高級專員辦事處經費仍在不斷上漲，到1977年，正常方案的開支需要1670萬美元，非洲和拉丁美洲占去撥款的最大部分。
在70年代以後，非洲的南部和東部局勢惡化。南非在安哥拉的失敗（1976年），南非反種族主義鬥爭高漲以及納米比亞解放鬥爭，造成南非當局加強鎮壓措施，納米比亞人向安哥拉移居，以及對在讚比亞、莫桑比克和安哥拉的納米比亞難民的不斷襲擊、破壞和恐怖活動。其中最突出的一0例子是1978年在安哥拉發生的卡辛加大屠殺。另外一些難民集中在紮伊爾、蘇丹、埃塞俄比亞、乍得和尼日利亞。
除了為一些非洲國家正在實施的方案撥款外，1977年初還為南部非洲的難民，尤其是為來自南羅得西亞、南非和納米比亞的難民提供越來越多的款項。在拉丁美洲，問題基本上是為一直居住在阿根延的來自智利和別的國家的幾千難民尋找重新定居的機會。1976年，在高級專員薩德魯丁。阿加·汗呼籲各國給予庇護之後，在阿根延的離境率大大增加。但辦事處在1977年仍然每月要花費20萬美元照管和供養在阿根延的難民。有300多萬美元是留做歐洲、東亞和西亞國家的開支，以及非特定地區的撥款。為應付緊急情況，高級專員每年可從緊急基金中提取不超過200萬美元的款項。1976年底，難民事務高級專員辦事處仍在進行前些年開始的幾項工作。例如促使流離失所者在印度支那定居，並向那些離開印支半島到其它地方去的難民提供援助。辦事處仍然在莫桑比克援助從其它國返回的難民，以及該國爭取獨立鬥爭期間國內的流離失所者。應秘書長請求，高級專員還繼續擔任聯合國向塞浦路斯的流離者和貧民提供人道主義援助的協調專員。到1976年底，為這些特別工作向難民事務高級專員辦事處捐助的現金和實物大約1.2億美元。1970年辦事處開始向黎巴嫩被驅趕人員提供救濟品。8月，秘書長指定辦事處按在莫桑比克同樣的方式協調聯合國向安哥拉提供的人道主義援助，並且呼籲各國提供了3250萬美元和480，000噸糧食。辦事處也同阿爾及利亞西南廷杜地區的來自西撒哈拉的難民提供援助。1976年，共有78個國家為援助方案提供捐款。
一直到70年代末期，戰後難民問題的國際機製仍主要以大多數國家的相對寬鬆的態度為基調，在援助難民和加強保護措施方麵，也顯得比較積極，願意承擔義務。但到了第三階段，即80年代，各國卻變得嚴格起來，甚至出現了對立的政策。盡普70年代國際難民機製在組織機構方麵有了顯著進展，但在新情況和棘手問題麵前仍是力不從心。80年代冷戰的演變，使得兩極衝突的格局也有所變化。當權的第三世界國家的政府和他們的反對派力量都積極地尋求西方大國的有力支持，以便相對容易地獲得資金和武器。
在80年代，非洲大陸的移民成倍地增加，但是主要集中在非洲南部和東部地區。1960年大約有30萬難民，從1971年至1986年，難民人數增加三倍，80年代非洲難民約為600萬人，約占世界難民的一半。造成非洲大陸移民不斷增多的主要原因是：獨立後，非洲不斷發生經濟危機，幹旱，政局不穩，國家、民族和宗教派別間不斷發生衝突，人權遭受破壞等。非洲南部難民和移民人數最多的兩個國家是安哥拉和莫桑比克。長達15年之久的內戰使這兩個國家的農民遭受嚴重影響，再加上發生史無前例的自然災害幹旱，致使大批人背井離鄉。與此同時，安哥拉接納了10多萬名難民，其中7萬納米比亞人、2萬紮伊爾人和1萬南非人。在莫桑比克數百萬人遭受內戰及幹旱的嚴重衝擊，其中110萬人無家可歸。盡管國際社會提供了大量援助，但由於災民人數太多。問題難以解決。
莫桑比克人向坦桑尼亞、津巴布韋、讚比亞、博茨瓦納、斯威士蘭、萊索托和馬拉維移居。他們中的大部分人完全靠聯合國難民事務高級專員辦事處提供的食品生活，其中許多人作為合法勞動者前往南部非洲，但也有不少人前住那裏非法謀生。同樣，80年代，成千上萬的納米比亞人，特別是在安哥拉的納米比亞人淪為難民。南部非洲的難民問題引起國際社會的廣泛關注。1988年8月在挪威首都奧斯陸召開的南部非洲難民問題國際會議，為解決這一問題作出了努力，會上通過了關於南部非洲難民問題的宣言和行動計劃。
非洲東部地區難民的處境也日益惡化。厄立特裏亞人和埃塞俄比亞人之間的戰爭，起義部隊反對埃塞俄比亞中央政權的長達10多年之久的鬥爭，以及嚴重的幹旱，致使成千上萬的人逃往鄰國。蘇丹自60年代起就爆發了曠日持久的內戰，從1983年起數以千計的蘇丹人移居到埃塞俄比亞、紮伊爾、中非共和國和肯尼亞。與此同時，蘇丹，主要是農村地區，接納了埃塞俄比亞、乍得及烏幹達移民。
在亞洲，兩伊戰爭和阿富汗的炮火又使不計其數的無辜平民淪為難民。伊朗和伊拉克都是亞洲西部的穆斯林國家，兩國相鄰，共同邊界綿延1，200公裏，長約100公裏的阿拉伯河是兩國南部的自然邊界。長期以來兩國存在著邊界爭端，經常發生武裝衝突。另外，宗教也是兩伊戰爭爆發的重要原因。兩國雖然同屬伊斯蘭教國家，伊朗90%的居民信仰的是什葉派，伊拉克60%的居民也是伊斯蘭教的什葉派。1979年伊朗爆了伊斯蘭革命，伊朗政府強調要向所有伊斯蘭國家“輸出原教旨主義的伊斯蘭革命”，推翻伊拉克現政權建立“伊斯蘭共和國”。伊拉克則支持伊朗境內少數民族如庫爾德族的民族自決要求。隨著政治、宗教矛盾的激化和邊界武裝衝突的加劇，1980年9月22日兩伊戰爭全麵爆發。1987年7月20日聯合國安理會一致通過第598號決議，要求兩伊立即無條件停戰。伊拉克和伊朗分別於同年和次年接受這項決議。近8年的戰爭使兩國人民的生命財產和國民經濟遭受巨大的損失。伊朗死傷60多萬，伊拉克死傷40多萬，無家可歸的難民超過300萬。
在阿富汗，蘇聯為確保對阿的牢固控製並謀取更大的戰略利益，經過周密策劃於1979年12月出動重兵入侵阿富汗。蘇聯的入侵給阿富汗人民帶來了災難，數十萬無辜的阿富汗人民慘遭殺戮，先後有400多萬人流離失所成為難民，流落到巴基斯坦、伊朗等國，僅在巴基斯坦難民營的難民就超過了360萬。
無休止的戰亂誕生了大批的難民。聯合國難民事務高級專員辦事處在這一時期的工作特點主要是對在非洲、亞洲和中美洲地區的處在封閉式難民營裏的難民進行長期的看護和照料。難民營雖非長久之計，但國際社會實在一籌莫展，拿不出一套有效的、長期的方案。同時，大批難民把目光瞄準了西方國家。他們不再象過去，逃難地區僅局限於家鄉一帶，現在一張機票就可以帶他們飛向心目中“自由民主”的西方國家。
當頭疼的難民問題伴隨著時間的腳步進入90年代，一個新階段應運而生了。持續了數十年的冷戰終於告一段落，形成難民問題的一般方式也隨之發生變化。因而對國際難民機製在提供解救和保護方麵提出了新的挑戰。90年代難民危機的導火線主要是國家內部因種族、信仰不同而挑起的衝突與戰爭。在這些殘酷的部族衝突中，普通平民成為屠殺的對象。聯合國難民事務高級專員辦事處必須以迅捷的速度處理難民突發事件。在伊拉克、波斯尼亞、克羅地亞、肯尼亞、索馬裏、孟加拉國、尼泊爾、塔吉克斯坦、盧旺達和布隆迪的緊張局勢把難民專員專事處的“弦”越繃越緊，幾乎到了崩潰的邊緣。此外，上一個16年因遣返遺留下來的問題也懸而未決。