皇太極總結曆次攻錦經驗教訓，決定采取長期圍攻的方針，於崇德五年三月，命和碩鄭親王濟爾哈朗為右翼主帥、多羅貝勒多鐸為左翼主帥，帶兵至離錦州九十裏的義州城，駐紮屯田，騷擾明境，使山海關外寧遠、錦州地方不得耕種。第二月皇太極還親往巡察，命令軍士搶收錦州城東、城西莊稼。圍錦官兵，三月一換。
崇德五年六月十五日，命和碩睿親王多爾袞、和碩肅親王豪格、多羅安平貝勒杜度、多羅饒餘貝勒阿巴泰，率其屬下將士的一半，往代和碩鄭親王濟爾哈朗等，於義州築城屯田，圍困錦州。多爾袞到達後，即督令士卒火速收割錦州城西禾稼，兩日就收割完畢。明以錦州被圍，遣兵來援，軍至杏山，多爾袞率兵往擊，皇太極聞知，即遣前鋒統領吳拜率屬下兵士一半，迅速前往助攻。從此，多爾袞與明兵多次接戰。九月，鄭親王往代，多爾袞返沈陽。十二月，多爾袞、豪格、杜度、阿巴泰再度率兵往圍錦州。《清太宗實錄》卷33，崇德五年六月十五日、七月初六日、十二月初三日。
崇德六年三月，鄭親王濟爾哈朗往代，多爾袞等率部回遼。未到之前，因睿王等曾遣部分軍士還家，皇太極勃然大怒，指責多爾袞私遣擅歸，鬆懈疏忽，影響圍城效果，命令查出主使人員，從重議處。出征王、貝勒、公、固山額真、梅勒章京、護軍統領及議政大臣以上官將，俱駐遼河傍金利塔，不許入城，不準返家，聽候治罪。
皇太極還特遣內大臣昂邦章京圖爾格、固山額真英俄爾岱、大學士範文程等，往問出征王、貝勒。《清太宗實錄》卷三十五載錄了帝對諸王的責問。其諭問多爾袞的話如下：
“朕待爾與諸子弟不同，良馬任爾乘，美服任爾服，饌任爾食，所以加恩於爾者，蓋欲爾勤勞國政，不違朕命耳。今違朕命，屯兵遠居，遣兵回家，如此，朕焉能以爾為可倚。”
問肅親王豪格說：
“肅親王，爾明知睿親王失計，如何緘口不言。”
問阿巴泰、杜度、碩托說：
“饒餘貝勒、安乎貝勒、芍托公，爾等何為事不關己，是曰然，非亦曰然，如賓客路人相待。無論爾等，即新附蒙古，尚知為國出力，爾等不憂國竭忠，漠不相關，皇天列祖豈不鑒之。”
並令；“凡此諭旨，皆與眾固山額真、大臣，王、貝勒、大臣等將倡兵回家之人舉出，若是睿親王部下蝦大臣所言，令睿親王即行拿送，不可輕應此罪，當議定來奏。”
皇帝震怒，諭令嚴查，看來將遭重懲，災禍難逃了。皇太極這樣大發雷霆，實為欠妥。事情並不如他所說那樣嚴重，說什麼明兵已經自由出入搬運糧草等等。多爾袞之所以兩次遣兵回家，一次是每牛錄三名，另一次每牛錄五名，有其客觀原因，那就是明軍拚死反擊，兵多勢大，清軍死傷累累，人疲馬乏，不得不輪班回家“整頓盔甲，喂養馬匹”，略事休整，即行返軍。明軍仍被圍困，運輸基本斷絕。多爾袞這樣作，沒有什麼大錯，不知道是什麼人上了密折，誇大其詞，激怒了皇太極。多爾袞據實回奏，說明情由，皇太極更加發怒，指責所奏皆係“巧辯之詞”，令各王、貝勒自定其罪。《清太宗實錄》卷35，崇德六年三月初四日、二十日、二十一日。
當此緊急關頭，多爾袞挺身認錯，全攬在自己頭上，不委過於人，自議其罪說：“我既掌兵權，又先令兵回家，違命之罪甚重，應死。”肅親王豪格也表現很好，象個大丈夫，告訴審案大臣說：“睿親王乃王，我亦王耳，既與叔父睿親王共掌兵權，彼既失計，我亦隨之，應死。"安平貝勒杜度、饒餘貝勒阿巴泰自議貶黜為民，撥出所屬牛錄。羅托貝子、碩托公，屯齊公皆革爵罰銀二千至五千兩。阿山、譚泰、葉克書三位固山額真，俱當死。蒙古固山額真和洛惠、梅勒章京曹亥等高級官將三十餘人，俱革職。《清太宗實錄》卷35，崇德六年三月二十一日。