1991年I月17E開始戰爭行動那一天，伊拉克出現第二次遷徙時，救濟官員已經有所準備。聯合國救災組織修改其區域性計劃，1月11日發出呼籲，要求提供3800萬美元，以解決在敘利亞、土耳其、伊朗和約旦臨時難民營裏的10萬難民的食品問題，然後把他們遣返回國。世界響應這一呼籲，幾天之內，就組成了幾所難民營，備有足夠3個月用的供應品。更重要的是，有很少一部分——僅65，000人——在嗣後三個月中離開了伊拉克，其中包括越過邊界進入伊朗的35，000名伊拉克人。“初看之下，局勢理所當然的好轉了”。聯合國難民事務高級專員辦事處《難民》雜誌編輯安尼克·魯萊特那時總結救濟官員的樂觀預測說。鑒於局勢的脆弱性質，她審慎地指出，正如“參加這個巨大的人道主義行動的每一個人都很清楚的，即使最周密的計劃，在這種特殊情況下，也往往證明是不適當的。”
出入意料的是，海灣戰爭剛剛結束就發生了庫爾德人的內亂，形成了伊拉克難民潮，戰爭剛結束時，多國部隊進入了伊拉克南部，薩達姆政權一時對那裏失去了控製。1991年2月28日，南部什葉派群眾和一部分潰敗的政府軍士兵趁南部戰區的伊軍主力向多國部隊繳械投降，巴士拉城防空虛之際，奪取了部分武器並占領了省府大樓、複興黨分部大樓、廣播電台等要害部門。薩達姆二兒子烏代集合省府警衛部隊，複興分部衛隊及巴士拉市衛戍部隊等政府武裝向暴動者發起反撲，雙方在巴士拉——祖拜爾地區發生了激烈的爭奪戰。3月2日，政府軍第3軍團所轄的第17師殘部5000餘人臨陣倒戈，翌日，暴動者完全控製了巴士拉市。烏代、巴士拉省長、市長、複興黨分部書記長等人均被擊斃。截至3月9日，伊南部、中部和東部的20多座城市全部落入暴動者之手。3月10日開始，重整旗鼓後的伊政府軍第1、3軍團和“共和國衛隊”兩個師在飛機、坦克和重炮的掩護下開始逐漸收複失地。從暴動開始到政府軍發動反攻的11天中，包括什葉派和遜尼派教徒在內的1萬多平民為躲避戰火逃到多國部隊控製區和科威特，另有4萬多什葉派難民逃到伊朗胡齊斯坦省。
從3月中前旬到3下旬難民外流逐步高漲。3月12日，薩達姆下令成立以革命指揮委員會副主席易卜拉欣為首、共和國衛隊司令伊亞德·哈利法中將和伊軍總參謀長拉希德上將參加的“平叛指揮部”，統一指揮全國平定內亂的行動。3月15—24日，政府軍經過激戰先後收複了南部、中部和東部的所有失陷城市。雙方傷亡慘重，僅在聖城卡爾巴拉和納傑夫，暴動者就有近3萬人戰死。在此期間又有十幾萬什葉派難民扶老攜幼逃人伊郎西南部地區。
趁“共和國衛隊”和政府軍其他主力東調之機，北部蘇萊曼尼亞、基爾庫克、埃爾比勒、迪亞拉和摩蘇爾五省的庫爾德人紛紛舉事。到3月中旬已基本控製了蘇萊曼尼亞和埃爾比勒兩省並奪取了兩省省會。3月26日，庫爾德武裝又攻克了石油重鎮基爾庫克，全國為之震動。此時，平定了南部局勢的伊軍又匆匆抽調三個師馳援北上，於3月28日對庫爾德武裝發起全線進攻。與此同時，難民外流規模擴。3月28日至4月6日，政府軍收複了基爾庫克、蘇萊曼尼亞、埃爾比勒等城市，庫爾德人武裝的有生力量受到重創。由於俱怕薩達姆實行報複，300多萬庫爾德人舉家逃亡。他們翻越積雪皚皚的山地向土耳其和伊朗邊境轉移，人流蜿蜒長達數十公裏。4月5日，聯合國救災組織發出緊急呼籲，要求提供1.37億美元，以幫助正在逃往汽車無法到達的土耳其邊境山區的伊拉克庫爾德人。由於氣溫下降，才幾天功夫伊拉克的庫爾德人就增加了兩倍，使得救濟工作救不勝救，還造成了許多傷亡。安理會通過第688（199）號決議，要求伊拉克立即結束對平民的鎮壓，並堅持要求伊拉克允許國際人道主義組織立即接觸所有需要援助的人。4月9日，聯合國救災組織已修正其計劃和預算，要求捐助4，002億美元，用來援助150萬難民。其中2.385億美元是聯合國難民事務高級專員辦事處需用來滿足難民最迫切的需要的。這項計劃談到了庫爾德人的暗淡前景：“鑒於伊朗境內及土耳其的邊境地區有110萬伊拉克難民，要求捐助者馬上優先考慮，至少立即捐助呼籲總額的75%。”據報道，局勢已變成了一種“難民”的緊急狀況，需要極其迫切，要求立即采取行動。由於饑寒交迫，有近已萬難民陳屍於逃亡途中，即使那些已逃出國界的難民也是衣食無著，帳蓬、藥品、飲水奇缺。父老孤苦無靠，病人奄奄待斃，幼兒嗷嗷待哺，各種流行病和傳染病肆虐，難民處境之悲慘難以言狀。