難民人數膨脹、國際難民機製本身的缺陷、資金短缺、西方大國的吝嗇態度等因素，使難民署在變幻莫測的世界中麵臨一係列困難和挑戰。
在過去的40多年裏，聯合國難民事務高級專員辦事處一直孜孜不倦地幫助難民前往那些他們能獲得保護和幫助的避難國。辦事處的官員們和接納國政府一遍又一遍地協商，希望獲得他們的幫助。難民事務高級專員辦事處善意地相信，一旦衝突停止，難民就會重回故裏，往日的秩序又會重新恢複。辦事處通常隻有在當事國允許的情況下，才會攜手幫助該國內流離失所的人們。但是冷戰結束了，時代也隨之發生變化。聯合國難民事務高級專員辦事處采取了幫助難民的新標準：集中精力滿足難民、遣返者、國內衝突受害者的應時之需。在內戰頻仍的國家，辦事處不僅要和當地政府協商，還要和反對派、遊擊隊打交道。在工作形式上，辦事處也不再單槍匹馬，在動蕩不安、缺乏秩序的國家，它往往和聯合國維和部隊並肩行動。它們的職責包括：保護平民免遭報複和強製性安置；將平民從衝突地區撤出；幫助被圍困地區的居民，如波黑內戰中的薩拉熱窩居民，他們無法也不願棄家出逃。但是，聯合國難民事務高級專員辦事處在90年代的現實中卻麵臨著許許多棘手的問題。
難民人數高達3000萬，應接不暇
難民人數不斷膨脹，97年全球難民總數已達3，000萬。這樣一群龐大的待救人群，使得辦事處常常“顧得了這頭，顧不上那頭。”
美國難民委員會1995年的《世界報告概況》中列出了1995年年底人數最多的幾類難民：
巴勒斯坦國外難民320萬，至少還有85萬人“處於類似難民的境地”。
阿富汗國外難民330萬，在國內還有50萬人流離失所，10萬人處於類似難民的境地。
盧旺達國外難民150萬，在國內還有50萬人流離失所。
波黑國外難民90.5萬，在國內還有130萬人流離失所。
利比裏亞國外難民72.5萬，在國內還有100萬人流離失所。
伊拉克國外難民62.29萬，在國內還有100萬人流離失所，3萬人處於類似難民的境地。
蘇丹國外難民44.81萬，在國內還有400萬人流離失所。
阿塞拜疆國外難民39萬，在國內還有67萬人流離失所。
塞拉利昂國外難民36.3萬，在W內有100萬人流離失所。
列出的收容難民最多的國家有：
伊朝收容207.5萬阿富汗等地的難民。
紮伊爾收容133.2萬盧旺達、安哥拉、布隆迪和蘇丹等地的難民。
約旦河西岸——加沙地帶收容了130.1萬巴勒斯坦人。
約旦收容129.5萬巴勒斯坦和伊拉克等國家的難民。
巴基斯坦收容了86.8萬阿富汗、伊拉克、索馬裏和伊朗的難民。
坦桑尼亞收容了70.3萬盧旺達、布隆迪、紮伊爾、莫桑比克等地的難民。
幾內亞收容了64萬利比裏亞和塞拉利昂的難民。
俄歲斯收容了50萬塔吉克斯坦、格普吉亞、阿塞拜疆等地的難民。
蘇丹收容了45萬厄立特裏亞、埃塞俄比亞、乍得等地的難民。
南聯盟（塞爾維亞——門的內哥羅）收容了45萬克羅地亞和波黑的難民。
列出的1995年自願回國人數最多的幾類難民是：24.4657萬阿富汗人從伊朗和巴基斯坦回國；20.4萬盧旺達人從烏於達、紮伊爾等地回國；10.6萬莫桑比克人從馬拉維和津巴布韋等地回國；4萬索馬裏人從肯尼亞回國；萬厄立特裏亞人從蘇丹回國。
缺人又缺錢，左右為難
在實際工作中，辦事處（UNHCR）麵臨著一係列的困難。在後冷戰時期，國際社會已經注意到關鍵是要消除產生難民問題的根源。但是理想中的防禦性戰略，並不能迅速地、輕而易舉地就實現。在難民發端國和避難國，難民事務高級專員辦事處官員不得不采取截然不同的方法，他們必須要生出“三頭六臂”，和各方各派打交道。辦事處的裝備不足，無法滿足那些在國內無法安置的居民和被遣返難民的全部要求。如：無法接近那些政府軍和反叛軍的爭議地區，工作人員也缺乏在那種環境下工作的經驗等。在波斯尼亞和塔吉克斯坦，辦事處（LTANCR）的人道主義援助和紅十字協會也沒什麼兩樣。
限製聯合國難民事務高級專員辦事處發揮更積極作用的根源還在於國際難民機製本身。這一機製是非政治的、是嚴格的完全的人道主義性質的，要獲得接受難民國的同意和千方百計從別國籌得捐款。盡管有國際人權公約的存在，但由於辦事處的結構，它不直接以政治方式介入政府或其反對派的爭端中去。而且辦事處的官員常常對人權及涉及人道主義方麵的法律不熟。那些國家的政府或反對派對他們的行動有何反映，他們心裏也沒個底。