（1）產生並加重耐藥性：目前，幾乎每種抗生素都存在耐藥現象。尤其是沒有使用足夠療程的抗生素導致病情反複的時候，更容易產生耐藥性，使某類抗生素給寶寶治病的效果下降。而且抗生素本身會對肝、腎、胃腸道造成一定損害，所以當一種抗生素不行，又轉而求助另一種更高級的抗生素時，就會嚴重影響治療的進程。
（2）造成二重感染：大劑量長期使用廣譜抗生素（如頭孢類抗生素）會導致二重感染，因為廣譜抗生素在殺滅敏感菌的同時，也會殺滅在人體正常存在的菌群。寶寶因此可能會出現腹瀉，抵抗力下降，甚至再次感染。
（3）增加哮喘的可能性：寶寶濫用抗生素，有可能增加患哮喘病的機會。這是因為濫用抗生素會破壞正常菌群生長，影響腸黏膜的正常功能，使大量抗原物質進入血液，從而增加寶寶出現哮喘的機會。