多鐸這邊似乎是立功心切，他既不待阿濟格來西安會師，又不等多爾袞的指令，於二月初即離開西安，由潼關再入河南，二月十四日前後得到多爾袞的指示，決定三月初五日率軍南下。
阿濟格則似乎有些時運不濟。他本來就耽誤了軍機，入邊後又在榆林、延安一線遭到李過、高一功部的堅決抵抗。大順軍堅守了二十天，直到彈盡糧絕，聽說李自成已撤出西安，這才從延安突圍，向漢中轉移。這樣，阿濟格占領延安後向西安挺進，大約已是二月中旬的事。這時，阿濟格已經接到多爾袞的命令，於是不敢再耽擱，繼續進軍，追擊李自成。
李自成二月初進入河南，在內鄉歇馬十餘天，但聽說多鐸部也進入河南，阿濟格軍又尾隨而來，於是趕忙進入湖廣，從襄陽經武昌到九江。在這期間，大順軍先後與追擊的清軍大戰八次，均告失利，劉宗敏等被俘犧牲，牛金星、宋獻策等投降，起義軍遭到重大損失。五月初，李自成途經湖北通山縣境內的九宮山，他先率二三十人前去觀察地形，不料遭到當地鄉紳程九伯的武裝鄉團襲擊，由於大隊遙遠，救援不及，因此全部殉難。李自成犧牲的消息傳到後麵的大隊人馬中時，全體將土痛哭失聲，然後對通山的這股敵人實行了大規模的報複。這之後，大順軍略事休整，分道進入湖南，不僅與從延安撤下來的李過，高一功部會師，而且與南明何騰蛟部結成抗清聯軍，繼續進行著轟轟烈烈的抗清大業。
三、弘光權利的覆滅。
三月初七日，多鐸的兵馬乘勝前進。清軍分兵三路：一路由多鐸自己統率，從虎牢關出；一路由固山額真拜尹圖指揮，從龍門關出；一路由尚書韓岱統領，走南陽。三路殊途同歸，直指歸德。本月二十二日，清軍克歸德，南明的河南巡按淩駟被俘，不屈自縊而死。河南、開封、歸德三府也為多鐸分別安插官員，以示撫綏。多鐸在歸德期間，清軍已進入安徽，占領了潁州、太和。四月初五日，多鐸軍經過十數天休整，再度出發南進，經毫州、泗州，直抵淮河，南明將領燒斷淮河橋後逃走，清軍則夜渡淮河。十七日，清軍已迫近揚州，搜羅了三百多條船，準備渡江。十八日，大軍兵臨揚州城下，南明弘光權利已經危在旦夕了。
在清軍鐵蹄踏踏、矛頭直指南京之際，弘光權利雖然開始恐慌，但並未有所舉措。由於三月份有個自稱崇禎太子的人來到南京，使各個黨派為了自己的利益又跳出來爭鬥。遠在武昌的左良玉也接連上疏，為“太子”爭地位，甚至打出“清君側”的旗號，率軍順江而下。兵至九江時，左良玉病死，其子左夢庚統領隊伍繼續東來。這時清軍已入安徽境內，史可法飛章告急，請求增援，文武臣僚大多請求弘光派兵防禦淮揚一線。但馬士英卻指著這些官員大罵，“你們這夥東林黨，想借防江縱左軍進犯！清兵到了還可以議和，左逆到了，你們是大官，我君臣卻得死！我們寧可死在清兵手裏，也不死在左兵手中。”抽調黃得功、劉良佐部抵禦左軍，而守江北之史可法實際上是個光杆司令。《鹿樵紀聞》卷上。
史可法，字憲之，號道鄰，崇禎元年進士。他身材矮小，皮膚黝黑，精力過人。崇禎末年，他一直在安徽一帶與農民軍作戰，是明朝統治者的忠臣。弘光權利建立後，他以南京兵部尚書的身份入閣，但不久就被排擠出朝，到揚州去督師。這時候，黃得功、劉良佐被馬士英支去抵擋左夢庚，高傑已被叛將許定國在睢州殺掉；劉澤清在清兵渡淮之前，也已率兵鼠竄，實際上在揚州的隻有高傑的殘部，以及少數增援兵馬，總共不過一萬幾千人，而他將要麵對的是七八倍於他的清軍。
多鐸在泗州渡淮之後，從天長、六合一線逼近揚州西北，他對史可法先行招誘，但遭拒絕，於是在圍困了一星期之後於四月二十五日開始攻城，揚州軍民雖拚死抵抗，但終因寡不敵眾，為清軍衝入城內。史可法自刎不成，被俘犧牲，其他文武官吏壯烈殉難者在兩百人以上，揚州人民死難的更是不計其數。但是，清軍亦為攻破此城付出了死數千人的代價！多鐸為了報複，下令屠城十天，數以萬計的百姓死在清兵的屠刀之下！時人有詩曰：
“……殺戮不分老與少。城中流血迸城外。十家不得一家在。到此蕭條人轉稀。家家骨肉都狼狽。亂骨紛紛棄草根。黃雲白日晝俱昏。仿佛精靈來此日。……”邢？：《石臼後集》2，轉引自鄧之誠《清詩紀事初編》，卷1，邢？，第98、97頁。
五月初，清軍至瓜州，與弘光權利隔江相峙。南京城內人心惶惶，鎮江、丹陽、常州、無錫等地百姓也紛紛外逃避難。初七日，馬士英召集百官議事，大家或竊竊私語，或默無一言，直到散會，才有人說，“顧不得那麼多了，隻好投降。”初八日夜，多鐸放草船點火，吸引南岸的炮火，初九日晨戰船過江，守江的鄭鴻逵、鄭彩水師拉起帆篷東逃。次日，弘光帝與宦官四，五十人倉皇出走，到太平府去投奔黃得功。馬士英則保太後逃往杭州。十四日，多鐸兵到石頭城外，忻城伯趙之龍等首先迎降，南京不戰而克。就在兩，三天後，叛將劉良佐率清軍追至蕪湖，擒弘光帝。二十五日，將其押往南京，成為多鐸的階下囚。