五月十二日，阿濟格、吳三桂等追擊農民軍的部隊回到燕京，多爾袞派範文程等“迎勞之”。據朝鮮人記述：“清兵之追擊流賊者，至保定府，人馬疲困，不能追及，隻得所棄宮女百餘人，彩緞數萬匹而還。”吳晗輯：《朝鮮李朝宰錄中的中國史料》第37頁。但除了人馬勞頓之外，農民軍進入山西後加緊防守，也使清軍不宜繼續深入。李自成主力雖退入山陝，但旋即考慮恢複失地。據國子監司業薛所蘊報告說，六月間“賊尚盤踞河朔，殘虐地方，無所不至。始而驅迫百姓運糧，擔負之苦，既已難堪，又每地一畝派銀五分，追比急如星火，又按畝征解闊布，花缺布貴，敲撲就斃，人相枕藉；又科派雕羽以充箭翎，臣鄉此鳥最少，乃至死鴟一隻，費銀十兩有餘，又派打造盔甲，種種誅求，總欲置民死地。而大小鄉紳舉貢，則盡並其家屬押解陝西，號哭之聲盈耳酸心。……”順治元年七月十八日國子監司業臣薛所蘊謹啟為泣陳臣鄉苦情，仰乞睿鑒，速發救兵以出斯民於湯火事。原件藏第一曆史檔案館。由此可以看出李自成已從六月份開始進行物質上的準備，以反攻清軍。
果然，六月中旬，李自成便赴晉南的平陽(今臨汾)，重新部署兵力。他以陳永福、韓文銓鎮守太原，李過守府穀、保德，馬科直逼漢中，並在平陽商討軍機，作為反攻的大本營。七月初，農民軍就開始分兵反攻。據大順權利永昌元年七月初七日發出的行牌上稱：“今報長安二府田，綏德、漢中高、趙從西河驛過河，統領夷漢番回馬步兵丁三十萬，權將軍劉統兵十萬過河，從平陽北上；又報皇上統領大兵三百五十萬，七月初二日從長安起馬，三路行兵，指日前來。先恢剿寧武、代州、大同、宣府等處，後赴北京、山海剿除遼左，至叛逆官兵，盡行平洗，順我百姓，無得驚遁等語。”《明清史料》甲編第1本，第73頁，“征西前將軍大同總兵薑塘報”。雖然兵數有所誇張，但卻大體表明了反攻的規劃。於是，從七月初始，河北、河南各地飛章告急，或說“傳來西賊偽牌一麵，上雲權將軍劉親自領兵十萬，由彰德、磁州一帶，指日攻取大名”；或說農民軍哨馬二百餘騎，已到武安縣駐紮，或說又到臨關，涉縣也有二千人駐紮，離順德府已非常迫近。加上農民軍到臨關的前鋒放出話來：“二十日發兵八十萬，一路上固關，三十萬，一路上宣大，三十萬，一路上順德，二十萬。”嚇得地方官趕緊上報清廷，“急發兵堵剿，如救湯火”。《明清史料》丙編第5本，第410頁，“真順廣大總兵王燎塘報”。而赴固關一路七月底也抵達平定州，“偽官姓喬，賊撥不時往來，總兵馬賊在榆次，有稱王流賊姓劉在壽陽”。《明清史料》丙編第5本，第418頁，“保定巡撫丘茂華啟本”。而河南襄縣、南陽，襄陽、河南府(即洛陽)以西，“流寇牛頭目領兵一支在各處鎮守，以西俱流寇官”。《明清史料》丙編第5本，第442頁，“山東分巡東昌道李棲風呈內院文。”在這種情況下，農民軍數日之內便可抵達北京城下，圍攻清軍，因而成為清朝統治者的心腹大患，成為多爾袞最為重視的一支敵對力量。
另一支農民軍隊伍――張獻忠的大西軍於這年正月大舉入川，六月克重慶，八月下成都，先後殺掉明瑞王和蜀王。十月，張獻忠以成都為西京，建立大西政府，改元大順。中央、地方各級權利都有農民軍派任的官員，並且鑄幣造曆，開科取士。其間，張獻忠又派艾能奇、李定國，孫可望等率兵四處攻略州縣，使全川皆隸於大西權利統轄之下，使張獻忠成為多爾袞統一中國的潛在威脅。但是，多爾袞還無暇顧及割據一隅的大西農民軍，對其也不甚了解，直到次年閏六月，他還問：
“張獻忠今安在？”
大學士們連忙奏報：“聽說張獻忠占據四川，地方險要而富庶，他在那裏抗拒不降。”
多爾袞聽說以後表示憂慮，認為“草野之間特起豪傑，則難為收拾。”《多爾袞攝政日記》，北平故宮博物院編，民國22年（1933年）鉛印本。順治二年閏六月十二日。所以在順治元年五月以後大約一年多的時間裏，多爾袞及其主要謀臣均未在戰略決策中安排對大西權利的對策。
甚至多爾袞對近京“土賊”都要更為重視得多。他曾提到，“自義兵至京以來，霸州一帶土寇紛紛，未見斷絕，今三十日。早間又聞彼處土賊甚多，正在發兵征剿。"《明清史料》丙編第6本，第413頁。“吏科都給事中孫承澤啟本”。後又批示：“天津務關之間，土寇公行，地方官料理何事？宜速殲渠魁，勿令滋蔓。著杜應登暫駐務關，宋權暫駐通州，督率各道將從實下手，以安畿甸。候剿撫完日，啟明奉旨，方許回鎮。”《明清史料》丙編第6本，第416頁。“兵部侍郎金之俊啟本”。七，八月間，近京各省羽檄飛章，報告各地形勢，或說“鄒、滕一帶多盜，路斷行人”，或說“濰縣又告急矣”，“沂州、沂水又告急矣”；《明清史料》丙編第5本，第426頁，“原任陝西三邊總督李化熙啟本”。或說“土寇”馬應試“搶掠鄆、钜、範、觀、開、清、曹、定一帶，為害甚慘”；《明清史料》丙編第5本，第428頁，“山東巡撫方大猷揭帖”。或說“嘉祥地方滿家洞土寇聚集數萬，攻破馮家等堡二十餘處”；《明清史料》丙編第6本，第426頁，“山東巡撫方大猷揭帖”。或說“青州府迤東昌樂、壽光等縣土寇猖獗，結聚數萬，延蔓東海，僭稱重光元年。有稱威振山東，提調總鎮者，有稱協鎮等營者……”。《明清史料》丙編第6本，第447頁，“山東臨清總兵王國棟揭帖”。如此等等，數不勝數，使多爾袞寢食不安。這些農民起事隊伍，少者人馬數千，多者數萬，來去飄忽，他們活動於京畿，離統治中心近者一、二百裏，遠者也不過千裏之遙，因此更為多爾袞所注意，如不及時剿滅，不僅京畿難以穩定，全國統一無從談起，就是自己的地位也岌岌乎殆哉。