中醫以“望、聞、問、切”診斷病因，直接針對病因治療，盡管對病因的理解與闡述，人們感覺“模糊”“抽象”，似乎不同於傷口化膿、骨折斷裂等表述的那樣具體，而是諸如“陰、陽、表、裏、虛、實、寒、熱”這種表述。而這種表述，正是對人體係統整體狀態的概括，西醫則還沒有進步到整體辨證分析的境界。而人體的多數病症恰恰是整體性“運轉失調”。
作為一個係統整體性“運轉失調”的例子，就如同北京二環路，高峰時汽車行走比自行車還慢。其實哪裏都沒有堵車發生，也都是同向行駛，就是行駛極緩。這是因為無數輛車無法做到步調一致，並非一個整體，一輛車減速，後邊就會有幾公裏遠的車停止等待。假設全部汽車都用掛鉤銜接在一起，如同一列火車形成一個係統的整體，形成秩序，問題就解決了。這就是係統的整體性。假如係統整體性出問題，盡管每輛車都沒有故障，但統一速度的秩序未建立或被破壞，正常運轉就失靈。
中醫正是把人體看成一個完整的係統，是一個始終處於動態平衡的有機生命整體。天氣冷，人體機製會調整應對未必生病，卻在感覺熱時不小心反而會受涼感冒。其實並無器官損壞，亦無病毒突然襲擊，隻是調節機製失調。中醫的主要工作，就是調理人體自我調節機製，激發生命體自身抗病因素來治療疾病。
西醫並不關注人體整體機製失調的病因，而是發明各種藥物，分別抑製發燒、頭痛、鼻塞、感染等“症狀”現象，使症狀緩解，等待自愈。筆者遇一病人手術後飲食極少，十日未便。未便是由於進食少，又為何進食少呢？以此問大夫，答曰：“進食少可輸液、未便可灌腸，沒別的辦法。”並不探討根本原因。
中、西醫的本質區別，就在於著眼點分別放在了整體與局部、宏觀與微觀，本質與表象……
中醫學采用的是“黑箱”式理論。“黑箱”就是指那些既不能打開，又不能從外部直接觀察內部狀態的係統，比如人們的大腦隻能通過信息的輸入輸出來確定其結構和參數。相似的例子就是買西瓜不便切開時，用敲擊聲響、觸摸表皮來判斷生與熟。
中醫的髒象學說，就是運用“從象測髒”的方法形成的一門學說。“象”，就是輸入輸出的信息；“髒”，就是人體黑箱內部的規律性聯係。從象測髒，就是從輸入輸出信息推測人體黑箱內部的規律性。中醫學從“象”推測出來的“五髒”——心、肝、脾、肺、腎，並非近代西醫用白箱方法已經認識到的五個解剖器官。在中醫的方法論裏，它的更廣闊的含義是組成人體大係統的五個功能子係統。除了髒腑之外，中醫學還有人體之氣血、陰陽、表裏、經絡等等，這些都是從“黑箱”式思想方法中認識而來。
中醫學認為，任何疾病，盡管它的臨床表現錯綜複雜，千變萬化，但都可以用陰或陽來加以概括說明，“察診者，察色按脈，先別陰陽”（《素問》）。人體的健康生活是由於人體內部陰陽平衡，疾病發生的原因便是陰陽失調。因此從控製論來看，中醫學的陰陽學說，就是在人體內，有一個龐大的以反饋控製為機製的穩態機構，它的功能就是力圖控製人體的陰陽平衡。疾病就是這個係統的陰陽平衡出了問題，治療就是調整使之恢複平衡。
中醫學“辨證”中的“辨”是辨別，“證”就是證據、信息，就是變量的集合。“證，形於外者也”，可見“證”指的是人體係統的輸出信息或稱輸出變量。中醫學所講的每一個“證”，都有相應的一組主要的症狀體征。
幾千年來的中醫實踐證明，當人體的內髒有病時，內髒功能活動及其相互關係的異常變化，可以反映到體表相應的組織器官，如出現色澤、聲音、形態、脈象等諸方麵的異常變化。所謂“辨證論治”的辨證就是通過“望、聞、問、切”所收集到的資料、症狀和體征，通過分析綜合，辨清疾病的原因、性質、部位以及邪正之間的關係，概括、判斷為某些性質特征。通過人類長期反複的臨床試驗，觀察其輸入和輸出信息，最後通過對輸入輸出的對應關係的分析綜合，就可以推導出人體黑箱裏麵的規律和特性了，如果我們用控製論的術語去描述，即形成了一套可參考的“參比信息”。這就是黑箱方法，解剖技術與顯微鏡的發明和應用，容易使人們側重於外在表象的“眼見為實”，而忽略內涵的本質特征。因此西醫看人體，好比“外星人”看“地球”，能看到每個獨立的人、住宅、交通工具、通訊工具等物質層麵上的東西，卻可能看不到文化、法律、道德等意識形態層麵的東西，忽略人體內非物質層麵上的內容。
西醫學的另外一個不足之處是，如果對某個病症的機製沒有搞清楚，就意味著西醫臨床無從下手。如今的西醫臨床嚴重依賴基礎醫學的發展，如果疾病的病理機製不清楚，就意味著找不到治療的靶點，沒有靶點就無法設計治療用藥或治療方法。然而，病理機製不清楚並不是意味著這個病理機製不存在，在還沒有發現它之前，如果有治療該疾病的方法，盡管看去仿佛粗糙，為什麼不去采用呢？為什麼不去研究它，促進病理機製的發現呢？
曆史上，中醫學和印度醫學、阿拉伯醫學、西醫學的前身（希臘醫學和羅馬醫學）處於同一個水平，即同樣為傳統醫學。傳統醫學在發展過程中，表現為兩種形態：演變為現代西醫學（比如希臘醫學和羅馬醫學）和繼續按自己的理論體係發展下去（比如中醫學）。如果不是戰爭，這兩種醫學體係或許會在各自的國度分別按部就班的走下去。自從鴉片戰爭打開了中國的國門，西醫學也就來到了中國，兩大醫學體係自此展開了交流和碰撞。哲學觀和方法論是兩大醫學體係交流和碰撞的焦點。
醫學發展的早期，不論東方還是西方，觀測手段都不完備，還沒有能力探測人體內部的奧秘，應用的觀點方法都是整體觀念。中醫學的陰陽五行學說、髒腑經絡學說、氣血津液學說和天人合一學說，把人體內部聯成一個整體，把人體和周圍環境聯成一個整體來考察彼此間的作用和影響，通過改變某一局部而達到調整整體。如針刺合穀治療牙痛，服用瀉火通便藥治療頭痛目赤鼻出血，這些都是人們熟知的、體現整體觀點的中醫知識。
西方古代醫學采用的也是整體觀的思維模式。在希波克拉底學派，整體觀念也是其主要特點，它強調人體本身是一個整體，體內各器官間互有聯係，一種疾病可累及全身，而人體與外界不可分，外界氣候、地區、水和空間等對健康和疾病有影響，指出某些疾病多見於某些季節，如夏天多痢疾等。
1956年，石家莊市流行乙型腦炎，名醫蒲輔周先生用白虎湯清熱解毒、養陰法治療，治愈率達90%以上。衛生部門認為白虎湯裏有抗病毒成分，隨即進行了化學分析，結果一無所獲。次年北京也流行此病，又用上述方法，效果卻不顯著，因此去請教蒲老。蒲老告知，從臨床實踐中發現，北京多年陰雨連綿，濕熱交蒸，因此屬暑濕偏盛。遂用上述藥方加蒼術利濕，收到了良好效果。衛生部門又認為蒼術裏肯定有抗病毒成分，對蒼術進行化學分析，結果仍一無所獲。
可見，不僅人體內部是一個統一運動的整體，人體與自然亦然。
根據自然界元素組成萬物的觀點，唯物地解釋人體的生命現象，是中醫學和西方古代醫學共同的特點。比如：中醫學的金、木、水、火、土陰陽五行學說，畢達哥拉斯提出的地、水、火、風四元素說，印度的氣、粘液、膽汁三體液學說，希臘醫學的血液、粘液、黃膽汁、黑膽汁四體液學說。他們都認為陰陽或體液平衡即構成健康，不平衡或偏勝則產生疾病，治療就要糾正偏勝，恢複平衡。
可見，在西方古代，西醫學的哲學觀與中醫學的哲學觀是一致的，都堅持整體觀和唯物觀。這是人類認識世界的共同規律。
中世紀末葉，西方爆發了一場偉大的思想解放運動——文藝複興運動，促進了自然科學誕生。西方古代醫學在西方自然科學的帶動下，一方麵繼續堅持唯物觀，認為自然界是物質的，不依賴於人的意識而客觀存在；另一方麵卻背離了整體觀，采納了自然科學的還原論和機械論，最終演化成現代西醫學。
“科學”一詞，是滿清滅亡以後，西方教育製度傳入我國，按科舉製的特點，因其教育方式屬“分科而學”，因此簡稱“科學”。結果因當時西方“船堅炮利”打敗中國，人們認為外國什麼都好，中國似乎什麼都不好。“分科而學”簡稱的“科學”一詞，雖僅是表達一種教育模式或思維模式的特征，卻被多數人誤解為好的、正確的、是真理，這種誤解流傳至今。而中國的教育方式與獨特的東方思維，因與其不同，屬整體性思維，非“分科而學”，卻被一些人認為“非科學”就是謬誤，這種模糊認識導致的普遍誤解至今難以澄清，盡管持這些觀點者有了大病常常還是首選中醫。
如果按照“科學”之概念，《易經》就很難被認為是“科學”，但《易經》已經被世界公認是中華文化的集大成，是東方人類思維認識世界的寶貴文化遺產，那麼中醫“亦然”。考察一種文化思想，要看它是否為真理，是真理就是正確的，不是真理就可能是片麵甚至是錯誤的，不論何種教育模式，不論分科與不分科。
“有一利必有一弊”，西醫確有許多特點、許多優勢。但西醫分科很細，本身最大的問題恰恰在於機械地、形而上學地分科。人體是一個有機的、辯證的整體，內部幾乎都是在整體性運行，相互影響、相互作用、相互製約。西醫分科之後，常常拋開整體矛盾，去分析解決局部矛盾，結果常常是努力處理“症狀”，而非根本性解決“病因”。
解放初期，久經考驗的一批革命老幹部離開戰場進城，有了條件娶妻生子，生活充滿新的激情，許多人仍遺留戰爭年代大量飲酒習慣，酒色傷身，一批老幹部因此導致肝壞死去世。但石家莊一位老中醫卻以“小柴胡湯”治愈一批肝病患者，有的去世後解剖，發現肝部居然再生了“肝小葉”，這是西醫不能想象的中醫奇跡。毛澤東主席因此指示選派西醫基礎好的醫生學習中醫，號召中西醫結合。這是對中西醫互補思想最高境界的總結和闡述。
又如經絡學說，為幾千年中醫所認識並長期作為基本的醫學理論，西醫卻因尚未從解剖中得以證明，長期認為不存在。後經現代醫學研究，已經證明確實是一種客觀存在。以此為理論基礎的針灸在國際上應用的神奇效果，已經使全世界不得不正視它，現在德國，荷蘭，英國，意大利等許多國家已經開始把針灸列入醫療保險範圍。這種調理人體內部運行機製而西醫不能解釋又不得不認同其療效的治療技術，就是一個整體性診療人體疾病的經典例子。
不能因為以人類目前的有限知識尚未認識就想否定，歐洲人對待哥白尼“日心說”所走的形而上學的思想彎路，這類悲劇實在不應該重演。
至今，《神農本草經》依舊是中醫最經典的文獻之一。因此，自神農開始並被五千年長久沿用，實踐證明自成體係行之有效的中醫學，不僅是中華文化的寶貴財富，也是世界人類文化的寶貴財富，更是今後人類認識、研究人體自身最寶貴的經驗總結和知識體係，甚至有可能成為人類認識自身最重要的參照係。
以中、西醫對待感冒病症的認識和治療的思想方法為例，可以使我們更深入了解各自的特點。
煮薑湯治療感冒是中醫基本的治療方法。每當遭遇風吹雨淋、風寒侵襲，出現鼻塞、打噴嚏、流清涕等症狀時，及時喝一碗薑湯，常可達到預防和治療感冒的目的。生薑是辛溫食物，能發汗解表、宣肺理氣，對於治療風寒感冒確實有效。
薑湯的製作對薑的選用很有講究。因加工炮製方法不同，薑的藥用有生薑、幹薑、炮薑之分，各具不同的藥性。生薑是指鮮品，味辛性溫，既可發散風寒又可止嘔；幹薑為母薑的幹燥品，味辛性熱，專治脾胃虛寒；炮薑經過炮製，辛味減輕，溫經止血是其所長，多用於虛寒性出血症。
感冒在中醫還細分為風寒、風熱、暑濕、表寒裏熱等症型。風寒感冒主要表現為鼻塞聲重、打噴嚏、流清涕、咳嗽、痰白稀、怕寒明顯，全身無汗且酸痛不適，一般不發熱或僅有低熱；風熱感冒則表現為流黃色黏稠鼻涕，發熱明顯，甚至有高熱、出汗、咽喉痛、咳嗽、痰黃稠、舌苔呈薄黃色等；暑濕感冒表現為發熱、頭昏脹痛，身體倦怠，伴有胸悶、惡心等症狀；表寒裏熱感冒，又名“寒包火”，多以惡寒發熱、咳嗽氣喘、痰黃黏稠、煩躁頭痛為主症。另有氣虛、陰虛等感冒症型。
中醫治病講求辨證施治，不同的症型用不同的藥。風寒感冒以辛溫的解表藥以宣肺散寒，薑湯的主料生薑“辛能疏散，溫可祛寒”。既然“辛溫”，對於風寒感冒就適用；風熱感冒用辛涼的解表藥物，板藍根衝劑、銀翹解毒片等；暑濕感冒，用清暑祛濕解表的藥物，藿香正氣丸，配合清涼解表的薄荷等輔助治療。
可見，中醫對於各種類型感冒的不同症狀，已經有了清晰明確的分類，和各自成形的行之有效的治療方法。
西醫對於感冒，基本認識則是病毒引起。這個判斷本身就是一個邏輯錯誤，為何同樣有病毒的環境條件，少數人感冒，多數人未感冒呢？根本問題在於體質或者說抵抗力不同，還是內因在起主導作用。
而針對病毒，西醫則難以有效的藥物消除，強調一星期後人體即可產生抗體，自行痊愈。對於流行性感冒，每年的病毒種類都在變異，雖然能夠不斷研製消滅病毒的藥物，但針對一種病毒的化學藥品從研製實驗到投放市場，平均需要5年時間，根本跟不上病毒變異的速度——看來是思想方法，或者說解決問題的思路有問題。因此，西醫治療感冒的基本方法就隻能是對“症狀”下藥，發燒者吃藥退燒，咳嗽者吃藥止咳，鼻塞打噴嚏者吃藥收縮血管、抗過敏等等，以期抑製症狀，等待一星期後自愈，顯然是治“症狀”不治“病因”的思想路線。
另外，感受風寒患感冒，並非恰好病毒入侵，而是身體不抵風寒侵襲，病毒乘虛而入。還是內因在起著決定性作用。同時，感冒頭疼未必是頭腦疾病，打噴嚏流涕並非病在鼻腔，咳嗽也同樣並非由於呼吸道恰好發生問題，各個局部都是在反映生命體的整體性運行失調，治療感冒必須從整體性去解決治療。
因此，中醫治療感冒沒有去試圖消滅那些難以判斷類型不斷變異的病毒，更不是回避矛盾，而是麵對矛盾，從調理身體的表裏、虛實、寒熱、陰陽平衡入手，“虛則補之，實則泄之”，身體的各項平衡調理好了，抗病能力增強了，內部矛盾解決了，疾病就治愈了。這是從內因入手、從解決主要矛盾、解決矛盾的主要方麵入手，是積極的治療路線，是客觀上的有效治療，是符合唯物辯證法的。
西醫的診療方法則令人擔憂。