他已經聯絡洋州剌史、開化公趙節……他，他是長廣公主的兒子，父親是慈景……還有杜如晦的兒子、附馬都尉杜荷，他老婆就是尚城公主，他也是太子死黨。凡是死黨，都曾割臂，以帛拭血，然後燒成灰和酒飲下，誓同生死……”
李世勣越聽越氣，大喝道：
“你參加過歃血盟誓嗎？”
“參加了。”
“還有誰？”
“還有侯君集、李安儼、杜荷、漢王元昌、趙節、張師政……”紇幹承基一一數了下來。
四大臣和三部合審紇幹承基的折子奏來，李世民心情十二分沉重地看過以後，對左右侍臣道：
“朕將何以處承乾？”
群臣都垂下了腦袋，在心裏猜不透皇帝的心思，不敢應對。通事舍人來濟為太子求情說：
“陛下不失為慈父，太子乃是陛下與長孫皇後的嫡長子，如果皇後在世，她一定希望太子盡其天年……”
李世民含淚點頭。因為一想起長孫皇後，他的心就軟了，一時百感交集，說不出對承乾是愛是恨，還是對自己管教失察的愧疚。
貞觀十七年四月十六日，皇帝發明詔布告全國，廢貶太子承乾為庶人，幽於右領軍府。他有意免漢王元昌的死罪，但群臣固爭，乃賜其在家自盡，詔免其母、妻、子株連之罪。侯君集、李安儼、杜荷、趙節等皆伏誅。東宮左庶子張玄素、右庶子趙弘智、令狐德棻，皆因諫爭規勸不力，坐免官為庶人。其餘東宮官屬當連坐者，一律赦免。詹事於誌寧以數諫差一點送命，獨蒙勞勉。
紇幹承基立有大功，不僅赦免其罪，還贈以外官，遣為祐川府衝都尉，爵祿平棘縣公。